R软件安装
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在windows中创建R程序包简明指南
已有 1851 次阅读2009-8-5 16:18|个人分类:科研笔记|系统分类:科研笔记|关键词:R语言，程序包，windows
在windows中创建R程序包简明指南
R软件中CRAN镜像迄今已经收藏了2300多个程序包，几乎涉及了统计编程的所有领域，每个程序包既有源代码,又有编译好的Windows或者MacOS平台下的程序。在编写R函数较多时，最好将其制作成程序包，便于管理和使用。如果愿意，还可以将R程序包提交到CRAN，与世界各地的用户分享成果。
在Windows环境下如何编写R程序包？也就是生成供linux环境编译运行的文件，也生成供windows下使用的.zip文件？这一过程并不复杂，但要下载一些工具软件，按照相应的步骤填写相应的“表格”，继而在控制台中输入一些指令。如果你是R的用户，相信这些不应该陌生了。
在Windows下编写R程序包通常包括以下几步：
（1）工具软件Rtools的安装和备选软件的安装。
（2）r脚本的准备，也就是用来生成程序包的函数脚本。
（3）利用R中自带的package.skeleton()函数，生成制作包所需要的Description 文件和帮助文件.rd 。
（4）按要求填写生成的Description 文件和帮助文件.rd
（5）在windows cmd的命令行中输入相应的命令，生成zip文件或者.,并进行相应的检查。
下面我们来创建最简单的一个R程序包，其中只包含一个函数。
一工具软件安装和配置
制作r包的工具软件包括Rtools，HTML编译器(R2.10后不需要HTML编译器)，MikTeX 或 Ctex (如果不想获得pdf手册，则不需要安装)
1 工具软件安装
（1）Rtools（制作R包的主要工具）
Rtools是在windows下制作R包的一系列工具，其中包括
1） CYGWIN 在Windows下模拟UNIX环境
2） MinGW编译器，可用来编译C和Fortran语言。
3） Perl
下载地址： www./doc/7a13604309.html,/Rtools/
（2）微软HTML编译器(备选):
用来从源文件生成HTML格式的帮助文件(2.10以后的版本则不需要)
下载地址：www./doc/7a13604309.html,/fwlink/?LinkId=14188
（3） MikTeX 或CteX（备选）
用来生成PDF格式的帮助文件
下载地址：www./doc/7a13604309.html,/ www./doc/7a13604309.html,/
分别按照要求安装好。
2 设置文件启动路径：
设置启动路径的目的是在cmd命令行可以直接调用Rtools等相应软件。
右键点击：
我的电脑>属性>高级>环境变量>系统变量PATH一项，点击“编辑”，检查是否具有以下路径。通常软件在安装时已经自动配置好了启动路径。如果没有，需要手工添加：
c:\Rtools\bin;c:\Rtools\perl\bin;c:\Rtools\MinGW\bin;
php软件安装包
C:\CTEX\MiKTeX\miktex\bin;C:\CTEX\CTeX\ctex\bin;C:\CTEX\C TeX\cct\bin;C:\CTEX\CTeX\ty\bin; C:\Program
Files\R\R-2.11.0\bin\;
图1 设置启动路径
二 R脚本的准备
假如现在我们已经有了一个编好的R函数freq，用来计算物种出现的相对频度,存成了r脚本的格式,文件名为freq.r
其内容如下所示
>>>>>>>>>#
freq <-
function(matr)
{ matr <- as.matrix(matr)
if(!is.matrix(matr))
{stop("The input data must be matrix!\n")}
if(any(is.na(matr)))
{
matr <- na.omit(matr)
print(paste("NA found in matrix, and have been removed\n")) }
matr[matr>1] <- 1
result <- apply(matr, 2, sum)/nrow(matr)
return(result)
>>>>>>>>>#
下面是用R自带的package.skeletons()函数生成R程序包的框架
三 R包框架的准备
1 生成准备文件
登陆R ：开始>所有程序>R>R.2.9.0
(1)清除内存中的对象，目的删除R内存中所有不需要的数据或函数：
rm(list=ls())
(2)设定工作目录，这里设定为 c:/pa
setwd("c:/pa")
(3)先用source()函数将r脚本中的函数读取。
如果要创建的R包中有很多函数，则建议先将各函数存在一个脚本文件，再用source()函数读取该脚本中的各函数，并将需要的数据读取到内存中。用package.skeleton （name="packname", list = ls()）生成相应的包框架。
这里，我们要创建一个名为freq的R包。则输入以下命令：
package.skeleton(name="freq", list = ls())
图 2 用package.skeleton函数生成R包框架
此时，R控制台中显示
> package.skeleton(name="freq", list = ls())
Creating directories ...
Creating DESCRIPTION ...
Creating Read-and-delete-me ...
Saving functions and data ...
Making help files ...
Done.
Further steps are described in './freq/Read-and-delete-me'. >
可以看到c:/pa文件夹下新出现了一个freq文件夹
该文件夹下的内容就是R包的框架，包括Read-and-delete-me，DESCRIPTION 文件，r文件夹，man文件夹，只要按要求将其填写完整，再进行相应的编译即可。
图3 生成的R包框架
Read-and-delete-me 包括如何创建R包
DESCRIPTION 是对R包的简要介绍
r文件夹中存放的是.r文件，即各函数的源代码
man文件夹下存放的是Rd文件，也就是R帮助的源代码
首先查看Read-and-delete-me文件
文件内容如下：
>>>>>>>>>>>> >>>>####
* Edit the help file skeletons in 'man', possibly combining help files for multiple functions.
* Put any C/C++/Fortran code in 'src'.
* If you have compiled code, add a .First.lib() function in 'R' to load the shared library.
* Run R CMD build to build the package tarball.
* Run R CMD check to check the package tarball.

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