⼀键完成microRNA定量PCR引物设计尽管microRNA芯⽚和microRNA测序检测⽅法已经普遍使⽤，但qRT-PCR依旧是检验microRNA表达定量的⾦标准。
由于microRNA的结构特殊，长度只有18-25个碱基，⽆法直接采⽤常规的PCR技术扩增，因此RT-qPCR的引物设计对很多刚刚接触microRNA的同学都是⼀个难题。在针对microRNA的PCR技术中，设计其引物的理念是基于延长待测microRNA的长度，构建出⼀个⾜够长的PCR模板，才能进⼀步应⽤PCR技术来定量分析。
最常⽤的microRNA 反转录PCR⽅法就是茎环法（stem-loop）和加尾法（poly-A tail）。由于茎环法反转录的引物设计原理限制，加尾法的检测通量⽐茎环法更⾼，因此加尾法也被实验室普遍使⽤。
今天⼩编就给⼤家介绍⼀个批量设计microRNA加尾法反转录PCR引物的软件miRprimer，重⼀键完成哦！
点是⼀键完成
miRprimer 官⽅推荐下载⽹站：sourceforge/projects/miRprimer/
⽹站后台⽂件直接下载miRprimer地址：
jaist.dl.sourceforge/project/miRprimer/miRprimer2_installer.zip
miRprimer2_installer.zip，整个软件的压缩包只有2.68M (2848kb)⼤⼩。
提醒：
提醒
1. 软件⽀持在Windows XP或更⾼系统中运⾏，还没在苹果电脑Mac OS系统测试（原因是⼩编的钱包羞涩~~）
2. 经⼩编测试，最新版本miRprimer顺利运⾏，不需在电脑中安装Ruby脚本环境。
第⼀步
miRprimer2_installer.zip压缩包2.68M⼤⼩，下载后解压缩⽣成同名⽂件夹，内有三个⽂件：、、。
特别提⽰：不要更改这些⽂件的⽂件名。
特别提⽰：
第⼆步
，fasta格式储存的是需要设计引物的microRNA名字和序列。
可以按照模板形式输⼊待设计引物的microRNA名字和序列：
>miR name
microRNA sequence
第三步
双击exe程序之后，会出现⼀个DOS界⾯。这时引物设计就已经完成了（意不意外，惊不惊喜？~~）。这时⽂件夹会出现5个新txt⽂件，随⼿点击键盘enter后，DOS界⾯消失。
rubyinstaller包解压后怎么安装——恭喜你，引物设计完成了！
⼩编推荐⽤MS Excel程序打开查看使⽤，⽅便编辑复制提交。
result_best_⽂件包含了每个microRNA最佳引物的评分、正向和反向引物的评分，以及引物⼆聚体形成的评分。这⾥只有评分最⾼的引物对，⼩编推荐优先采纳这个⽂件中给出的最佳引物对，将序列提交引物合成服务商。
如果上⾯提供的最佳引物实验效果不佳，或者溶解曲线不理想的话，其他四个⽂件就派上⽤场。result_all_⽂件包含了每个microRNA的所有引物对评分和引物⼆聚体的评分信息。
result_和result_⽂件，包含了每个正向引物和反向引物的长度、评分，基于评分的排名和详细评分数；
result_comparison_⽂件，⽬的是便于⼈⼯检查所有正向和反向引物间两两之间序列相似度差异。Similarty to other pairs相似度越低，引物间差异越⼤；序列完全相同的引物，相似度是1。
如果软件提供的最佳引物对在反转录中⼯作不如意，不如试试那些相似度低的备选引物试试看。那么问题来了，有朋友问⼩编：
⼈和其他模式动物
[1] miR-181d regulates human dendritic cell maturation through NF-κB pathway. Cell Prolif. 2017 Jul 21. doi: 10.1111/cpr.12358. （⼈microRNA）
[2] MicroRNA profiling of low-grade glial and glioneuronal tumors shows an independent role for cluster 14q32.31 member miR-487b. Mod Pathol. 2017 Feb;30(2):204-216. doi:
10.1038/modpathol.2016.177. （⼈microRNA）
[3] Leptin and insulin up-regulate miR-4443 to suppress NCOA1 and TRAF4, and decrease the invasiveness of human colon cancer cells. BMC Cancer. 2016 Nov 14;16(1):882. （⼈microRNA）

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