Raxml单基因系统发育树构建教程
RaxmlGUI 2.0是RAxML的一个图形化用户界面。RAxML是使用最大似然法（ML）构建系统发育树最流行和广泛使用的方法之一。
这里RaxmlGUI 2.0 beta是RaxmlGUI（使用命令行的版本）的重写版本。该版本的一个最大优点就是操作简便（无需命令行操作，需先将准备好的序列进行alignment）。
该软件同时适合Linux，MacOS，Windows，包括PTHREADS和SSE3，同时支持PHYLIP和FASTA类型的输入文件。该软件的视图界面分为建树文件输入窗口界面，分析窗口界面，重复值设置窗口界面，枝长计算窗口界面，外选择窗口界面，建树结果输出窗口界面。
建树操作流程如下：
1. Add alignment文件：软件支持FASTA和PHYLIP类型的文件，包括核酸序列，氨基酸序列，离散二进制和其他多状态字符，如形态特征数据等，见下图1。注：程序会解析每条序列的信息。
2. Analysis：选择ML+rapid bootstrap（可根据文章或需求选择）见下图2。
3. Reps.重复值设置：一般设置为1000次（也可以根据自己的电脑快慢适当缩减），见下图3。
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