介绍⼏个常⽤的基因信息数据库
你的论⽂怎么还没写好?
什么?!你还在苦恼KIAA0922,SLC6A14和ALDH1A2这三个基因有什么功能?
什么?!你还在百度这三个基因的信息?
下⾯就给⼤家介绍⼏个常⽤的基因信息数据库。
BIOGPS
BIOGPS是⼀个页⾯⼗分清爽的基因信息查询⼯具,⽤起来也⼗分简便,当本宫想要快速了解⼀个基因的信息的时候,通常会选这个⽹站。
sql包含哪几个部分⽐如搜个TP53:
左边显⽰了包括TP53这个关键字的信息列表,右边则显⽰了这⼀列表中的基因在不同物种中的情况。在中间表格中选中“⼈类”“TP53”,即可查询TP53的详细信息。
下⾯进⼊基因的详细信息:
第⼀部分(图中数字1)包括信息来源数据库(可以更改),探针名,基因简介;
第⼆部分(图中数字2)显⽰的是不同组织中的表达量;
第三部分(图中数字3)显⽰了基因命名信息(包括简称、全称、别称以及不同数据库的识别号)、染⾊体定位以及基因功能(GO)、转录本信息、编码蛋⽩信息以及相关蛋⽩名称。
另外在页⾯右上⾓,还可以看到current layout,这⾥可以调整上⾯第⼆部分的显⽰内容,可以更换为,KEGG,外显⼦信息等等。
Uniprot
Uniprot则是⼀个蛋⽩质为主的查询⼯具,先看它主页的查询功能,同样搜个TP53:
选中第⼀⾏P53_HUMAN的Entry号:
从左边的标签可以看到⼤量的蛋⽩质信息,包括蛋⽩功能、命名分类、细胞亚定位、⼆级结构、相互作⽤关系、变异情况等等信息。
当然了UniProt包含的还不仅仅是基因编码蛋⽩质信息的查询功能,还有⼀些其它⼩⼯具。
⽐如BLAST序列⽐对功能(⼀⼤波⼯具、数据库丢你⼀脸)、多肽序列查询⽐对功能。GeneCards
GeneCards的功能⽐较综合全⾯,从主页就可以看出它集成了⼤量数据库和⼯具,功能⼗分强⼤。要说局限性的话,可能就是它只是⼈类基因数据库吧。
点击不同标签可以查询TP53不同⽅⾯的信息,命名信息、相关药物、功能、细胞亚定位、不同组织表达量等等信息⼀应俱全。
简介部分GeneCards也是收录了各个数据库或⽹站上对该基因的描述,能够帮助我们更加全⾯地了解这个基因。
⼩结:快速了解⼀个基因可以选BioGPS;从蛋⽩质⾓度出来选Uniprot;全⾯详细地了解⼀个⼈类基因选GeneCards。
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