IPP同类软件功能 / 特性/比较
(一)NIS-Elements
NIS-Elements为尼康公司新近推出的显微图像处理软件, 它包括三个不同功能定位的产品, 由低到高分别为: NIS-Elements D (Documentation), NIS-Elements Br (Basic Research) 以及 NIS-Elements Ar (Anvanced Research)。
1 NIS-Elements Ar 基本功能
1.1 图像采集
∙多维采集: 时序+ Z轴+多荧光通道(需插件, 方可支持6D)
∙高速采集: RAM 采集.
∙显微镜及外设, 相机的控制
1.2 图像浏览
∙多维图像浏览器(ND viewer)
∙同步预览两张或多张多维图像
∙读取Nikon 共聚焦图像
1.3 图像处理
∙彩调整: 各个彩的Hue通道单独调整, 提取彩图像的RGB及HIS通道
∙滤镜: 平滑, 锐化及边缘检测等
∙图像运算: 彩图像间的A+B/A-B/Max/Min
∙通道合并: 维持原来的图像位深,合成多个荧光通道至RGB图像
∙形态学处理:多种滤镜
1.基本形态学滤镜: 腐蚀, 膨胀, 开启, 关闭
2.等位转换(•Homotopic transformations): 清除(Clean), 填洞(Fill holes), 边缘, 光滑,
3.骨架化: 中轴(Medial axes), 骨架化, 修剪
4.形态学分离及其它滤镜
1.4 图像测量
∙手动测量: 测量参数如:分类学, 计数, 长度, 半轴(semiaxes), 角度等, 可在图像上直接划对象测量, 结果输出至EXCELL
∙自动测量: 创建二值图像, 参数包括:面积, 长度,密度以及比测定等, 可自动测量超过90个对象及视野的特征
∙分类: 根据用户要求, 基于不同的像素特征来分割图像像素: 如亮度值, RGB值, HIS值以及忽略亮度值的RGB值, 分类数据以单独文件保存
∙亮度曲线: 两点线, 水平线,垂直线及多线亮度测量
∙时间测量: 在线或离线记录特定时间间隔, 特定探针的平均像素亮度值, 支持Ratio测量
1.5 报告生成器
∙创建用户化报告: 包括图像, 测量数据, 数据库简介, 用户文本, 图表等
∙直接创建PDF文本
1.6 图像拼接
借助电动载物台, 拼接高分辩率的超大图像
1.7 宏功能
2 插件(可选):
下述插件可与不同版本的NIS-Elements组配
1 多维采集: 采集维数6: X+Y,+Z+荧光通道+时间+多个样品点; 有效的工作流程控制及直观的GUI界
面便于采集图像至ND2 序列文件; 用户可为每一维数设立合适的参数; 软硬件无缝集成,
提供优良的试验结果;图像可转换至其它支持的图像或视频文件格式
2 二维实时反卷积: 运用Auto Quant公司的反卷积算法, 便于观察活体样品内发生的细微生物学事件
3 三维反卷积: 利用Auto Quant公司的反卷积算法, 去除序列图像焦平面外的模糊信息
4 EDF: 运用自动聚焦的电动载物台, 进行超高分辩率大图像拼接,:单一GUI窗口便于进入图像记
录工具, 加速采集流程. 将采自不同焦面上的Z序列图像合成为一张全聚焦图像, 生成体视
图(stereovision image)及3D表面曲线图(Virtual 3D surface image)
5 图像数据库: 一键式操作, 集成图像采集以及指定的数据库输出
讨论:
1. 该软件为 NIKON 从 捷克软件公司 Laboratory Imaging OEM 产品。
直条图和直方图图片www.laboratory-imaging/index.html
2.LIM 公司主要经验在材料应用方向。进入生物领域时间不长,应此该新产品需要相当的
时间才可能成熟。该产品由美国NIKON 公司发起,日常需要美国与捷克沟通,其合作的长期稳定性也是疑问。
3.新产品没有参考文献, 要得到中国生物用户的认可并不容易。
产品功能方面:
1.NIS-Elements D
为单窗口软件,没有测量和处理功能,只能作为最低级的采图工具。
2.NIS-Elements Br (Basic Research)
有类似IPP基本的测量和处理功能。但不含:Database 为插件,EDF 为插件,Alignment (调整),Macro(只能运行写好的macro, 不能开发和用户化),Tracking (可选 time measurement 模块,此模块只能测量强度随时间变化,只是IPP Tracking 的一个功能而已。 )。
3.NIS-Elements Ar (Advanced Research)
Database 为插件,EDF 为插件,Tracking (可选 time measurement 模块,此模块只能测量强度随时间变化,只是IPP Tracking 的一个功能而已。
4. 改产品没有 3D constructor 功能模块。
3 NIS-Elements 三个不同版本Ar, Br及 D功能比较
(二) Simple PCI
Simple PCI 是Compix Inc., Imaging Systems公司的产品, 该公司于1987年在美国宾州成立2003年被Hamamatsu Photonics Management Corporation(Delaware)收购.
SimplePCI 为通用分析处理软件,适合于医学、生物、科研、工业和其他领域的专业图像处理系统. 其图像处理产品由基本功能软件: Simple PCI Core加上6个功能扩展模块: AIC(自动采集), IPA(图像处理与跟踪), DIA(活细胞成像及分析), DNN(反卷积), QFA(FRET分析), VIZ(3D重建)组成.
1 Simple PCI Core功能:
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