资料来自小木虫论坛；H.J.Zhao汇总
CASTEP获得电荷密度等高线的Matlab作图法
MATLAB程序用来处理MS电荷密度的等高线做法，分四步：
1.到电荷密度图的存储文件，一般是在自己所建的计算project中，隐藏的，castep模块是.charg_frm格式的，可以用txt打开后另存为txt格式。（这个地方注意把文件单独拷贝出来，以免破坏原始文件）
2.读取数据，在matlab命令里输入一下命令：
[path,fn]=uigetfile('*.txt','Open');
fp=fopen([fn,path],'r');
head=fscanf(fp,'%s',4);
data=fscanf(fp,'%f',[4,18*18*144]);
fclose(fp);
这是读取刚才保存的txt数据的，其中18*18*144是可以改的，分别对应a,b,c的重复单元。
3.作矩阵。
a=reshape(data(1,:),[18,18,144]);
b=reshape(data(2,:),[18,18,144]);
c=reshape(data(3,:),[18,18,144]);
d=reshape(data(4,:),[18,18,144]);
其中18*18*144是可以改的，分别对应a,b,c的重复单元，即长宽高的值。
4.作等高线图
layer=1;
contour(reshape(a(:,layer,:),[18,144]),reshape(c(:,layer,:),[18,144]),reshape(d(:,layer,:),[18,144]),8);
layer=1（2，3，4....） 可以修改作图的层数，分别是从前面到后面。最后的8表示显示线条数目，可以自己修改成9，10或其它。
hold on 表示累积作图，hold off表示清空前面的 作图
举例；做表面层和第九层的等高线图
>> layer=9;
contour(reshape(a(:,layer,:),[18,144]),reshape(c(:,layer,:),[18,144]),reshape(d(:,layer,:),[18,144]),8);
>> hold on
>> layer=1;
contour(reshape(a(:,layer,:),[18,144]),reshape(c(:,layer,:),[18,144]),reshape(d(:,layer,:),[18,144]),8);
这是沿侧面做等高线（即xz平面），其它方向作图类似。只要修改其中的参数就可以了，如把a(:,layer,:),[18,144]),reshape(c(:,layer,:),[18,144]),reshape(d(:,layer,:),[18,144]),8);
改为a(layer,:,:),[18,144]),reshape(c(layer,l:,:),[18,144]),reshape(d(layer,:,:),[18,144]),8);
MS 4.3磁性体系LDA＋U计算设置
在最新发布的MS版本中增加了LDA＋U的计算，这是MS计算性能特别是CASTEP模块的一
次巨大提高，终于解决了已久的d，f轨道带隙分裂问题，也不会再被审稿人轻视认为是简单DFT计算结果了。
这里讲解一下MS.43里面element设置方面的问题，我们选择了Fe3O4体系，该体系是铁磁性的，计算该体系主要涉及到两个参数设置，一个是自旋设置（SPin parameters），其次是Fe Hubbard参数设置。
首先介绍需要用到的菜单：
打开MS之后看到主菜单，打开如下图所示的菜单：（点击此图，可放大观看）
由于计算体系位Fe3O4，计算采用USPP完成，Fe的USPP价电子参数为3d64s2，O是2s22p6，结构中的磁性主要来自于Fe原子磁矩的定向排列，计算中自旋参数和Hubbard参数主要是针对Fe调整。再建造好Fe3O4结构之后（注MS结构库中包含此结构），为一个面心立方晶格，一个惯用晶胞包含8个Fe3O4单位，因此整个结构有24个Fe原子，32个O。计算可以采用FCC结构的初级晶胞结构，也可以采用惯用晶胞。我们计算采用后者。
打开Modify－electronic configuration菜单，看到Spin和Hubbard U两个子菜单
如图：
SPin主要是自旋控制参数，由于再铁磁性结构中Fe自旋是高度极化的，因此这个地方设置为High spin state，即3d6结构为4个自旋平行同向电子。自旋方向不管是Up还是Down当然不会改变Fe原子自旋极化的性质，但会改变总的磁矩（自旋电子数目，这点会再CASTEP计算参数Spin设置中体现出来，可以尝试把部分Fe原子自旋改成High，SPin up，部分为High，Downmatlab等高线填充颜，然后查看CASTEP计算控制面板的SPin数值）。
下面按照Fe3O4具体情况设置，Fe自旋为High spin， 方向Up。自旋电子数目＋4，O原子不予考虑。HUbbard带参数设置，主要针对d轨道，Fe的Hubbard参数再CASTEP里面默认数值是2.5eV，根据一些文献也可以选取其他参数，比如再FeO计算文献中选用了6eV，也有用4－5eV的，根据具体计算情况和结果可以调整，这可能会要求计算几次，比较结果。但为了保证结果准确性，是必要的。我们计算选Fe的d U＝5eV。如下所示：
元素的电荷这里不需要考虑，实际上一般QM计算原子电荷状态是中性原子状态，再MD计算
中，可能对这个参数有要求，或者计算原子必须要带电荷。一般默认即可！

版权声明：本站内容均来自互联网，仅供演示用，请勿用于商业和其他非法用途。如果侵犯了您的权益请与我们联系QQ:729038198，我们将在24小时内删除。