linux系统gaussian09,⾼斯(Gaussian)软件linux下安装⾼斯(Gaussian)软件的安装⽅法
相对于其他的计算软件,⾼斯软件的安装应该算是最简单了。
⾸先下载到⾼斯的软件包,然后解压,最后配置环境变量就可以使⽤了。
⾼斯分为 03版本和09版本,每个版本还有⼩版本号,例如;A01,B01,C01,D01,E01等等。
linux下的版本,⼀般压缩包的格式⽆⾮就是这么⼏种,tar,gz,tgz,tar.,根据相应的命令进⾏解压就可以了。
tar 解压命令,tar -xf XXXX.tar
gz 解压命令,tar -zxf
tgz 解压命令,tar -xf
tar.bz2 解压命令,tar -jxvf XXXX.tar.bz2
< 解压命令,tar -zxvf
例如:g09_linux_x64_D01.tar.bz2 ,个⼈习惯,修改⽂件名称,下⾯进⾏操作安装
[dlqc@cluster soft]$ mv g09_linux_x64_D01.tar.bz2 g09.tar.bz2
[dlqc@cluster soft]$ tar -jxf g09.tar.bz2
解压完成会在当前⽬录多出⼀个“g09”的⽬录。
我们可以把这个⽬录放⼊到我们想要的路径⾥⾯做归档处理,例如在⾃⼰的home⽬录创建⼀个soft⽬录“soft”⽬录我们可以放⼊我所有的软件,这样后期查起来也⽐较⽅便。
我们的这个软件放⼊到了如下⽬录
[dlqc@cluster soft]$ pwd
/home/dlqc/soft
现在我们处理环境变量
[dlqc@cluster soft]$ cd #我们使⽤cd命令回到“⽤户的根⽬录”下⾯,编辑环境变量⽂件。
[dlqc@cluster ~]$ vi .bashrc #.bashrc是设置本⽤户的环境变量
[dlqc@cluster ~]$ mkdir gstmp #创建⼀个⾼斯临时⽂件存储⽬录,这⾥⾯有个权限问题,如果这个⾼斯你⾃⼰使⽤,那么不⽤去管,默认创建就可以了。
如果你的⾼斯是多⼈使⽤,那么需要涉及到权限问题,这个后期在发⽂章。
打开以后添加如下内容:
注意:“~”linux⾥⾯的这个符号,是表⽰⽤户的根⽬录,也就是和“/home/dlqc"等值。
注意:“$”linux⾥⾯的这个符号,是表⽰变量值,后⾯可以接相应的单词。
#Gaussian env
export g09root=/home/dlqc/soft
export GAUSS_SCRDIR=~/gstmp #所以~/gstmp和/home/dlqc/gstmp等值,写哪个都可以。
source $g09root/g09/bsd/g09.profile #因为上⾯已经声明了⼀个g09root变量了,所以这句话我们需要引⽤这个变量然后加上相应的⽬录,来查我们需要执⾏哪个⽂件,使其让⾼斯的环境变量⽣效。
“$g09root”等同于/home/dlqc/soft
那么第三句的完整写法意思是:
source /home/dlqc/soft/g09/bsd/g09.profile
“$g09root”意思就是替代“/home/dlqc/soft”⽬录。没有其他什么功能,就是⼤家默认的约定规定。我们安装⾼斯,只⽤上⾯的三句就可以了,其他都是我做的解释,你们了解就⾏了。
设置完成环境变量,必须要让他⽣效,使⽤命令:
source ~/.bashrc
不报错误,就可以了。
在终端直接输⼊g09看看是否和下⾯的提⽰⼀样,⼀样的话,⾼斯就全部安装完成了。
[dlqc@cluster ~]$ g09
Entering Gaussian System, Link 0=g09
下⾯进⾏测试⾼斯是否好⽤。进⼊下⾯的⽬录:
/home/dlqc/soft/g09/tests/com
随便拷贝出来⼀个⽂件,这个⽂件可以打开,我们⾼斯的计算参数可以在这个⽂件⾥⾯设置。
[root@cluster ~]# vi test300
%mem=6gb #可以申请多少内存进⾏作业计算,这⾥我们是6GB
%nprocshared=2 #可以申请多少核⼼进⾏作业计算,这⾥我们申请了2个核⼼。
可以把这两个参数添加到⽂件的第⼀第⼆⾏
内容如下:
%mem=6gb
%nprocshared=2
#p cas(6,6)/d95 mp2 test iop(5/42=5) guess=cards
Gaussian Test Job 300:
Water localize Strongly occ (42=5)
r = re Full CI = -76.1579 SCF mp2 = -75.1493 cas mp2 = -76.1529
0 1
O
H 1 .975
H 1 .975 2 110.5
(4E20.8)
-1
0.5809834509E+00 0.4612416518E+00 -0.6437319952E-04 0.1724432549E-02
0.1282235396E-14 0.5417658499E-13 0.1639966912E-02 -0.9146282229E-15
linux终端下载软件-0.6407549694E-13 -0.4538843604E-03 0.6038992958E-04 -0.1131035485E-03
编辑完成以后,我们就可以开始运⾏测试了。
输⼊命令:正常现在就应该开始计算了。
[root@cluster ~]# g09 test300
在⽬录下⾯会出现.out的输出⽂件,我们可以进⾏查看作业状态。
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