PyMOL⼩⽩⾃留教程1——PyMOL的安装
函数指针数组初始化PyMOL是⼀款⾮常实⽤的三维结构可视化软件。2019年底,我第⼀接触使⽤PyMOL。作为⼀个⼩⽩,虽然从安装到使⽤⾛了⼀些弯路,但这个软件是真的好⽤,功能很全且图⽚超棒。现在将⾃⼰在安装和使⽤过程中的⽅法和⼼得分期制作教程分享给⼤家,希望能对⼤家有些许帮助。过程我尽量写得详尽,如有错误也请不吝批评。mvc模式主要功能
另:1.安装笔记是2020年初写的,使⽤的就是⾃⼰安装时的过程截图,所以安装版本并不是现在最新版,但过程是相同的。2.本⼈电脑是win10系统,以下⽅法均基于windows系统。
⼀. Python 安装
PyMOL软件是基于Python语⾔的软件。因此,在安装PyMOL前需要安装Python为其创建运⾏环境。
1. 下载。
2. 安装。
双击下载⽂件,进⼊安装模式。选择“Install launcher for all users”和“Add Python 3.9 to PATH”两个选择框,并以Customize installation⽅式安装,随后安装选项均为默认,直⾄出现安装位置。
3. 安装位置。
⾃定义⽂件夹名称,但⼀定记住⽂件夹的位置⽅便后续运⾏程序。)将新建⽂件夹作为根⽬录,如:
D:\anacondapython27-64。(注:⾃定义⽂件夹名称,但⼀定记住⽂件夹的位置⽅便后续运⾏程序。Python安装在该⽬录中。
电脑python安装教程4. 验证Python安装情况
打开CMD命令提⽰符。不知道在哪⾥可以直接搜索。
D:\ -V
在CMD中运⾏:D:\anacondapython27-64\
(安装时,将以上加粗部分替换成⾃⼰安装Python的根⽬录就可以了)出现软件版本号,说明安装成功。
不⽤CMD,喜欢使⽤powershell运⾏也可以。
spring mvc流程示例⼆. PyMOL的安装
通常安装PyMOL有两种⽅式,⼀是从官⽹下载安装;⼆是下载安装开源版。
1. 官⽹下载安装
官⽹安装的优点是⽅便快捷,但需要注册,并提供响应费⽤。也可以选择试⽤30天,试⽤期过后,渲染(Ray)图⽚时会出现⽔印,⽆法⽣成⾼质量图⽚。如果是短期使⽤,可以尝试。(在我不会装开源版的时候,下载使⽤过。很好安装)
进⼊官⽹,选择Download now
需要注意的是,Python与PyMOL的版本需要匹配。此处官⽹PyMOL给出的运⾏环境包括Python3.7。因此,如要安装官⽅版本,需要特别注意⼀下。
今天在官⽹查了⼀下,官⽅发布的最新版本为PyMOL2.5,Python3.7同样适⽤。
phpsleep是什么
2. 开源版的下载与安装
1)下载whl⽂件包。
numpy+mkl安装包:numpy‑1.20.1+mkl‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl
numpy+mkl安装包
Pymol软件包:pymol_launcher‑2.1‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl
Pymol软件包
pymol_launcher安装包:pymol‑2.5.0a0‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl 或pymol-2.4.0-cp39-cp39-win_amd64.whl pymol_launcher安装包
Pmw安装包
Pmw安装包:Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl
注:
⽹页中可供选择的安装包很多,因此需要⼤致了解这些安装包名称的含义,⽅便选择。例如:numpy‑1.20.1+mkl‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl 代表该安装包匹配python3.9, win 64bit的python和系统。
2) 安装
打开CMD,输⼊以下指令,运⾏⽂件包
D:\ -m pip install D:/numpy-1.20.1+mkl-cp39-cp39-win_amd64.whl
D:\ -m pip install D:/pymol-2.5.0a0-cp39-cp39-win_amd64.whl
D:\ -m pip install D:/pymol-2.4.0-cp39-cp39-win_amd64.whl(与上⼀指令为不同版本,尝试后⼆者皆可,因此安装时⼆者选择⼀个安装即可)
D:\ -m pip install D:/pymol_launcher-2.1-cp39-cp39-win_amd64.whl
D:\ -m pip install D:/Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl
运⾏结果:
cnn wold新闻运⾏完毕后,在Python安装的⽂件夹下到⽂件,双击即可打开PyMOL。

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