一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具
1 在线信息数据库部分
字符串截取在线ChemSpider小分子信息整合数据库：www.chemspider
简介：是当前众多的在线分子数据库的信息整合，便于用户搜索，数据来自200种数据库。根据分子俗名、系统命名、Smile/InChI字符串、注册号、分子式等方式搜索，会列出分子平面结构、实验测定和实时估算的理化性质（含LogP等）、毒性、分子简介、Smile/InChI/InChIKey字符串、在其它分子数据库中的编号和链接、相关文章及专利、同义词、相关蛋白质、NMR/IR光谱图等，某些分子还可以链入web CSD获得三维结构。
简介：是当前众多的在线分子数据库的信息整合，便于用户搜索，数据来自200种数据库。根据分子俗名、系统命名、Smile/InChI字符串、注册号、分子式等方式搜索，会列出分子平面结构、实验测定和实时估算的理化性质（含LogP等）、毒性、分子简介、Smile/InChI/InChIKey字符串、在其它分子数据库中的编号和链接、相关文章及专利、同义词、相关蛋白质、NMR/IR光谱图等，某些分子还可以链入web CSD获得三维结构。
√ SDBS光谱数据库：riodb01.jp/sdbs/cgi-bin/direct_i
简介：很好的有机化合物光谱数据库，包含六类光谱：EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。含3万余个化合物，其中以商业化学试剂为主，约2/3的数据是6碳至16碳的化合物。数据大部分是其自行测定的，并不断添加。可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注册号、元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索。
简介：很好的有机化合物光谱数据库，包含六类光谱：EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。含3万余个化合物，其中以商业化学试剂为主，约2/3的数据是6碳至16碳的化合物。数据大部分是其自行测定的，并不断添加。可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注册号、元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索。
生物核磁共振数据库：bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/deposit
CRYSTAL程序基组数据库：phy.cam.ac.uk/~mdt26/crystal.html
TURBOMOLE程序基组数据库：bases.turbo-forum/TURBOMOLE_BASISSET_LIBRARY/tbl.html
√ 计算化学比较和基准数据库(CCCBDB)：v
简介：此数据库包括各种量子化学方法、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果，也包含实验数据。可用来对比不同方法计算结果优劣，此数据库内容在不断增加。
简介：此数据库包括各种量子化学方法、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果，也包含实验数据。可用来对比不同方法计算结果优劣，此数据库内容在不断增加。
√ 量化频率计算校正因子：v/vibscale.asp
简介：实际上就是CCCBDB的一个子页面，比较重要故单独列出。
简介：实际上就是CCCBDB的一个子页面，比较重要故单独列出。
IUPAC金属络合物稳定常数数据库：uk
注：需要付费，可免费下载试用版。
注：需要付费，可免费下载试用版。
√ NIST化学数据库：v/chemistry
简介：是美国国家标准与技术研究院NIST的基于Web的物性数据库。输入分子查条件，可获得分子量、CAS登记号、各种热力学数据、谱图等信息，部分分子包含3D结构。
简介：是美国国家标准与技术研究院NIST的基于Web的物性数据库。输入分子查条件，可获得分子量、CAS登记号、各种热力学数据、谱图等信息，部分分子包含3D结构。
RESP ESP charge DDataBase(REDDB)：/REDDB/index.php
简介：分子的RESP电荷的数据库
简介：分子的RESP电荷的数据库
Uppsala Electron Density Server：eds.bmc.uu.se/eds
简介：用于评价蛋白质数据库中晶体结构电子密度。输入pdb ID（比如1cbs）进入后可以对各种内容做图。点击EDS Summary下面的Go按钮可以自动启动基于java的电子密度图可视化程序观看电子密度图，注意不要开启浏览器的弹出窗口过滤。
简介：用于评价蛋白质数据库中晶体结构电子密度。输入pdb ID（比如1cbs）进入后可以对各种内容做图。点击EDS Summary下面的Go按钮可以自动启动基于java的电子密度图可视化程序观看电子密度图，注意不要开启浏览器的弹出窗口过滤。
√ 上海有机所化学专业数据库：202.127.145.134/scdb/default.htm
简介：十分有用的数据库，免费注册。可获得分子的红外、质谱谱图、结构、物化性质、毒性、生物活性以及相关反应等。还包括中英互译、药品名称检索等功能。
简介：十分有用的数据库，免费注册。可获得分子的红外、质谱谱图、结构、物化性质、毒性、生物活性以及相关反应等。还包括中英互译、药品名称检索等功能。
√ EMSL基组数据库：v/bse/portal
Clarkson大学相对论有效势数据库：people.clarkson.edu/~pac/reps.html
含重原子全电子STO基组数据库：www.scm/Downloads/zorabasis/Welcome.html
原子间势参数数据库：www.dfrl.ucl.ac.uk/Potentials
Stuttgart赝势参数数据库：www.theochem.uni-stuttgart.de/html
ChemBioFinder：chembiofinder.cambridgesoft/chembiofinder/SimpleSearch.aspx
简介：根据分子质量、名称或者自行绘制结构，从几十万分子中搜索，得到二维结构、Smiles、InCHI字符串、分子量等简单信息。
简介：根据分子质量、名称或者自行绘制结构，从几十万分子中搜索，得到二维结构、Smiles、InCHI字符串、分子量等简单信息。
Sigma-Aldrich公司产品数据库：www.sigmaaldrich/Area_of_Interest/The_Americas/United_States.html
简介：主要用来获得化合物IR、NMR谱图。右上角输入化合物的名字，搜索到后进入相应条目，如果在左侧有FT-IR Raman、FT-NMR字样，就可以进入察看，没有则说明此化合物无光谱数据。也可以获得化合物的一些物性数据，但不全面。
简介：主要用来获得化合物IR、NMR谱图。右上角输入化合物的名字，搜索到后进入相应条目，如果在左侧有FT-IR Raman、FT-NMR字样，就可以进入察看，没有则说明此化合物无光谱数据。也可以获得化合物的一些物性数据，但不全面。
基本物理常数数据库：v/cuu/Constants/index.html
简介；可以查到精确的计算化学中涉及的物理常数及换算关系，如hartree->eV
简介；可以查到精确的计算化学中涉及的物理常数及换算关系，如hartree->eV
百奥知识数据库：tong.bioknow/html/sites/database/index.htm
简介：一个生物信息数据库的比较全的列表，每个数据库有简单官方介绍。
简介：一个生物信息数据库的比较全的列表，每个数据库有简单官方介绍。
UniProt(universal protein resource)：
简介：整合了Swiss-Prot、TrEMBL、PIR三个数据库，可以得到蛋白质序列、相关文献、人工（有黄五角星标识）或机器自动生成的注释、所属分类、蛋白质序列特征等丰富信息。还可以进行序列对比、BLAST搜索。
简介：整合了Swiss-Prot、TrEMBL、PIR三个数据库，可以得到蛋白质序列、相关文献、人工（有黄五角星标识）或机器自动生成的注释、所属分类、蛋白质序列特征等丰富信息。还可以进行序列对比、BLAST搜索。
BioPath.Explore：lecular-networks/biopath/index.html
简介：含上千种与生化反应相关的分子和反应的BioPath数据库的在线访问界面。输入分子结构或限定条件（如LogP、分子量、酶的EC号），可以从数据库中到相关的分子、生化反应和相应的酶的详细信息。
简介：含上千种与生化反应相关的分子和反应的BioPath数据库的在线访问界面。输入分子结构或限定条件（如LogP、分子量、酶的EC号），可以从数据库中到相关的分子、生化反应和相应的酶的详细信息。
PDB Wiki：/index.php/Main_Page
简介：基于PDB数据库，对蛋白质进行了简单分类，访问者可以给每个蛋白添加注释。
=====================
2 结构数据库部分
简介：基于PDB数据库，对蛋白质进行了简单分类，访问者可以给每个蛋白添加注释。
=====================
2 结构数据库部分
Yoshida的富勒烯结构库：hem2.tutkie.tut.ac.jp/Fuller/Fuller.html
简介：提供很多富勒烯、碳纳米管等结构的图片，可在线观看三维结构。可以下载到C60~C100的富勒烯结构文件。这些cc1后缀的结构可以直接在Nanotube Modeler里打开。
简介：提供很多富勒烯、碳纳米管等结构的图片，可在线观看三维结构。可以下载到C60~C100的富勒烯结构文件。这些cc1后缀的结构可以直接在Nanotube Modeler里打开。
纳米管、纳米锥、富勒烯的VRML库：jcrystal/steffenweber/gallery/NanoTubes/NanoTubes.html
简介：可以下载到一些纳米管、纳米锥、富勒烯、超导化合物晶胞结构的VRML文件(.wrl)，可以下载到C20~C720的富勒烯结构的cc1文件（其中多数也可以在Yoshida的库里下载到）。
简介：可以下载到一些纳米管、纳米锥、富勒烯、超导化合物晶胞结构的VRML文件(.wrl)，可以下载到C20~C720的富勒烯结构的cc1文件（其中多数也可以在Yoshida的库里下载到）。
GLYCAM寡糖数据库：uga.edu/CCRC/Library/index.jsp
√ ICSD无机晶体数据库：icsd.ill.fr/icsd/index.php
简介：免费在线提供部分晶体结构信息及cif文件。
简介：免费在线提供部分晶体结构信息及cif文件。
√ NDB核酸数据库：ndbserver.rutgers.edu
简介：根据NDB ID，获得核酸坐标文件、出处等信息，类似RCSB蛋白质数据库。
简介：根据NDB ID，获得核酸坐标文件、出处等信息，类似RCSB蛋白质数据库。
PDBbind-CN：/index.asp
简介：收集了pdb数据库中的生物分子复合物。给出受体、配体名称、亲和性、序列等信息，可在线观看或下载结构，可根据配体名称、结构搜索含有此配体的复合物。
简介：收集了pdb数据库中的生物分子复合物。给出受体、配体名称、亲和性、序列等信息，可在线观看或下载结构，可根据配体名称、结构搜索含有此配体的复合物。
MDB（金属蛋白数据库）：metallo.scripps.edu
简介：用来从PDB数据库中搜索含有某种金属的蛋白。可以将所含金属、解析度、配体数、金属-配体距离、作者等信息作为检索条件。结果会给出PDB ID等信息，可以下载其Mini-PDB文件，也就是PDB结构文件中只包含金属与配体的那一小段结构，可以直接在线浏览其3D结构。
简介：用来从PDB数据库中搜索含有某种金属的蛋白。可以将所含金属、解析度、配体数、金属-配体距离、作者等信息作为检索条件。结果会给出PDB ID等信息，可以下载其Mini-PDB文件，也就是PDB结构文件中只包含金属与配体的那一小段结构，可以直接在线浏览其3D结构。
sc-PDB：bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB
简介：收集了PDB数据库中含有可以为药物结合的位点的蛋白。可根据配体、蛋白、结合方式为特征进行搜索。
简介：收集了PDB数据库中含有可以为药物结合的位点的蛋白。可根据配体、蛋白、结合方式为特征进行搜索。
√ RCSB PDB数据库：/pdb/home/home.do
HPDB蛋白质数据库：hpdb.hbu.edu
简介：河北大学的蛋白质数据库，可通过此库间接下载到RCSB蛋白质数据库的文件。有中文PDB文件格式的介绍，比较有用，还有另外一介绍蛋白质的些文章。
√ ZINC化合物虚拟筛选数据库：/index.shtml
简介：根据自定义的化合物的性质，在800万种以上可买到的产品中进行筛选。可以下载到结构文件。
简介：根据自定义的化合物的性质，在800万种以上可买到的产品中进行筛选。可以下载到结构文件。
√ PubChem：bi.v
简介：NCBI下属的小分子数据库，包括化合物、物质、生物活性三大数据库，含上千万条目并不断增加。可通过分子结构、名称、分子式、分子量、XLogP、氢键信息方式查询。可以得到分子的简介、化学结构、XLogP（自动计算）、同义词、生物活性、毒性、药理学信息及分类、SMILE和InChI/key字符串、相似化合物、2D的SDF文件。一些结构还有3D SDF结构文件，进入条目后可在页面最下面点SDF按钮保存，可被一些软件直接读取，如ChemBio3D。是一个很有用的获得小分子三维结构的方法。
简介：NCBI下属的小分子数据库，包括化合物、物质、生物活性三大数据库，含上千万条目并不断增加。可通过分子结构、名称、分子式、分子量、XLogP、氢键信息方式查询。可以得到分子的简介、化学结构、XLogP（自动计算）、同义词、生物活性、毒性、药理学信息及分类、SMILE和InChI/key字符串、相似化合物、2D的SDF文件。一些结构还有3D SDF结构文件，进入条目后可在页面最下面点SDF按钮保存，可被一些软件直接读取，如ChemBio3D。是一个很有用的获得小分子三维结构的方法。
版权声明：本站内容均来自互联网，仅供演示用，请勿用于商业和其他非法用途。如果侵犯了您的权益请与我们联系QQ:729038198，我们将在24小时内删除。
发表评论