Diamond晶体软件问题集锦
⼩⽊⾍Diamond软件问题集锦
晶体版版主yanhualover
2010年6⽉13⽇
1.Diamond出图时怎么设置dpi数⽬
我在使⽤Diamond出图时分辨率并不算⼩，可是编辑说我的图只有96dpi，但杂志要求⾄少600dpi，请问我该怎么设置？
答: 在/对话框的Targets中选择Bitmap，然后就可以⾃⼰输⼊需要的分辨率了.要保存为位图格式才可以。如果是JPG格式，还是96dpi.
答: 呵呵，发现在tools下拉菜单的option⾥.
2.Diamond椭球图阴影画图
如图中所⽰，怎么画出每个椭球中的阴影部分？我⽤的是3.1d版本.
答：这个是在diamond中的'原⼦设置中'中选的，具体如下：picture-------atoms design-------style and colors-------style中选择octant即可。
3.怎样建⽴氢键
我这⼉有⼀个cif⽂件，⼀个tab⽂件和两个已经⽤diamond作好的图，但不知道这两个图是怎么画出来的，想知道作图过程，请diamond⾼⼿⽤word或pdf写出作图过程。
答：没什么技术含量的吧，堆积⼀下，删掉多余的原⼦，创建氢键就好。
4.怎样建⽴单个分⼦
diamond⼀打开cif，就是堆积图，怎么才能显⽰⼀个分⼦。
答：好像最新的更新包已经改过这个bug了。但是因为没有对应的破解程序，所以俺还是⽤以前的3.0，经常遇到这个问题。如果你的分⼦间没有作⽤，即：没有乱七⼋糟的键连在⼀起，选中⼀个原⼦，然后，ctrol+M, 选中⼀个分⼦，然后，反选，即选中除该分⼦之外的所有分⼦，然后⼀键 delete, 就ok了。如果分⼦连成⽚，就删吧。
对于⾮中⼼分⼦，即含反离⼦的分⼦结构要⼩⼼，不要把反离⼦漏掉了。当然，如果不⽤画就没问题了。以上拙见，仅供参考。
答：diamond打开cif时选“建⽴单个分⼦”，然后点完成，不要点下⼀步。
5.请教diamond画C60遇到的问题
（1）我这个C60在画多⾯体的时候，中间inset 的atom的半径在每个⾯上都要⾃⼰⼀个⼀个去设定radium，有没有同类原⼦半径⼀起设置的？⾥⾯没有到。
（2）当我把中间的 dummy原⼦（就是为了画多⾯体的时候新加⼊的）的半径设为0后，如果想改C60的每个⾯的颜⾊的画，这个怎么改的？
（3）最后问⼀下，我保存的图⽚中背景的 diamond demonstrator 如何去掉。
另献上我第⼀幅diamond图，如下。
答：1. 可以在atom设置⾥到假原⼦直接设置2. 以假原⼦为中⼼画多⾯体3. 你⽤的应该是未破解版本。
6.diamond中如何在螺旋链中插⼊⼀根棒
diamond中如何在螺旋链中插⼊⼀根棒，以及如何看结构是单螺旋还是双螺旋结构，如何画出单，双螺旋结构？
答：插⼊⼏个哑原⼦，然后连键，进⾏⼀些设置就可以了。前段时间有⼈传了⼀些Diamond的说明，其中有⼀个⽂件就是详细说明这个棒怎么画的。
到了这个⽂件，感谢原作者Crystalsnet，我把它上传到纳⽶盘，你⾃⼰下载下来看看就知道怎么做了。
答：在孔道两侧虚拟两个原⼦，然后在这两个原⼦间成建，设置⼀下键参数就可以了！
答：具体说，选择两端的⼏个院⼦，再这⼏个的中⼼位置，分别insert atoms , 再连接⼼连接， insert bond, 在按你的意思edit the bond。
7.如何去掉M-C,M-H连接
打开⼀个晶体数据后，在connectivity中把M-C,M-H去掉后。再点complete fragments
后，这些M-C,M-H⼜连上了，求助⾼⼿。
答：点下connect now 再确定试试。
8.diamond⾥⾯如何定义元素化合价
怎么样定义元素的化合价，然后使半径⽐例随之改变？？默认设置好像都是原⼦半径。
答：问题解决了，在atomic parameter⾥⾯。
9.diamond画配位环境时到⼀定程度原⼦就长不出来了，是怎么回事
radius软件
今天⽤diamond画配位环境时画到⼀定程度（配位环境没画完）原⼦就长不出来了，不知是怎么回事？请⾼⼿指点，谢谢！
答：试试在“Type of sphere”中把Rmax值设⼤⼀些。
答：或者试试⽤⼩太阳符号“Fill coordination directly"。
10.修改Diamond的默认单胞数
我不知道动了什么参数让Diamond的默认单胞数为2了，也就是说每次⼀打开就是两个单胞⾥的不对称结构单元，在哪改回去吖？
答：菜单栏的picture-->guidance-->picture creation assistant-->destroy all atoms, bonds 项选勾，下⼀步-->在fill cell range with项⾥选择需要的单胞数，按完成。OK！每次⽤diamond打开cif⽂件时，在引导项中注意选择单胞数，就可以控制显⽰的单胞数了。
11.在diamond⾥怎么让所有⼀定键长的原⼦连起来呢
如题.我怎么选connectivity，设上DMAX，按OK，不管⽤呢?
答：我这么做也不管⽤，后来就在读⼊cif之后先不⽣成图，先在connectivity⾥设定要的健长范围就可以了。
答：那是没有设上，该了之后要再点⼀下需设原⼦才⾏。
答：管⽤的，应该是你操作有问题。
12.怎么取消透视图
我⽤的是3.0读完cif之后出现的直接是透视图，怎么取消啊？
答：应该是⽤Representation Settings。
答：⽤central projection命令！
13.绘制黄⾊和蓝⾊矩形
请⾼⼿帮忙看⼀下图中的黄⾊和蓝⾊矩形区域如何画？通过原⼦建⽴平⾯时，所得的矩形太⼤，不知道如何调整到所要的⼤⼩。
答：好像Diamond⾥没法加这样的矩形框，这个图好像中的矩形框应该是在其它软件中加的，或者不是⽤Diamond绘制的，⽐如，可以在Word⾥加矩形框，然后设置透明度或许可以。
答：在Diamond⾥加平⾯是很⼤，因为平⾯是⽆限延伸的，像这种有限的平⾯实际是些多⾯体，通过共⾯的点建⽴的，像拓扑图⾥经常出现⼀些表⽰两个⾯夹⾓的情况，就是这么做出来的，你可以尝试⼀下。
答：不错，⽤加多⾯体的⽅法，借助哑原⼦可以做的。
14.Diamond结构图寻求完美的颜⾊对⽐
见识⼀下各位⾼⼿所作的MS或Diamond做晶体的结构图，主要想参照⼀下颜⾊搭配！
答：在polyhedra designs 和 atom designs ⾥⾯改成你想要的颜⾊就⾏了呀。
15.如何去掉Diamond 中画的图Diamond 背景字样
求助Diamond 中画的图copy到word中总有Diamond 背景字样，如何去掉呀？
答：你⽤的那个版本没有破解。
16.溶剂⽔没加氢如何画氢键
我最近想画个氢键堆积图，可是溶剂⽔没加氢，⽤diamond画时溶剂⽔和羧酸氧上的氢键显⽰不出来，求助⾼⼿我应该怎么办啊?
答：先加上氢了，或者你把所有的氢都删掉，直接把O-O之间⽤虚线连起来就可以了。
答：不加H直接连接O。。。O键容易被审稿⼈质疑的。最好还是想办法加加H。
答：给溶剂⽔加氢，先要从残余峰⾥⾯到和氧的距离⽐较合适的，然后再去固定住⼀般就可以的。
答：我都是参照⽂献的氢键数值，直接在Diamond⾥设定D...A距离然后连接。
实在想做的完美，可以在解析结构时，使⽤envi X 2，出原⼦X周围较为合理的H，然后将其固定，后者先在Diamond⾥出形成氢键D...A的原⼦对，然后在解析结构时在这两个原⼦之间加⼊Dummy，并将Dummy定义为H，然后对H进⾏固定，这样可能就合适了。
答：具体的情况很复杂，加H的技巧很多，实在⼀⾔难尽。
17.diamond中怎么画堆积图
diamond中怎么画堆积图啊？有机配体要怎么删除啊？
答：啥样的堆积图？把原⼦半径改⼤⼀点不⾏吗？
答：估计是你填充单胞不够。
18.原⼦坐标
图中的错误是怎么回事？怎样避免？谢谢。
答：你那个弹出的错误提⽰正好把后⾯的挡住了，不能移开⼀点再贴上来吗？只能帮你猜谜了，估计是原⼦坐标没给，因为其它地⽅不会提⽰这个错误的。
答：他好像不是从⽂件读⼊的结构信息，⽽是⾃⼰⼿动输⼊的，⼀般绘图软件都可以⼿动输⼊的。
19.如想构造多⾯体
请问如想构造多⾯体，中⼼原⼦有两个如CeVO4，中⼼原⼦为Ce和V 以配位原⼦为
O来构造两套多⾯体⽤什么办法？
答：先选中中⼼原⼦，然后在object⾥选polyhedra，然后选ligand做边，如此重复两次就能得到两个多⾯体。
答：⼀般XP都是画配位环境图，基本上所有的图都能⽤Diamond做。
答：CeVO4多⾯体⾻架图：
20.怎样美化diamond图
实在没办法，⾃⼰对照着说明第⼀次画图，是LiYF4晶体。
⽩钨矿型四⽅晶系，空间点C6 4h-I4 1/a，晶胞参数a=5.167，c=10.794
我⾃⼰画得不知道是什么，求哪位帮帮忙啊。
答：原⼦⽐例不太合适，原⼦⼩些棍粗些会⽐较美观；还有坐标上的箭头最好去掉然后把abc字体改⼤点，不然这样的图放到⽂章上字会看不清楚。
画拓扑重在选择节点，看你选择什么作为结构单元，如果是选某种原⼦那很⽅便，在diamond菜单中改变这种原⼦之间的默认键长；如果选择的是两个原⼦的中⼼或者多个原⼦的中⼼，那就需要在shelx程序中添加原⼦（cent/x命令），然后再在diamond中改变默认键长。⾸先⾃⼰要了解清楚你的结构，然后选择合适的节点，有的时候从不同⾓度理解结构，可能会选择不同的节点。
答：画拓扑的话，做好⽤⼀下olex，可以⾃动简化节点。
21.diamond保存图⽚时可以设置分辨率吗
⽤diamond画图，保存图⽚选择tif格式直接保存后，像素很低，感觉不清楚。diamond ⾥可以设置，像素，分辨率，再保存吗？
答：当然可以。在layout⾥设置⼀下，600最好。

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