系统树分枝上的Bootstrap值是什么?
Felsenstein(1985)的自展检验(Bootstrap检验)是最常用来检验一个推断树可靠性的检验,这种检验是采用自展重复抽样的方法来评估一个推断树的可靠性。
以一个alignment为例,首先使用某种建树的方法,如NJ法,MP和ML法,从数据集中构建一个原始树。现在使用自展重复抽样技术来检验这棵树的可靠性。
在自展重复抽样时,n个核苷酸位点被随机地从原始序列集中被抽取。一些位点可以被选中多次,而一些位点有可能一次也不会被选中。
这些随机抽取的n个核苷酸位点(列)组成了新的基因序列集,采用同样的建树方法来构建另一棵树。此树的拓扑结构与原始树的结构进行比较。如果原始树的内部分支与自展值有相同的序列分隔的则赋值为特征值1,而其他内部分枝赋值0。此过程重复上百次,该原始树的每个内部分支得到特征值1的次数百分比被计算。我们称这个值为自展置信值(PB)或简称自展值。
bootstrap检验方法
一般来说PB是95%或者99%以上(也可根据人们需要的精确度

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