cytoscapewindowsLinux下载⽅法Cytoscape
Linux下载
尝试过的办法：
1.从官⽹ 下载Linux版本
结果：⽹络错误
推测理由：可能是外⽹软件，⽆法下载
2.在linux中使⽤wget
wget github/cytoscape/cytoscape/releases/download/3.8.0/Cytoscape_3_8_0_unix.sh
结果：下载速度只有⼏⼗Kb/s
git clone github/cytoscape/cytoscape.git
cd cytoscape
.
/cy.sh init
cd cytoscape
mvn -fae install -U -st.skip=true
./gui-distribution/assembly/target/cytoscape/cytoscape.sh
GitHub中⽂件下载速度特别慢
需要借助油猴脚本
中间可以碰到⼏次⽹络错误，点击继续下载就可以啦
整个过程⼤概会花费10分钟左右~
(。·∀·)ノ神速！
Linux安装
需要提前下载java
#判断系统上是否有java
JAVA --version
#若⽆
apt JAVA
#解压
tar -xvf cytoscape-unix-3.8.0.tar
#运⾏软件
cd cytoscape-unix-3.8.0
./cytoscape.sh
Windows下载
碰到的坑：
运⾏软件时报错
The JVM could not be started. The maximum heap size(-Xmx) might be too large or an antivirus or firewall tool could block the execution.
最开始，我以为没安装成功的原因是没有locate正确的JVM即JAVA环境
所以我到JAVA官⽹下载了
再安装
报错信息⼀模⼀样！
我看了很多⽹上的教程，给出的解决办法如：
1.更换不同的软件版本
于是，我下了3.5，3.1，3.7的版本，还是不⾏
2.关闭杀毒软件
…这个⽅法没⽤
3.更新到最新版java更改软件配置⽂件Cytoscape.vmoptions
…这个⽅法没⽤
4.默认下载路径
更扯…
linux终端下载软件我冥冥之中觉得还是的问题
The install4j wizard could not find a Java™ Runtime Environment on your system. You can locate or download a suitable 64-bit JRE.(minimum version: 1.8.0_151, maximum version:1.9)
解决⽅法：
让它⾃⼰locate，让软件⾃⼰下载JAVA环境，虽然有点慢
⼤概需要1~2h不等
中间可能显⽰⽹络错误
恭喜你，⼜来重来
我⼤概是试了10来次，终于安装成功了
总⽽⾔之，这个软件是真的坑，花了我⼤量的时间和经历
历经⼀整天的⽃智⽃勇，终于成功地在双端都安装上Cytoscape
实在是太⿇烦了
我将3.7，3.8，3.5 版本的unix和win下的安装包上传到了百度云
有需要的可以直接下载
┏ (゜ω゜)=☞
总结：
每次在linux中下个软件或者包都要耗费特别多的时间，其实归根结底还是没有形成⼀套系统的思维体系，不知道该怎么去解决这类问腿，就只能百度⼀个个的去试
还有就是没有试着去看问题的本质，把⼤问题分解成⼀个个⼩问题。
多看官⽅⽂档（如果有的话), 虽然是英⽂，但是⼀定要耐着性⼦看下去，看似花费时间，其实会帮助你节省很多时间
少看经验贴，有些真的挺不靠谱

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