蛋⽩质相关下载⽅法及PyMOL简单应⽤
⼤⽬录
⼀、使⽤pymol前的准备
⼩⽬录
1.确定你的蛋⽩质（以草酸氧化酶Oxalate oxidase为例）
2.下载蛋⽩质.PDB
3.下载相关⽂献
4.通过浏览⽹页了解蛋⽩质(unipro,PDBsum)
5.阅读中⽂⽂献（万⽅、知⽹等）
⼆、⽤Pymol进⾏简单的作图
本⽂采⽤从PDB数据库下载的⽂件1FI2与2ET1（1FI2为天然蛋⽩，2ET1为与配体结合的蛋⽩）做操作例⼦。⼩⽬录
1.导⼊pdb⽂件。
2.蛋⽩质的简单处理（显⽰⼆级结构条带模型）。
3.显⽰活性中⼼
（1）寻活性中⼼⾦属离⼦：
（2）寻与活性部位⾦属离⼦结合氨基酸残基
（3）标记氨基酸残基
（4）寻与⾦属离⼦结合的⽔分⼦
（5）最后的修改。
4.配体的处理。（1FI2是没有配体的，我们打开有配体的2ET1）
5.让模式图更加好看（以活性部位为例）
⼀、使⽤pymol前的准备
⼩⽬录
1.确定你的蛋⽩质（以草酸氧化酶Oxalate oxidase为例）
2.下载蛋⽩质.PDB
3.下载相关⽂献
4.通过浏览⽹页了解蛋⽩质
5.阅读中⽂⽂献（万⽅、知⽹等）
1.确定你的蛋⽩质（以草酸氧化酶Oxalate oxidase为例）
在www.doczj/doc/fe0d68f827284b73f24250ac.html 中搜索Oxalate oxidase。
下拉⽹页，⼀共出现5个结果，到你需要的。
从下图很明显可以看出第⼀个是重组蛋⽩，所以我选择了第⼆个。
2.下载蛋⽩质.PDB
3.下载相关⽂献：
点击PubMed右侧编码，如下
得到新⽹页，即NCBI中相关⽂献，如下图，点击右侧会弹出新窗⼝
下拉新⽹页，到真正的下载按钮，下载并了解它。
⼀般对应的⽂献会对相关蛋⽩的结构功能有较清楚的描述。
本例中，我们会发现最初的5个结果中有4个都是⼤麦中分离的草酸氧化酶的不同三维结构，这四个蛋⽩，分别为天然草酸氧化酶蛋⽩，与配体结合的草酸氧化酶蛋⽩，重组草酸氧化酶蛋⽩，突变草酸氧化酶蛋⽩。这些会在⽂献中告之，我们也可以在www.doczj/doc/fe0d68f827284b73f24250ac.ht
ml 中发现：
⽽另⼀种蛋⽩应该是来源于其他⽣物体，⽐如细菌。它的序列与⼤麦的序列有⼀定差别。
继续下拉⽹页，我们可以看到蛋⽩质的⼀级结构序列，长度，分⼦量（4个蛋⽩有轻微差别）。
如果想要达到与其序列相似的蛋⽩，我们可以点击Blast，进⾏序列分析
结果如下：
4.通过浏览⽹页了解蛋⽩质
例如:
www.doczj/doc/fe0d68f827284b73f24250ac.html 会告诉我们与这个蛋⽩质结合的⾦属离⼦，与⾦属离⼦结合的氨基酸残基，结构域，氨基酸修饰位点等等。
PDBsum也有类似的功能，如下图（第⼆张的图⼤家应该都很眼熟吧~就是我COPY 的来源=。=）：
5.阅读中⽂⽂献（万⽅、知⽹等）
可以通过阅读中⽂⽂献对蛋⽩质有⼀个⼤概的了解，本例中的到的中⽂⽂献都是⼀些类似综述的总结，并不能很好了解这个蛋⽩，所以还是看的步骤3中下载的⽂献。⼤家只看⼀篇对应英⽂⽂献即可，因为这四个不同的草酸氧化酶结构，除了天然构象，其它三个都来源于同⼀个实验室，会在同⼀篇⽂献中提及。
⼆、⽤Pymol进⾏简单的作图
本⽂采⽤从PDB数据库下载的⽂件1FI2与2ET1（1FI2为天然蛋⽩，2ET1为与配体结合的蛋⽩）做操作例⼦。
⼩⽬录
1.导⼊pdb⽂件。
2.蛋⽩质的简单处理（显⽰⼆级结构条带模型）。
4.显⽰活性中⼼
（1）寻活性中⼼⾦属离⼦：
（2）寻与活性部位⾦属离⼦结合氨基酸残基
（4）标记氨基酸残基
session下载（4）寻与⾦属离⼦结合的⽔分⼦
（6）最后的修改。
4.配体的处理。（1FI2是没有配体的，我们打开有配体的2ET1）
5.让模式图更加好看（以活性部位为例）
1.导⼊pdb⽂件。
File—Open—1FI2.pdb如图：
简单介绍⼀下上图右上⾓的区域，A是action，下拉列表中有很多的操作；S是show，操作图像的显⽰形式；H是hide，操作图像的隐藏；L是label(标记)，C 是color，进⾏颜⾊的调控。
2.蛋⽩质的简单处理（显⽰⼆级结构条带模型）。
1（隐藏所有模型：例如球棍模型，游离⽔分⼦等）单击1FI2的H-everything；
2（仅显⽰条带模型）单击s-cartoon;
3（给⼆级结构着⾊）单击c-by ss-(任⼀颜⾊)
成品如下图：

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