实验一　分子生物学文献的查
一、实验目的
1．了解NCBI、EMBL、SWISS-PROT、PDB数据库的结构。
2．了解NCBI、EMBL数据库检索系统ENTREZ、SRS的操作方法，掌握文献、序列的快速高效检索方法
3．熟悉GenBank数据库序列格式及其主要字段的含义；
4．了解EBML数据库序列格式及其主要字段的含义；
5．熟悉GenBank数据库序列格式的FASTA序列格式显示与保存；
二、实验内容及操作步骤
1．登陆NCBI、EMBL、SWISS-PROT、PDB数据库主页，打开数据库的SITE MAP页面，了解各数据库的结构。
网址：NCBI：bi.v
EMBL:www.ebi.ac.uk   
SWISS-PROT: /sprot/
PDB:
2．使用Entrez信息查询系统检索与柑橘溃疡病菌（Xanthomonas axonopodis pv. citri）相关的文献，或者其他自己感兴趣文。
2.1调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(bi.v/Entrez)→进入NCBI主页→进入Entrez Home页面→选择pubmed文献数据库→在Search后的输入栏中选择Pubmed→在输入栏内输入关键词Xanthomonas axonopodis pv. citri→点击go查询。统计查询结果，并阅读感兴趣文献的摘要或全文。
练习使用AND OR BUT逻辑词来限定关键词，如Xanthomonas axonopodis pv. citri AND PCR 等查询通过PCR方法检测柑橘溃疡病菌的相关记录，比较查询结果。
2.2 学习使用limits等限制字段查询方式，检索与Xanthomonas axonopodis pv. citri相关的文献，并统计检索结果。比较不同检索方式的查询效率。
2.2.1进入Entrez Home页面→选择Pubmed文献数据库→点击limits，进入与Pubmed有关的限制字段设置→如选择Title等不同字段，及限制期刊类型，作者等进行查询。
2.2.2 Preview（搜索结果预览）/Index（索引词表检索）的应用。所谓的索引词表检索是当你选定查询字段并键入检索词如Xanthomonas axonopodis pv. citri时→点击Index→这时返回一个在该字段中的以“Xanthomonas axonopodis pv. citri”开始的索引词表窗口，后面括弧中的数字代表包含该索引词的记录条数→选择一个或几个关键词，点击核酸结果查询平台Preview可进行结果的预览→点击Go可获得查询结果。
2.2.3 点击History，可以看到该次练习结果页面的历史记录。包括所采用的主题词、查询字段范围、花费时间、及相应结果等。
3.使用Entrez信息查询系统检索与柑桔溃疡病菌相关的核酸序列，链接提取其中一条感兴趣的序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义。
进入NCBI主页→进入Entrez Home页面→选择Nucleotide数据库→在Search后的输入栏中选择Nucleotide→在输入栏内输入关键词LexA →点击go查询。
阅读查询结果，选择一条感兴趣的核酸序列，点击该序列与数据库的超链接，阅读序列格式的解释，理解其含义。
4.GenBank数据库序列格式的FASTA序列格式显示与保存；
以步骤3所获得的感兴趣核酸序列结果页面为例，在显示模式“Display”的下拉菜单中选择一个需要的序列格式如FASTA序列格式，然后点击Display按钮，结果就出现该序列的FASTA格式。
如果需要保存该条序列信息，可以直接通过点击浏览器IE的“文件”菜单中的另存为命令将序列保存到本地计算机；也可以利用Entrez系统自身的保存功能，即点击Send to，选择File,就会出现保存文件相应的窗口，然后按指示操作即可。
5．使用SRS信息查询系统检索在Entrez中查询的同一条核酸序列，连接提取该序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义；比较NCBI与EMBL中序列格式的异同。
调用Internet浏览器并在其地址栏输入SRS网址（www.srs.ebi.ac.uk），查询在Entrez中所查询核酸序列。
三、作业
1、简要描述NCBI、EMBL和SWISS-PROT数据库的结构。
2、仔细阅读所查询核酸序列在NCBI和EMBL数据库中格式的解释，理解并记录其含义。
3、将GenBank数据库中该查询序列以FASTA序列格式显示并保存。
4、比较NCBI与EMBL中序列格式的异同。

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