GROMACS教程
    GROMACS 是一个使用经典分子动力学理论研究蛋白质动力学的高端的高效的工具。GROMACS是遵守GNU许可的免费软件，可以从以下站点下载：.，并且可以在linux和 Windows上使用。
在本教程中，将研究一个从漏斗形蜘蛛的毒液中分离的毒素。我们将使用显性溶剂动力学的方法来进行研究。首先比较真空中和溶解的模型。我们将把毒素肽溶在水盒子里，紧接着用牛顿运动定律加以平衡。我们还将比较偿离子在显性溶剂动力学中的影响。
更全面的用法指导请参考的GROMACS 用户手册.
注意：在本教程中，将要生成的gromacs（*.gro）结构文件，可以用VMD（下.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ ）查看。
一 Gromacs基本模拟流程
1 下载pdb文件
1OMB.pdb (./pdb/)
2 用pdb2gmx 处理 pdb 文件
pdb2gmx –ignh –ff G43a1  –f 1OMB.pdb  –o fws.pdb  –p –water spce
pdb2gmx  此命令将pdb文件转换成gromacs文件并产生拓扑文件。
-ignh    因为本pdb文件是由 NMR产生的，含有氢原子，因此用-ignh选项忽略文件中的氢原子。
-ff       指定力场（G43a1是Gromos96力场，一个通用原子力场）。
-f         读入pdb文件，
pdb文件阅读器安卓-o       指定一个新产生的pdb文件（也可以是其它多种类型文件）的文件名。
-p       指定新产生的拓扑文件名。拓扑文件包含了所有力场参数（基于一开始选择的力场），因此非常重要。
-water   来指定水模型研究表明SPC/E 水模型在水盒子模拟中表现最好。用SPC/E 水模型研究长程静电相互作用较好。
#注：对于下面将要用到的任何命令，都可以使用“-h”查看该命令的使用方法，比如，对于命令pdb2gmx 可以使用： pdb2gmx –h

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