沙龙第⼋期：⽣信免编程genespring实操——万能芯⽚数据分析现场答疑
通知：freescience周末沙龙直播使⽤腾讯课堂，关注每⽇推送和通知报名参加。课程是meta与⽣信专题周轮替，并设有答疑环节，解决读者和友提出的问题。
⼩伙伴们，免编程差异的genespring软件好⽤吗？赵⽼师写了⼀整个系列，⽤还原⽂献的⽅式介绍了genespring的使⽤（发送⼤数据到后台，领说明书+查看整个系列）。发送沙龙到后台，复习前⼏期的沙龙内容。上周六，赵⽼师为⼤家在线讲解了免编程学⽣信-genespring差异分⼦案例实践--万能芯⽚数据分析，并现场解答友提出的相关提问（qq463367325）。
(* ￣3)(ε￣ *)感谢⼩编编组假期的⾟苦⼯作，⼤家可以领视频了！
发送 GSNX 到后台，马上得全套现场课程+答疑视频，开始⼩⽩的历练之路吧~
最近提过问题但错过现场答疑的同志，仔细看推送中有没有⾃⼰的提问，领到录像好好学习……
要是有追问，可以组织语⾔在⾥求助（提问前请仔细阅读这篇求助得回应秘诀），如果没有解答，周六统⼀直播回答。点这⾥查看什么是优质的提问~
发送到有道云笔记的优质提问将获得专场解答，将问题写在有道云笔记⾥，进qq463367325，把有道云笔记链接私信发给⼩觅0号（点这⾥看欧阳同学整理的有道云使⽤⼼得）。
问答版与现场答疑内容仅供参考，并⾮标准答案，欢迎⼤家深⼊思考，提出不同的见解。
赵⽼师的⽣信沙龙问答版
问:genespring在哪提供配对信息???
赵忻艺部分⽂字回答：见之后操作课程演⽰
问:
1.可以直接⽤GSE的soft⽂件进⾏临床相关性分析吗？
赵忻艺部分⽂字回答：soft和临床相关性⽆关系
2.散点图可以放在⽂章中吗？
赵忻艺部分⽂字回答：问题表达不清⽆法回答
3.进⾏临床相关性分析时，数据需要进⾏Z-score处理吗？
赵忻艺部分⽂字回答：Z-score与临床相关性⽆关系
4.GEO的数据有包含⽣存资料的吗？
赵忻艺部分⽂字回答：⼤部分不包含，部分包含
问：想问⼀下，如何预测两个基因之间的关系？
赵忻艺部分⽂字回答：ppi和⽪尔森相关系数
问：毕业论⽂中的第⼀部分和第⼆部分某些⽅法学完全⼀样，能不能再复制⼀遍凑字数？
赵忻艺部分⽂字回答：⽆法回答。也不是⽣信问题。
问：请问如果在TANRIC⽤位置搜索到的lncRNA如何能在TCGA到对应的原始数据（因为⽤ENSG号和基因名字搜不到）
赵忻艺部分⽂字回答：可以⽤ENSG号到，操作见录像
问：您好，⽼师我想请教⼀下，GEO2R⾥，TOP250差异基因分析中F值是什么意思呢？我要怎么才能转换得到LogFc呢?
赵忻艺部分⽂字回答：F值代表⽅差，分析可能未定义分组，导致结果出现了F值⽽⽆fold change值
问(留⾔板):LncRNA研究之lncRNA芯⽚分析
你好，请教如何把mRNA和lncRNA数据分开？
赵忻艺部分⽂字回答：见之后操作课程演⽰
问(留⾔板):LncRNA研究之lncRNA芯⽚分析
有⽊有完成上⾯的R语⾔代码哦
答:⼿头⽊有现成的，⾕歌⼀下或者在github⾥搜搜
赵忻艺部分⽂字回答：见之后操作课程演⽰
问：请教，论⽂还没有发表的GEO芯⽚数据是不是不能⽤GENESPRING来分析？因为好多统计⽅法选择之类的不知道作者⽤的是什么
答：可以根据⾃⼰的需要重新分析啊
赵忻艺部分⽂字回答：见之后操作课程演⽰
问:GEO数据⽤genespring分析后有许多同⼀个基因对应了不同的检测值怎么处理
赵忻艺部分⽂字回答：第四期沙龙回答过同样问题（点链接直达）
mp.weixin.qq/s/CwMvQPYvDCASqxFGQHkLDg
问:
1. WGCNA分析时电脑最低配置；
赵忻艺部分⽂字回答：主要看数据量
2. GEO数据分析时使⽤⼈家标准化过的数据跟⽤原始数据做分析时的差异，有什么需要特别注意的，主成分分析，聚类分析也⽤同样⽅法做吗？为啥我看到的⽂章很多没有做主成分分析呢。归⼀化处理呢？那些分析（赵忻艺录像中已回答）
3. IPA富集pathway的时候，那个Z-score是⼲嘛⽤的？
（赵忻艺录像中已回答）
4.GEO数据库在线分析，做差异基因分析时是⽤什么⽅法做质量控制和均⼀化处理的？
（赵忻艺录像中已回答）
5.Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array芯⽚，我们在筛选时是看adj P-value?还是P-value?(如下图），adj P-value是什么意思？
（赵忻艺录像中已回答）
6.⼀个基因对应多个探针名字导致的，这种情况应该怎么处理呢，是去除这⼀类基因吗，还是其他⽅式，去除的话怎么去除
（赵忻艺录像中已回答）
7.在做PPI⽹络图时，我发现好多⾼级的⽹络图感觉⽤cytoscape做不出来，⼈家是怎么做出来的呢，除了cycoscape还有更⾼级得吗
赵忻艺部分⽂字回答：可以做出（应该是还未完全掌握cytoscape作图），或做完图后ppt修改、PS修改
8.如果筛选出来的差异基因的基因名有重复的，那么做热图的时候是不是取平均值呢？
赵忻艺部分⽂字回答：只取⼀个
9.  在TCGA下载了甲基化的数据，合并之后⽤excel打开第⼀列是甲基化的位点cg加⼀串数字，但是没有注明基因名称，请问怎么根据甲基化位点确定是哪个基因？
赵忻艺部分⽂字回答：下载注释⽂件
10. 得到差异基因中出现：CKAP2 /// IGLC1 /// IGLJ2 /// IGLJ2 /// IGLJ3 /// IGLJ3/// IGLJ3 /// IGLV1-44 /// IGLV2-14 /// IGLV@，'///'代表什么意思？这组值还能⽤吗？取哪个名称⽤
（赵忻艺录像中已回答）
（赵忻艺录像中已回答）
[现场追问：a.有芯⽚可以检测isoform表达吗？
赵忻艺部分⽂字回答：可以
b.为什么这⼏个名字⼀样？
赵忻艺部分⽂字回答：别名或重叠基因]
11.假如⼀个数据集⾥只有病例组的CEL⽂件，我可以⽤另外⼀个数据集的健康对照作为对照组吗？这两个数据集是⼀个平台的，⽽且研究的⽅向差不多
赵忻艺部分⽂字回答：不可以，设计要⼀致
12.下载了注释⽂件以后，要怎么进⾏修改注释⽂件，才能在R中运⾏？
赵忻艺部分⽂字回答：⽆法回答
13.怎么知道调⽤的包是来⾃于R⾃带的还是bioconductor的呢
赵忻艺部分⽂字回答：百度
14.安装某个包的时候有没有故意放在当下的运⾏路径中呢，还是每次打开不同的⼯作路径都要重新装⼀次
赵忻艺部分⽂字回答：不需要
15.LncRNA,miRNA,mRNA芯⽚数据有什么不同，处理起来有什么不同
赵忻艺部分⽂字回答：属于哪个公司产品
16.在GEO中下载的原始⽂件是txt⽂件，⽽不是CEL⽂件，要怎么处理才可以在R中筛选差异基因.
赵忻艺部分⽂字回答：不同的R包
17.在GEO数据库中到的数据集，在提交者没有明确注释的情况下，如何进⾏样本的分组。
（赵忻艺录像中已回答）
18.做热图⼀般是把所有差异表达基因都做吗，还是取前50，前100？
赵忻艺部分⽂字回答：根据需求
19.得到的差异基因做通路富集分析，能注释出来相关通路，⾥⾯count有上下调的基因，为什么把上下调差异表达基因分开做通路富集分析，上调基因就注释不到通路呢？
赵忻艺部分⽂字回答：为什么都要有阳性结果呢
20.做通路富集分析时，⽤上调的基因（300多个），可以出⼀些通路。⽤下调的基因（300多个）也可以富集⼀些通路，把上下调的基因加起来（700多个）却富集不出任何通路，这是为什么呢？赵忻艺部分⽂字回答：富集和基因数⽆关
21.如果⽤多个芯⽚、多平台的数据选择各⾃平台注释⽂件得到差异基因交集后，可以绘制热图吗？这种取交集的结果可信吗？批间差等影响因素⼤吗？
赵忻艺部分⽂字回答：组合，异质性分析
22.请问经常运⾏r的时候会出现“因为‘lib’没有被指定”是什么意思要怎么解决
赵忻艺部分⽂字回答：没有遇到过
23.主成分分析到底是什么⽤意，如果我研究的是癌和癌旁，还需要主成分分析吗？主成分分析主要⽤在哪些情况下？
赵忻艺部分⽂字回答：见之后操作课程演⽰
24.R语⾔分析，如果不是affy芯⽚，是illumina或者Aginent芯⽚，能⽤RMA做质量控制吗？
赵忻艺部分⽂字回答：PCA
(学习陈同⽼师的⼀⽂看懂PCA主成分分析)
25.⽣存分析中根据基因表达量分为⾼低组，这个界限是不是根据该基因的算术平均值界定的？
赵忻艺部分⽂字回答：以前回答过同样问题。
数据标准化，cytoscape和⽣存分析界限值——学术问答版14（点⽂字电梯直达）
26.每次重新开r软件，都要重新安装⼀次包才能library是怎么回事？
赵忻艺部分⽂字回答：不会，可能是电脑⾥安装了多个R的版本。
27.WGCNA三个做分析的数据⽂件怎么获得和整理，哪⾥可以下载呢？
赵忻艺部分⽂字回答：以后会详细介绍
28.我看不少芯⽚的再分析的⽂献中都有“质控”这些步骤。请问可以介绍⼀下怎么做吗？
赵忻艺部分⽂字回答：见之后操作课程演⽰
29.400多个基因居然在david⾥富集不出Homo sapiens的通路，只有Bos taurus的通路，这样正常吗，Bos taurus的通路能⽤吗
赵忻艺部分⽂字回答：根据样本背景，如果研究⼈类的，Bos taurus当然不能⽤
30.我筛选出⼏个基因（数量少），做了GO,PATHWAY,PPI，感觉⼯作量不够⼤，还有哪些⽣信⽅法可以进⼀步深⼊做下去呢，不想做实验，但是GO,PATHWAY,PPI感觉⼯作量⼜不⼤，发不了好⽂章。
赵忻艺部分⽂字回答：分析更多数据，或者调整切⼊点
问:
1.请问在做乳腺癌TCGA数据库中的ceRNA时，寻⽬的lncRNA可能结合的miRNA，搜索感兴趣的lncRNA可能结合的miRNA。我们知道的有两个⽹站，预测使⽤到的是DIANA数据库下的在线⽹站，链接如下：carolina./diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex-predicted
和基于这个原理介绍的⽹站是starbase2.0，链接如下：
starbase.sysu.edu/mirLncRNA.php
请问：这两个⽹站都需要⽤到，还是只⽤⼀个⽹站预测就可以？
赵忻艺部分⽂字回答：根据具体情况
赵忻艺部分⽂字回答：根据具体情况
2.如何到上述两个⽹站的lncRNA-miRNA的数据库⽂件或者接⼝？
赵忻艺部分⽂字回答：有导出⽂件
3.如何设计lncRNA- miRNA-mRNA这种ceRNA的实验，有没有参考的教程或者⽂章？
赵忻艺部分⽂字回答：mp.weixin.qq/s/VdDNMhX-dhjjULPTusnPwA
4.做完lncRNA- miRNA-mRNA这种ceRNA的⽹络图后，是否需要做WGCNA，做miRNA的还是Mrna的WGCNA?
赵忻艺部分⽂字回答：不⽤
5 如何探究lncRNA与转录因⼦TF的结合位点？
赵忻艺部分⽂字回答：Chip-seq 注释到lncRNA启动⼦区
问:
1.癌和癌旁差异基因⽐较是否⼀定需要⽤配对设计T检验?
赵忻艺部分⽂字回答：不⼀定
2.如何使⽤genespring配对⽐较，genespring还有哪些好⽤的功能？
赵忻艺部分⽂字回答：差异基因
3.GEO数据库⾥⾯的expression of miccroarry,RNA-Seq等不同芯⽚类型是不是得分开⽐较？筛选差异基因常⽤什么芯⽚。赵忻艺部分⽂字回答：单独分析
4.简要介绍⼀下这⼏种芯⽚⽤于什么筛选
Expressionprofiling by MPSS
MPSS表达谱
·Expressionprofiling by SAGE
SAGE表达谱
·Expressionprofiling by SNP array
单核苷酸多态性序列
·Expressionprofiling by array
阵列表达谱
·Expressionprofiling by genome tiling array
基因组平铺阵列表达谱
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通过⾼通量测序表达谱
·Genomebinding/occupancy profiling by SNP array
基因组结合/占⽤分析的SNP阵列
·Genomebinding/occupancy profiling by array
基于阵列的基因组结合/占⽤分析
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基因组平铺阵列的基因组结合/占⽤分析
·Genomebinding/occupancy profiling by high throughput sequencing
⾼通量测序的基因组结合/占⽤分析
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SNP阵列的基因组变异分析spring教学视频
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⾼通量测序的基因组变异分析
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SNP阵列甲基化分析
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基因组平铺阵列的甲基化分析
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甲基化谱的⾼通量测序
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阵列⾮编码rna分析
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⾮编码RNA分析基因组平铺阵列

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