编译VASP +cell-relax +VTST
操作系统Ubuntu
1、I ntel库编译过程
(1)安装parallel_studio_xe_2019_update5_cluster_edition
输入./install_GUI.sh运行软件
选择Choose alternative activation
xpath生成器到parallel_studio_x.lic,并导入.
Next 选择常规安装
选择安装路径,最好安装在用户目录下,而不是root:/opt/inter。例如/home/jef/intel
选择安装组件,一共只有3.8GB:
(2)修改.bashrc
Install安装后编辑当前用户目录下的.bashrc文件
gedit ~/.bashrc命令,到/home/jef/intel/parallel_studio_xe_2019/psxevars.sh路径。在.bashrc文件里输入source /opt/intel/parallel_studio_xe_2019/psxevars.sh
然后重新进入终端,运行ifort -V,查看编译器的版本是否正常。
(3)编译libfftw3xf_intel.a
奇异果轮播台进入/home/jef/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/interfaces/fftw3xf,运行make libintel64命令,产生libfftw3xf_intel.a。
2、编译VASP过程+cell-relax +VTST
(1)解压VASP安装包
把arch/makefile.include.linux_intel拷到上一级目录下改名为makefile.include,里面的
配置专门适合Intel编译器。打开此文件,把其中的OFLAG参数里加入-xhost或者O3。(2)修改constr_cell_relax.F获得固定基矢优化结构的方法,或者将修改好的constr_cell_relax.F文件直接覆盖./src/constr_cell_relax.F的文件。
(3)VTST编译设置
解压tar 将/home/jef/vtstcode-184/vtstcode5(这是针对vasp5.4.4,如果是vasp6
以上,请将替换成/home/jef/vtstcode-184/vtstcode6)目录下所有文件复制到/home/vasp.5.4.4/src/ 中(替换 chain.F )
next studio
对象的含义打开并修改 src 文件夹中的 main.F ,将
CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
静态方法和实例方法的区别
大约在3250行左右
替换为
CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
打开并修改src 文件夹中显示出隐藏文件.objects,点击编辑,在chain.o (第一个,约第70行)前添加以下内容,注意\后面不能有空格。
bfgs.o \
dynmat.o \
instanton.o \
lbfgs.o \
sd.o \
cg.o \
dimer.o \
bbm.o \
fire.o \
lanczos.o \
neb.o \
qm.o \
opt.o \
(4)编译vasp
mariadb的安装目录进入/home/jef/vasp.5.4.4打开终端先输入make veryclean 然后make all.
编译完成后在 /home/jef/vasp.5.4.4/bin 中生成 vasp_gam, vasp_ncl 和 vasp_std, 将vasp_std 重命名为vasp,并将vasp复制到上一级目录即/home/jef/vasp.5.4.4
打开终端输入~/.bashrc 输入export PATH=$PATH:/home/jef/vasp.5.4.4
export PATH=/home/jef/vasp.5.4.4/vtstscripts-940:$PATH
最关键,由于运行vasp存在内存限制的问题,因此需要释放内存,即在~/.bashrc文件里添加ulimit -s unlimited, 再source ~/.bashrc
最所有编译过程安装完成。
温馨提示(最好用xe_2019_update5_cluster_edition版本,不要用xe_2019_update1,不然运行VASP时会出现内存溢出现象)
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