常用生物信息学数据库
生物信息学基础入门
第一讲常用生物信息学数据库(1学时)•生物信息学的简介、发展和应用
•常用生物信息学数据库的概况
•NCBI、UCSC数据库的介绍和使用
第二讲癌症相关数据库(1学时)
•癌症相关数据库的概况
•TCGA数据库的介绍和使用
•TCGA数据的下载和解读
•TCGA数据的在线分析工具
第三讲基因功能富集分析(1学时)
•基因本体数据库GO及注释
•生物学通路KEGG及注释
•基因功能富集分析
第四讲基因调节网络分析(1学时)
•蛋白互作、转录因子调节关系数据库的介绍和使用
•非编码RNA调节网络数据库的介绍和使用
•基因网络图的展示、Cytoscape软件的介绍和使用
第五讲基于公共数据库进行课题研究的案例分析(1.5学时)•实例讲解GEO数据的下载、处理和分析
•实例讲解TCGA数据的下载、处理和分析
这节课的主要内容
•生物信息学的概念
•生物信息学发展的背景
•生物信息学的发展阶段
•生物信息学的研究领域
•常用生物医学数据库
•NCBI: Gene、GEO
•UCSC: Genome Browser、Table Browser
数据库学什么生物信息学的概念
生物信息学(bioinformatics),是在生命科学的研究中,利用计算机科学、信息技术、应用数学以及统计学方法对生物信息进行采集、处理、存储、传播、
分析和解释的学科。
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