《生物信息学》第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分）
蛋白质分子表面性质：VMD创建PSF文件
蛋白质分子表面性质是蛋白质结构的重要研究内容之一，对了解蛋白质的功能至关重要。蛋白质的表面性质包括表面性状、表面电荷分布、表面残基可溶性等。表面性状可以用VMD 的Surface这种Representation表示，电荷分布和可溶性分布同样也可以用VMD计算并标识出来。
举例：VMD做蛋白质表面的电荷分布（课程附件下载A.pdb）
1.下载APBS插件
做电荷分布，需要先给VMD下载APBS的插件（可从课程附件中下载），下载后解压缩得到APBS文件夹。将APBS文件夹移动到VMD的安装目录里（也可放在其他位置）。需要说明的是，VMD不识别中文，所以不管是读取的文件还是写入的文件，你的文件路径中都不能有中文。
2.创建工作目录
首先在D盘的根目录下创建一个工作文件夹test。之后产生的一系列文件都存在这里。把A.pdb移动到test文件夹里。
3.创建PSF文件
PSF文件是另一种存储蛋白质结构信息的文件。做表面电荷分布的APBS插件需要读取通过A.pdb创建出的PSF文件。
- 打开VMD，读取A.pdb
- 点主窗口Extensions → 点Modeling → 点Automatic PSF Builder → 弹出AutoPSF窗口
- 在AutoPSF窗口的Molecule选择已打开的A.pdb
- 在Output basenam里给即将创建的PSF文件起名并指定其保存路径为D:\test\A_autopsf
- 在Topology files里面选中VMD自带的拓扑文件 → 点Load input files加载文件
- 在Step2: Selections to include in PSF/PDB里选everything → 点Guess and split chains ……
- 弹出提示窗口 → 点no
- 在Step3: Segments Identified里检测到一条链
- 点右下角I’m feeling lucky，开始创建PSF文件
- 弹出提示窗口 → 点no
pdb文件阅读器安卓- 弹出提示窗口 → 显示structure complete → 点确定，PSF文件创建成功
PSF文件创建成功后，test文件夹里多了三个文件：A_autopsf.log，A_autopsf.psf和A_autopsf.pdb文件。Log文件为日志文件，无用。下一步做蛋白质表面的电荷分布需要用到另外两个新创建的PDB文件和PSF文件。

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