r语言bioconductor包的安装指南
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一：安装基本的Bioconductor组件
在BioC的上，存放着Bioc包的安装脚本，biocLite.R,
每次需要安装BioC的包之前，我们运行该脚本。source是运行代码脚本的命令，可以是本地文件，可以是网络上的文件。需要你有流畅的网络链接
source(“/biocLite.R”)
biocLite()
biocLite()是安装函数，相当于R中的常用的install.package命令，如果不传递需要安装的包的名称，那么则安装如下的组建。
affy, affydata, affyPLM, affyQCReport, annaffy, annotate,
Biobase,biomaRt, Biostrings, DynDoc, gcrma, genefilter,
geneplotter, GenomicRanges, hgu95av2.db, limma,marray, multtest,
vsn, 和 xtable. 在下载和安装完成之后，会打印 “Installation complete” 和
TRUE.同时biocLite()也有其他的参数，控制安装。
pkgs 
字符，指定需要安装的包
destdir
  文件系统路径
lib
  安装包的库
二：安装额外的包除了一种所描述的默认安装的包之外，R和Bioc有非常多的其他的包供安装，bioc包的分类参见[color=rgb(26,
129, 194)]BiocViews，
假设我们需要安装一个名为EBImage的包
source(“/biocLite.R”)
biocLite(“EBImage”)可以同时安装多个包
biocLite(c(php软件安装包“pkg1″,”pkg2″))
三：升级安装的包
Bioc的包尤其是那些开发版本的包，升级的非常频繁，如果需要同步更新的代码，需要升级。打开新的R。运行source(“/biocLite.R”)
old.packages(repos=biocinstallRepos())升级所有已经安装的包，运行source(“/biocLite.R”)
update.packages(repos=biocinstallRepos(),
ask=FALSE)请阅读update.packages的帮助文档，获得更多的信息。极少的情况下，需要重新编译bioc的包，为了兼容C或者Fortran,
一个方法就是输入并且运行source(“/biocLite.R”)
pkgs <-
rownames(installed.packages())
biocLite(pkgs)这将重新安装所有目前的已安装包，大家需要注意，可能对带宽要求极高。一般不建议进行。

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