Perl命令⾏实战1-fasta⽂件的相关操作
Perl 命令⾏实战1 - fasta⽂件的相关操作
注：本⽂会不断更新......
之前的5篇简书⼩⽂已经说明了常⽤的参数的使⽤⽅法，学习了当然要致⽤啊！这⾥我们就来操作⼀下fasta⽂件。
fasta格式是⽣信中最为常见也是很容易理解的⼀种格式。那么使⽤Perl来对它⼜可以有哪些操作呢？下⾯是我在平常会⽤到的⼀些操作，现在记录下来，希望对⼤家有帮助。这⼀篇你应该就能开始慢慢体会到perl单⾏的威⼒了！
⽬录
1. fasta⽂件的介绍
2. 注意
3. 序列信息
3.0 显⽰出标题头
3.1 统计fasta⽂件中序列的条数
3.2 统计fasta的总的碱基数⽬
3.3 统计每⼀条序列的长度
3.4 统计N50或者N60、
3.4.0 关于N50
3.4.1 程序实现
4. 序列筛选
4.1 按照长度筛选
4.2 按照GC含量筛选
4.3 除掉零长度序列
5. 序列提取
5.1 按照序列名称提取
5.2 按照长度提取
5.3 提取某个区域的序列perl是用来干嘛的
5.4 随机获取序列（待写）
6. 序列转换
6.1 转换为反向互补序列
6.2 ⼤⼩写转换
7. 序列分离
7.1 把包含多条序列的⼀个fasta⽂件分为多个
7.2 把⼀条长序列切成多段
7.3 将单⾏的极长的序列按照特定长度换⾏
8. 序列合并
9. 序列名称
9.1 序列重名怎么办？
后记
1. fasta⽂件的介绍

版权声明：本站内容均来自互联网，仅供演示用，请勿用于商业和其他非法用途。如果侵犯了您的权益请与我们联系QQ:729038198，我们将在24小时内删除。