1. lammps 运行
2. mpirun −np 4 lmp_linux <in.lj.nve
−echo style
−partition 8x2 4 5 分成10gepartition，在25个CPU上运行
−in file 指定输入文件
−log file
−screen file  屏幕返回信息
−var name value 传递变量
000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
3.1 LAMMPS input script
● lammps 一次读取一行，执行一行
● 命令的顺序
3.2 Parsing rules
● 大小写敏感，命令小写
● ""用来续行
● #注释符
● ${}变量
● 命令行由word组成，word包括letters, digits, underscores, or punctuation characters.
● 命令行的第一个word是命令名，后续的words是相关参数；input命令
● 含有空格的词组可以使用双引号括起来，作为一个独立的参数；
● 双引号里面的#和$不作为注释和变量取代
3.3 Input script structure
● Initialization
units, dimension, newton, processors, boundary, atom_style, atom_modify
kinds of force field
: pair_style, bond_style, angle_style, dihedral_style, improper_style.
● Atom definition
从文件读取，可包括拓扑信息
read_data read_restart
构造晶胞
lattice, region, create_box, create_atoms.
复制命令
replicate
● Settings
力场参数，
pair_coeff, bond_coeff, angle_coeff, dihedral_coeff, improper_coeff, kspace_style, dielectric, special_bonds
模拟参数
neighbor, neigh_modify, group, timestep,reset_timestep, run_style, min_style, min_modify.
输出文件
thermo, dump, restart
● Run a simulation

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