生物信息学资料
生物信息学

绪论
1.HGP
通过国际合作，用15年时间(1990～2005)至少投入30亿美元，构建详细的人类基因组遗传图和物理图 ，确定人类DNA的全部核苷酸序列，定位约2.5万基因，并对其它生物进行类似研究。
2.我国自主产权的全基因组测序计划
水稻 (2002)家鸡 (2004)家蚕 (2004)家猪 (2012)大熊猫 (2009)
3.生物信息学的概念
采用信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对各种生物信息（包括核酸、蛋白质等）的收集、加工、储存、分析、解释的一门学科。
收集、加工、储存：计算机科学家
分析、解释：生物学家
4.生物信息学的发展历史
20世纪50年代，生物信息学开始孕育
20世纪60年代，生物分子信息在概念上将计算
                生物学和计算机科学联系起来
20世纪70年代，生物信息学的真正开端(序列比对算法)
20世纪80年代初期，生物信息分析方法的发展
20世纪80年代以后，生物信息服务机构和数据库
20世纪90年代后 ，HGP促进生物信息学的迅速发展
1956: 美国田纳西州首次召开了“生物学中的理论研讨会”；
1962: Zucherkandl和Pauling研究了序列变化与进化的关系，开创了一个新的领域——分子进化；
1967: Dayhoff研制出蛋白质序列图集，即后来著名的蛋白质信息源PIR；
1970: Needleman和Wunsch提出了著名的序列比对算法，是生物信息学发展中最重要的贡献；
1970: Gibbs和McIntyre发表著名的矩阵打点做图法；
1978: Gingeras等人研制了核酸序列中酶切位点识别程序；
1981: Smith和Waterman提出了著名的公共子序列识别算法，同年Doolittle提出了关于序列模式的概念；
1982: GenBank第3版本正式发行；
1983: Wilbur和Lipman发表了数据库相似序列搜索算法；
1986: 日本核酸序列数据库DDBJ诞生；
1986: 蛋白质数据库SWISS-PROT诞生；
1988: 美国国家生物技术信息中心NCBI诞生；
1988: 成立欧洲分子生物学网络(EMBNet)，EMBL数据库诞生；
1988: Person和Lipman发表了著名的序列比较算法FASTA；
1990: 快速相似性序列搜索算法BLAST问世，1987年BLAST的改进版本PSI-BLAST投入使用
数据库学什么1996: Affymetrix生产出第1块DNA芯片。
5.生物信息学主要研究内容
1) 生物分子数据的收集与管理
2) 数据库搜索及序列比较
3) 基因组序列分析
4) 基因表达数据的分析与处理
5) 蛋白质结构预测
6.生物信息学概念
广义：

概念（狭义）：
生物分子信息的获取、存贮、分析和利用
7. 生物信息学主要研究两种信息载体
⏹ 核酸分子
⏹ 蛋白质分子
8.生物分子数据及其关系
8.第一部遗传密码已被破译，但对密码的转录过程还不清楚，对大多数DNA非编码区域的功能还知之甚少
对于第二部密码，目前则只能用统计学的方法进行分析
无论是第一部遗传密码，还是第二部遗传密码，都隐藏在大量的生物分子数据之中。
9.生物分子数据类型
10.生物分子信息的特征
生物分子信息数据量大
生物分子信息复杂
生物分子信息之间存在着密切的联系
11.生物分子数据的收集与管理
12.
13.数据库搜索及序列比较
● 搜索同源序列在一定程度上就是通过序列比较寻相似序列(Blast搜索工具)
● 序列比较的一个基本操作就是比对（Alignment），即将两个序列的各个字符（代表核苷酸或者氨基酸残基）按照对应等同或者置换关系进行对比排列，其结果是两个序列共有的排列顺序，这是序列相似程度的一种定性描述
● 多重序列比对研究的是多个序列的共性。序列的多重比对可用来搜索基因组序列的功能区域，也可用于研究一组蛋白质之间的进化关系。
14.基因组序列分析
● 遗传语言分析——天书

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