Pdb格式详解
PDB格式是包含原子坐标文件的标准。PDB格式包含线性信息在一个文本文件里。文件中每一行的信息叫做一个“记录”。一个文件通常包含几个不同类型的records，并且按照特定的顺序排列来描述一个结构。
下表描述了选择性的记录的类型。旧的PDB格式或许没有完全加入到新的格式规格。从大多数使用者的力场出发，旧文件和新文件最大的不同在ATOM和HETATM的温度因素。此外，一些空白的区域，就如同，当一个原子没有转变位置时转变后位置的指标。
Pdb格式 | ||||
记录类型 | 列 | 数据 | 正当 | 数据类型 |
原子坐标ATOM | 1-4 7-11 13-16 17 18-20 22 23-26 27 31-38 39-46 47-54 55-60 61-66 73-76 77-78 79-80 | 原子 原子连续数 原子名字 转变位置指示剂 残基名字 链标识符 残基序列数目 编码插入残基 X坐标 Y坐标 Z坐标 占有 温度因素 段标识 元素标识 电荷 | 左 右 左 右 右 右 右 右 右 左 | 字符 整型 字符 字符 字符 字符 整型 字符 浮点 浮点 浮点 浮点 浮点 字符 字符 字符 |
非标准原子坐标 HETATM | 1-6 7-80 | 非标准原子 和ATOM相同 | ||
端点 TER | 1-3 7-11 18-20 22 23-26 27 | 端点 连续数目 残基数目 链标识符 残基序列数目 编码插入残基 | 字符 整型 字符 字符 整型 字符 | |
二硫键 SSBOND | 1-6 8-10 12-14 16 18-21 22 26-28 30 32-35 36 60-65 67-72 | 二硫键 连续数目 残基名字（半胱氨酸） 链标识符 残基序列数目 残基名字（半胱氨酸） 链标识符 残继序列数目 编码插入残基 对第一个残基的对称操作 对第二个残基的对称操作 | 字符 整型 字符 字符 整型 字符 字符 字符 整型 字符 整型 整型 | |
螺旋 HELIX | 1-5 8-10 12-14 16-18 20 22-25 26 28-30 32 34-37 38 39-40 41-70 72-76 | 螺旋 螺旋连续数目 螺旋标识符 第一个残基的名字 链标识符 残基序列数目 编码插入的残基 端点残基名 链标识符 残基序列数目 编码插入的残基 螺旋的类型 评价 螺旋的长度 | 字符 整型 字符 字符 字符 整型 字符 字符 字符 整型 字符 整型 字符 整型 | |
表 SHEET | 1-5 8-10 12-14 15-16 18-20 22 23-26 27 29-31 33 34-37 38 39-40 42-45 46-48 50 51-54 55 57-60 61-63 65 66-69 70 | 表 组分数目（在当前表） 表标识符 组分数目（在当前表） 最初残基名字 链标识符 残基序列数目 编码插入残基 端点残基名 链标识符 残基序列数目 编码插入的残基 组分的感观关于前一组分 以下区域定义两个原子，当有氢键存在时，第一个原子在当前组分，第二个原子在前一组分。这些区域应在组分1中为空白。 原子名字（与ATOM记录一致） 残基名字 链标识符 残疾序列数目 编码插入残基 原子名字（与ATOM记录一致） 残基名字 链标识符 残基序列数目 编码插入残基 | 字符 整型 字符 pdb文件阅读器安卓整型 字符 字符 整型 字符 字符 字符 整型 字符 整型 字符 字符 字符 整型 字符 字符 字符 字符 整型 字符 | |
注：平行标识为1，不平行标识为-1，组分1被标识为0.
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