PDB⽂件的格式
PDB⽂件⾥⾯的信息有严格的格式的。
各⾏数据，如标识、原⼦名、原⼦序号、残基名称、残基序号等，不仅要按照严格的顺序书写，⽽且各项所占的空符串长度，及其所处的各⾏的位置都是严格规定的。
有关PDB⽂件的格式的全部说明可以在⽹站上查询。
对于使⽤分⼦模拟⽽⾔，最需要关⼼的是记录着原⼦坐标的信息。
⼀个PDB⽂件可以是按着这样的格式写的：
Example
1        2        3        4        5        6        7        8 12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
ATOM    32  N  AARG A  -3      11.281  86.699  94.383  0.50 35.88          N
ATOM    33  N  BARG A  -3      11.296  86.721  94.521  0.50 35.60          N
ATOM    34  CA AARG A  -3      12.353  85.696  94.456  0.50 36.67          C
ATOM    35  CA BARG A  -3      12.333  85.862  95.041  0.50 36.42          C
ATOM    36  C  AARG A  -3      13.559  86.257  95.222  0.50 37.37          C
ATOM    37  C  BARG A  -3      12.759  86.530  96.365  0.50 36.39          C
ATOM    38  O  AARG A  -3      13.753  87.471  95.270  0.50 37.74          O
ATOM    39  O  BARG A  -3      12.924  87.757  96.420  0.50 37.26          O
ATOM    40  CB AARG A  -3      12.774  85.306  93.039  0.50 37.25          C
ATOM    41  CB BARG A  -3      13.428  85.746  93.980  0.50 36.60          C
ATOM    42  CG AARG A  -3      11.754  84.432  92.321  0.50 38.44          C
ATOM    43  CG BARG A  -3      12.866  85.172  92.651  0.50 37.31          C
ATOM    44  CD AARG A  -3      11.698  84.678  90.815  0.50 38.51          C
ATOM    45  CD BARG A  -3      13.374  85.886  91.406  0.50 37.66          C
ATOM    46  NE AARG A  -3      12.984  84.447  90.163  0.50 39.94          N
ATOM    47  NE BARG A  -3      12.644  85.487  90.195  0.50 38.24          N
ATOM    48  CZ AARG A  -3      13.202  84.534  88.850  0.50 40.03          C
ATOM    49  CZ BARG A  -3      13.114  85.582  88.947  0.50 39.55          C
ATOM    50  NH1AARG A  -3      12.218  84.840  88.007  0.50 40.76          N
ATOM    51  NH1BARG A  -3      14.338  86.056  88.706  0.50 40.23          N
ATOM    52  NH2AARG A  -3      14.421  84.308  88.373  0.50 40.45          N
Record Format
COLUMNS        DATA  TYPE    FIELD        DEFINITION
-------------------------------------------------------------------------------------
1 -  6        Record name  "ATOM  "
7 - 11        Integer      serial      Atom  serial number.
13 - 16        Atom          name        Atom name.
17            Character    altLoc      Alternate location indicator.
18 - 20        Residue name  resName      Residue name.
22            Character    chainID      Chain identifier.
23 - 26        Integer      resSeq      Residue sequence number.
27            AChar        iCode        Code for insertion of residues.
31 - 38        Real(8.3)    x            Orthogonal coordinates for X in Angstroms.
39 - 46        Real(8.3)    y            Orthogonal coordinates for Y in Angstroms.
47 - 54        Real(8.3)    z            Orthogonal coordinates for Z in Angstroms.
55 - 60        Real(6.2)    occupancy    Occupancy.
61 - 66        Real(6.2)    tempFactor  Temperature  factor.
77 - 78        LString(2)    element      Element symbol, right-justified.
79 - 80        LString(2)    charge      Charge  on the atom.
各⾏记录中，第1-6位记录的是该⾏的“标识”。
第7-11位记录的是序号（是serial，不是index，index=serial-1），PDB⽂件对分⼦结构处理为segment、chain、residue、atom四个层次（⼀般并不⽤到chain），因此这个数位限制只限定了⼀个残基中的原⼦最多只能为99999个，显然是完全⾜够了。
第13-16位为原⼦名称，但往往是从第14位开始写，占四个字符的原⼦名才会从第13位开始写。Discovery Studio总是从第14位开始写，对于四个字符的原⼦名则会将第四个字符写在第13位上，不注意则会引起⿇烦。我本科毕设的时候有过惨痛的教训。
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第17位定义为可别定位符，尚未遇到这样的⽤法，不清楚作⽤为何。
第18-20位为残基名（resname），只有三个字符的长度，因此在定义⾃⼰的分⼦拓扑⽂件时要注意残基名称的长度。
第21位留空。
第22位是chainID。
第27位是iCode，不清楚⽤途。
第28-30位留空。
31-38，39-46，47-54位分别记录原⼦的x、y、z坐标，各是⼀个8位长度、带有3位⼩数的浮点数。
55-60为occupancy，没有⽤到过这个性质；61-66是温度因⼦，就是所谓的1/(kT)。都是6位长度、2位⼩数的浮点数。
73-76位在PDB的⽂档说明⾥⾯没有，VMD⾥⾯则⽤来记录segid。
77-78位记录元素符号。
79-80可以记录电荷，但实际上分⼦模拟中，电荷往往是要重新定义的，所以这⼀列往往也⽤不到。V
MD写出的PDB⽂件中，这⼀列就不存在了。
明⽩了⼀个PDB⽂件的格式，就可以利⽤程序或脚本批量处理⼤量的PDB⽂件了。

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