packmol建模流程-计算⼀、建模流程（modelling procedure）：
2.导⼊vesta转成pdb1⽂件
3.再将pdb1⽂件放到vmd转成pdb2⽂件
（1）测模型中⼼点的坐标，
命令： set sel [atomselect top all]
measure center $sel
中⼼点：1.5594003200531006 4.472419738769531 6.06.083080291748047
（2）測量周期最⼤最⼩边界
set everyone [atomselect top all]
measure minmax $everyone
（3）get the scale of our box（盒⼦尺⼨）：
measure minmax $sel
X：-2.062 to 5.181 y：0 to 8.945 z：0 to 12.166
4.将pdb2⽂件和所需建模⽂件（如：water⽂件），⼀并放到有的⽂件夹⾥
5.写好inp⽂件
6.打开cmd，输⼊计算命令<xx.inp，即可得到所需模型的pdb3⽂件。
* packmol建模流程的操作视频链接：
⼆、Modify the charge of atom
# modify charge：
set 0 [atomselect top "name O"]
$0 set charge -1.0500
set 1 [atomselect top "name Al"]
$1 set charge 1.700
set 2 [atomselect top "name Si"]
$2 set charge 2.2700
set 3 [atomselect top "name Ca"]
$3 set charge 1.48
set sel [atomselect top all]
$sel writepsf m1.psf
$sel writepdb m1.pdb
mol load psf m1.psf pdb m1.pdb
topo writelammpsdata m1.data
三、VMD⽤到⼏条重要命令
1.# get the scale of our box：
measure minmax $sel
pdb文件阅读器安卓2.测模型中⼼点的坐标，命令：
set sel [atomselect top all]
measure center $sel
3.
#1.将模型各原⼦赋予电荷，⽤vmd命令——l
#lammps计算时肯定会显⽰电荷不呈中性，所以data中电荷还需要修改，平衡电荷后还能成为最终的data：
#法⼀：excel：excel---数据----导⼊外部数据-----导⼊数据-------选择⽂本⽂件1.txT--------选中固定宽度后点击下⼀步------下⼀步------完成-------选择表中存放位置
#4.上⼀步中的data 还需要把盒⼦参数写进去，l中最后⼀个命令已算出
四、计算命令：
计算命令：
lmp-mpi < mmt.in >mmt.out &
lmp_mkl < mmt.in >mmt.out
& 查看计算状态：
“top” 进⼊后台
“q” 退出来
“Ctrl+ C” 停⽌计算（前台）
“kill+编号” 停⽌计算（后台）

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