带你⾛⼊⽣信学习之路——⽣信⼊门
本⽂全部都是个⼈经验、个⼈观点
阶段⼀:进⼊学习状态
学和我说过这么⼀句话:做项⽬最简单的是学习,难在设备和技术,说⽩了就是资源
读两本书——实践两个项⽬
进⼊⼀个新的领域最简单就是两步⾛:读两本书——实践两个项⽬
有些⼈能把技能点满,有些⼈全部靠外包,差距在哪?差距就在开头,关键就在于谁能开得了头。
进⼊新领域、学习新东西,最好的⽅法就是读书,读⼤佬的书。
读两本书:
《R语⾔实战》、《R数据科学》
这两本书对于在使⽤R的⼈来说可能都⽐较熟悉和基础,但是当时我个⼈在⾃学⼊门时⾛了很多弯路,才到这两本书。
这两本书都有中⽂版,价格都不贵。
读的⽅法:
1、通读,做记号,认真看,搞懂代码,每⼀本书⼀周时间就解决了,不需要记忆,达到想到什么问题,知道⼤概在什么位置,能当做⼯具书⼿查就⾜够了。
2、最好中英⽂对照读,了解英⽂对应的专业词汇,扎实的基础能省去以后很多⿇烦
两个项⽬:
做图、⽂章复现
可以在读完第⼀本书之后,就⼀批原始数据,最好是没经过专业数据处理培训的⼈要模拟数据。然后定个模版图,⽤来的数据做出来。过程中遇到什么问题就去搜,去问,去解决。
做图的过程会接触到:⽂件读写、数据处理、做图,也是对R语⾔有个加深了解,为读第⼆本书开个头
读完第⼆本书后,⼀篇⽂章,开始复现。这个没什么说的,硬刚就完了。
给个建议,最好养成在R script中编码和注释的习惯,crtl+enter运⾏单⾏就够⽤了。
复现⽂章的过程,应该会接触到:数据库、⽣信分析⼿段及各种R包(后⾯详细说)、各种琐碎的知识(遇到就查,查后记录保留)
阶段⼆:进⼊⽣信领域
数据库学什么以上两步如果你能耐着性⼦花时间精⼒做完,你⾃⼰就明⽩要学什么了。
所以,我这⾥只再给个⼈的理解。
1、怎样算进⼊这个领域:加点,不管有没有问题逛逛论坛,关注⼏个博主,能看懂、能交流、有思路、会解决问题就算是⼊门了。
2、⽣信到底是什么:基于NGS或数据库——(测序本——组装——)counts/normalized counts——数据处理——差异、富集——建模——可视化
其他还有结合临床信息survival、细胞聚类等等,说⽩了都是⼀个差异化、富集化的过程。
3、⽣信过程中零散的知识点,随查随记:counts\fpkm\tpm、survival\hazard,OR\HP\RR,p\adp\q\fdr,aic\bic,⽂件格式等等
4、后⾯的学习主要分⼏个步骤:
⽂章复现、R包学习——机器学习(、Markdown、shiny学习)——做项⽬(最好学习使⽤服务器、python从测序未组装开始)——读R包源代码——尝试写包
过程中不能停⽌做图,要做各种图,因为做图不仅仅局限在应⽤,更在对于数据的敏感和理解
过程中最好穿插着python学习,以及其他⼯具的学习
给⾃⼰的任务
从块、包、图、点、库等⽅⾯记录学习和⼯作
块如项⽬步骤等的经验
包如seurat、SummarizedExperiment等
点如各类⼩知识点的记录
库如各类数据库

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