用Image-Pro Plus数细胞,自己总结的。
方法一:手工标点计数。Measure/measurements,点measurements面板features工具第一列第二个create point feature,在图片窗口点选即可。点软件主菜单下快捷工具按纽第二行那个像照相机的按纽(snap picture of image with measurement overlays)可以将标记了的图片以快照方式另存。
方法二:逐一定义AOI(area of interest)法。点快捷工具按纽第一行13个(irregular AOI),弹出Magic ward或Trace,两者可互相切换。Magic ward下,鼠标在图片窗口变成魔术棒,点击可大致沿细胞边缘选中。再点快捷工具按纽第一行14个(Multiple AOI),选Add,再用魔术棒点下一个细胞,再Add,依次重复。Measure/count/size,弹出的count/size面板,菜单栏点edit/convert AOIs to Objects,即在count/size面板上total count显示计数,图片同时显示计数标记。这种方法的好处是选中的细胞可以用来测量,测量结果可以输出到excel作统计。
方法三:定义class,自动计数法。Measure/count/size,弹出count/size面板,Intensity range selection区域内有三个选择:automatic bright objects和automatic dark objects分别定义灰度在128-255和0-128的对象,选中后点count即自动计数。这多用于荧光照片。点delete恢复到计数前。更常用的是第一种选择:Manual,点select colors,弹出segmentation面板,选color
方法一:手工标点计数。Measure/measurements,点measurements面板features工具第一列第二个create point feature,在图片窗口点选即可。点软件主菜单下快捷工具按纽第二行那个像照相机的按纽(snap picture of image with measurement overlays)可以将标记了的图片以快照方式另存。
方法二:逐一定义AOI(area of interest)法。点快捷工具按纽第一行13个(irregular AOI),弹出Magic ward或Trace,两者可互相切换。Magic ward下,鼠标在图片窗口变成魔术棒,点击可大致沿细胞边缘选中。再点快捷工具按纽第一行14个(Multiple AOI),选Add,再用魔术棒点下一个细胞,再Add,依次重复。Measure/count/size,弹出的count/size面板,菜单栏点edit/convert AOIs to Objects,即在count/size面板上total count显示计数,图片同时显示计数标记。这种方法的好处是选中的细胞可以用来测量,测量结果可以输出到excel作统计。
方法三:定义class,自动计数法。Measure/count/size,弹出count/size面板,Intensity range selection区域内有三个选择:automatic bright objects和automatic dark objects分别定义灰度在128-255和0-128的对象,选中后点count即自动计数。这多用于荧光照片。点delete恢复到计数前。更常用的是第一种选择:Manual,点select colors,弹出segmentation面板,选color
cube based页,用吸管工具选取细胞彩,相近彩的细胞即自动被选中。点close,再点count完成计数。segmentation面板如果选histogram base页,将右边下拉选框中的RGB改为HSI(H为调,就是我们眼睛所看到的红橙黄绿青蓝紫等。S为饱和度,I为强度),点一下H,直方图显示就是图片各象素H值的分布,在直方图的两边各有一根线,这就是选择线,同理S,I,首先保持S、I为最大范围,从H中选择感兴趣的细胞颜,一般免疫组化多为棕黄,微调选择线使选中区域满意。点close,再点count完成计数。这种方法的优点是自动,缺点是可能把一些错误引入。提高正确率首先切片质量要好,照片拍的要好;其次是定义AOI尽可能仔细准确;再次可以通过软件提供的校正方法:1)filter,利用一些参数特点将不合要求的滤除。在count/size面板上将apply filter ranges选项勾上。Measure/select measurements,弹出select measurements面板,左边是可供测量的参数(最常用的是area、density(mean)、IOD),选中即出现在右边,在右边选中后激活下面的范围选择,选择适当范围即可将不在范围内的滤除(如area,image pro plusstart选50,则将所有小于50像素的杂点均去除)。回到count/size面板,再点count,即重新计数,显示filter后的结果。2)split,用于将两个合并在一起的点分开。有时两个细胞距离太近,软件会把他们认成一个。count/size面板,edit/split objects,左键在图片上拖出一条线分割细胞,右键确定,计数结果将自动改变。
3)merge,用于将多个点合并成一点。count/size面板,edit/draw/merge objects,左键框中几个细胞,右键确定,计数结果将自动改变。
所谓class,就是自动计数法中,被共同选中的整体,每一个分隔的部分就是一个object(比如说所有的阳性区域就是一个class,而每一个阳性细胞就是一个object)。一张图片上可以定义几个class,比如说双染的切片,既要计数核又要计数胞浆。在segmentation面板下,按new,新建class2,class1吸取胞核颜,class2吸取胞浆。Count显示两者的和,两者分别的值可以通过range/statistics查看。
所谓class,就是自动计数法中,被共同选中的整体,每一个分隔的部分就是一个object(比如说所有的阳性区域就是一个class,而每一个阳性细胞就是一个object)。一张图片上可以定义几个class,比如说双染的切片,既要计数核又要计数胞浆。在segmentation面板下,按new,新建class2,class1吸取胞核颜,class2吸取胞浆。Count显示两者的和,两者分别的值可以通过range/statistics查看。
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