Gromacs多链模拟2009-12-15 21:50
进行模拟计算时，如果模拟分子由两条以上的链组成，一般都要明确告诉模拟软件区分两条链。模拟软件一般没有那么聪明，除非明确定义，否则它会把两条以上的化学链（如肽链，DNA，其他聚酰胺等）看成一条链。在建立模拟文件是，上一条链尾端会于下一条链头部加一个共价化学键（如肽键）。由于该化学键一般很长，开始模拟时系统就“爆炸”了。pdb文件阅读器安卓
AMBER软件在处理这样的问题的，需要编辑原始的PDB文件，在每一条链结尾处添加“TER”。在GMX中，这种做法行不通（其实开发人员应该考虑这个问题）。解决的办法要在原始PDB文件中给每一条链添加链标识符，如“A”，“B”等等。（如果26个字母不够用，那就使用数字1到9，然后还可以使用特殊字符，如"$“，”￥“等等）。这样，使用 pdb2gmx 处理PDB文件的时候，就会得到各个链的拓扑文件，如topol_A.itp，topol_B.itp等等，并都被p包含。
以上所述使用一个字符标识PDB文件中不同的链，是因为PDB文件只使用第22字符列作为链标识位，两个字符以上不认。（即AA，AB标识的链都被认为是A链。）
那么如果拿到一个没有链标识符的PDB坐标文件或GRO文件，该怎么办呢？那么要先使用make_ndx将不同链的残基选作不同的分子组（group），然后使用editconf将不同组输出成带链标识符的PDB文件，命令如：
editconf -f File.pdb(/) -n indenx.ndx -o chian_A.pdb -lable A
（以上可以等等A链，以此类推得到不同的链的PDB文件）。
最后将这些PDB文件组合成一个PDB文件，再由pdb2gmx处理即可。甚是麻烦。。。

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