⽤aspera⼯具快速下载NCBI⼤数据
NCBIaspera下载命令：
/root/.aspera/connect/bin/ascp -QT -l 300m -k1 -i /root/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh
anonftp@www.doczj/doc/8a70376cb7360b4c2e3f64fc.html :/blast/db/ .
SRA下载⽅式：
1、通过sratoolkit，可以直接下载成fastq格式，速度⽐ftp快，⽐aspera慢。
/data/soft/sratoolkit.2.3.5-2-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.3.5.2 SRR167669
2、ftp下载
3、通过aspera下载：
⽹页下载：速度很快，不过需要把数据再上传到服务器上，多费⼀道⼯序
下载⽹页版AsperaConnectML-3.5.2.97180.msi安装，⽹页上下载时点aspera下载链接就可以；linux命令⾏下载：注意绝对路径
/root/.aspera/connect/bin/ascp -QT -l 300m -k1 -i /root/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh
anonftp@www.doczj/doc/8a70376cb7360b4c2e3f64fc.html :/sra/sra-
instant/reads//BySample/sra/SRS/SRS398/SRS398262/SR R768448/SRR768448.sra .(注意最后的“.”，⼀定要有，表明下载存放路径)
(使⽤正确的秘钥应该是这个：asperaweb_id_dsa.openssh)
转成fatsq格式：
/data/soft/sratoolkit.2.3.5-2-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.3.5.2 --split-files --split-3
/extend/pig_rnaseq_sra/SRR653843.sra -O ./fastq/
安装aspera：ssh工具安卓下载
下载aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.sh
安装
⾸先，到aspera⽹站下载你的操作系统对应的aspera connect。(如果选Linux，下载以后会是⼀个⼏M⼤，内嵌⼆进制代码的shell脚本。。) 。不需要root或者sudo权限，直接安装之：
$ sh aspera-connect-2.4.7.37118-linux-64.sh
安装好以后，会在HOME⽬录下新建⼀个叫.aspera的⽬录，有两个⽂件⽐较重要:
⼀个是ascp的可执⾏⽂件:
~/.aspera/connect/bin/ascp
另⼀个ascp的密钥⽂件:
~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty
建议将密钥备份到HOME⽬录下⽅便使⽤:
$ cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty ~/
再把aspera-license复制到系统⽬录
~/.aspera/connect/etc$ sudo cp aspera-license /usr/local/bin/
再把ascp可执⾏⽂件的路径加⼊PATH变量中，或者将其拷贝到当前⽬录。
使⽤
执⾏以下两条命令(注意最后要加点号“.”，表⽰当前⽬录)
从EBI下载:
$ ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.putty
era-fasp@www.doczj/doc/8a70376cb7360b4c2e3f64fc.html
:/vol1/ERA012/ERA012008/sff/library08_GJ6U61T06.sff
$ ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.putty
anonftp@www.doczj/doc/8a70376cb7360b4c2e3f64fc.html :/sra/sra-instant/reads/ByRun/litesra/SRR/SRR09
6/SRR096072/SRR096072.lite.sra .
这个时候的速度相⽐于wget，应该已经很快了，⼤约能达到9Mb/s以上，如果还嫌慢，可以在-i 参数的前⾯添加⼏项设置，像这样:
ascp -QT -l 100M -i ~/asperaweb_id_dsa.putty
era-fasp@www.doczj/doc/8a70376cb7360b4c2e3f64fc.html
:/vol1/ERA012/ERA012008/sff/library08_GJ6U61T06.sff 这样可以将速度提⾼到20Mb/s左右，偶尔能达到100Mb/s。
ascp下载地址的获取
以EBI上的SRR346368这套数据为例。⾸先到EBI页⾯⾥，到你想要下载的⽂件，将指针移到这个⽂件的”ftp”这⼀列，即可看到其ftp地址，例如:
ftp://www.doczj/doc/8a70376cb7360b4c2e3f64fc.html /vol1/fastq/SRR346/SRR346368/,
然后呢：将ftp://www.doczj/doc/8a70376cb7360b4c2e3f64fc.html 换成era-
fasp@www.doczj/doc/8a70376cb7360b4c2e3f64fc.html 即可:
$ ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.putty
era-fasp@www.doczj/doc/8a70376cb7360b4c2e3f64fc.html
:/vol1/fastq/SRR346/SRR346368/ .
NCBI的SRA数据库也是同样的⽅法，即可获取其ascp下载地址。
⼩技巧
如果嫌每次都输⼊密码太⿇烦，可以在命令⾏或.profile中设置ASPERA_SCP_PASS这个环境变量：
export ASPERA_SCP_PASS=你的aspera密码
即可。
更多的说明
请参见官⽅的SRA下载⼿册:
NCBI: www.doczj/doc/8a70376cb7360b4c2e3f64fc.html /books/NBK47540/
EBI: www.doczj/doc/8a70376cb7360b4c2e3f64fc.html /ena/about/sra_data_download

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