Cytoscape2.6使用手册
郑国毅译
目录
目录 (1)
一、Cytoscape介绍及其安装的一些要求： (2)
Cytoscape2.6的新特点 (2)
Cytoscape的安装 (3)
系统性能的要求 (3)
安装过程 (3)
开始应用 (3)
内存的消耗说明 (4)
栈的大小分配 (4)
Cytoscape的界面 (5)
菜单 (6)
File（文件） (6)
Edit（编辑） (7)
View（视图） (7)
Select(选择) (7)
Layout（布局） (7)
Plugins（插件） (8)
Help（帮助） (8)
二、入门Cytoscape (9)
三、Cytoscape中基本的数据表达分析 (16)
一、Cytoscape介绍及其安装的一些要求：
Cytoscape是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。它可以通过插件扩展的，为了适应快速发展的附加的计算分析和和其他功能。
他最先用于生物学，为了整合分子间相互作用的网络（高复杂的，和其他的分子状态信息）。虽然适应任何分子系统的结构和相互关系。他是非常强大的，在于联合大的数据库（蛋白质，DNA，和对人类和生物日益重要的遗传）。Cytoscape允许可视化的网络与文件，显型，其它分子状态信息，和链接网络到功能注释。
Cytoscape的重要组织方式是网络，因子，蛋白质和分子用点表示，两点间的交互关系用链接也就是边
Cytoscape的发展
Cytoscape软件是由以下的机构联合完成的：Institute for Systems Biology (Leroy Hood lab), the
University of California San Diego (Trey Ideker lab), Memorial Sloan-Kettering Cancer Center (Chris
Sander lab), the Institut Pasteur (Benno Schwikowski lab), Agilent Technologies (Annette Adler lab) and
the University of California, San Francisco (Bruce Conklin lab).
可以访问 得知详细情况
许可
Cytoscape是受the GNU LGPL (Lesser General Public License)保护的。它是这个使用手册的附属品，但是可以在线/到。Cytoscape包括许多的开源库，详细的解释在这个使用手册/Acknowledgements 下。
Cytoscape2.6的新特点
Cytoscape2.6包含了许多新的特，增加改进软件的执行性和可用性。这些新增功能包括： Web Service Client Manager frame work to integrate web service clients into Cytoscape.网络客户服务管理
ٛ Web Service client plugins for downloading networks from Pathway Commons, IntAct, and NCBI Entrez
Gene.网络客户服务插件从路径命令。IntAct 和NCBI EntrezGene下载
ٛAnnotation import web service plugin for BioMart. This is mainly for ID translation/synonym mapping.注释进入BIoMart，这是一个主要的ID翻译/同义映射。
ٛ Cytoscape themes.Cytoscape 主题
editor版本ٛ Dynamic filters.动态过滤
ٛ Network Manager supports multiple network selection.网络管理支持多个网络的选择。
ٛ Label Positioning has been improved.标签位置的改进
ٛ Session saving occurs in memory.节的保存记录
ٛ XGMML Improvements.改良的XGMML
ٛ Network loading improvements.改良的网络加载。
ٛ Linkout integrated with attribute browser .Linkout与属性浏览器整合。
ٛ Extra sample Visual Styles using new visual properties introduced in 2.5.新的可视化道具。
ٛ Many, many bug fixes!很多的嗅探器。
Cytoscape的安装
首先要安装Java程序，才能够在Linux, Windows, and Mac OS X系统上运行。虽然没有职位上的支持关系，其它的UNIX平台例如Solaris or FreeBSD需要高于Java 5以上的版本。
系统性能的要求
Cytoscape的系统性能要求主要取决于它要处理的网络的大小、视图和操作。
小型网络的可视化
大型网络的分析和可视化
主频 1GHz 尽可能的快
内存 512MB 2GB以上
显卡 集成显卡 专业的显卡
显示器 XGA（1024×
768）
宽或双
安装过程
第一步：安装Java程序
Cytoscape 2.5 will no如果你的计算机没有安装，请下载Java SE 5 或 6.Cytoscape 2.5 不能再运行在低于Java version1.4x的版本下。你必须安装Java SE 5或6。一般说来，Java SE 6比5快。如果你的机子兼容6系列，请应用 version 6。
第二步：安装Cytoscape软件
Cytocape 的下载和安装有很多方案。所有的方法都可以从 website.下载
1、自动安装适合 Windows，Mac OS X和Linux 系统
2、你可以通过压缩包安装
3、你可以利用源代码建立Cytoscape
4、你可以升级你的软件
Cytoscape 安装（不包括平台）包括以下文件和目录
文件 描述
cytoscape.jar 主要的Cytoscape应用文档（Java 文档）
cytoscape.sh 通过控制命令运行Cytoscape(Linux, Mac OS X)
cytoscape.bat 手动运行Cytoscape（Wingdows）