nnunet修改batchsize、patchsize
nnunet修改batchsize、patchsize
本⽂只是为了⾃⼰平时训练⽅便⽽做的笔记，不保证⼀定正确，但这样修改的确能正常使⽤。
1、⾸先使⽤官⽅的数据集处理命令，对数据集进⾏处理
2、使⽤如下代码修改batchszie、patchsize
import pickle
from batchgenerators.utilities.file_and_folder_operations import*
import numpy as npimport pickle
#源plans⽂件的路径，基于该⽂件进⾏修改，这个保存batchsize的⽂件在processed⽂件夹对应的任务id下，请根据实际情况修改下⾯路径
path ='/home/nnUNet_preprocessed/Task017_Liver/nnUNetPlansv2.1_plans_3D.pkl'
f =open(path,'rb')
plans = pickle.load(f)
#可以通过print命令查看整个⽂件的内容，格式为类似json的结构，可以⽤⼀些json格式化⼯具查看，具体度娘
# print(plans)
# print("--------------分割线--------------")
# 查看原来的patchsize
print(plans['plans_per_stage'][0]['patch_size'])
print(plans['plans_per_stage'][1]['patch_size'])
plans = load_pickle(path)
# 例如，plans 更改patchsize 将batchsize改为6 patchsize改为48*192*192
plans['plans_per_stage'][0]['batch_size']=6
plans['plans_per_stage'][0]['patch_size']= np.array((48,192,192))
plans['plans_per_stage'][1]['batch_size']=6
plans['plans_per_stage'][1]['patch_size']= np.array((48,192,192))
# save the plans under a new plans name. Note that the new plans file must end with _plans_2D.pkl!
#保存到默认的路径下，这样才能被识别，必须以_plans_2D.pkl或者_plans_3D.pkl结尾；可以按照以下⽅式命名⽅便通过⽂件名识别batchsize的⼤⼩save_pickle(plans, join("/home/nnUNet_preprocessed/Task017_Liver/",
'nnUNetPlansv2.1_ps48_192_192_bs6_plans_3D.pkl'))

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