利⽤samtools将sam格式的⽂件与bam格式的⽂件进⾏相互转换bowtie2是当今流⾏的序列⽐对软件，其输出结果为sam后缀名的⽂件
sam格式是⼀种通⽤的⽐对格式，⽤来存储reads到参考序列的⽐对信息SAM是⼀种序列⽐对格式标准， 由sanger制定，是以TAB为分割符的⽂本格式。
主要应⽤于测序序列mapping到基因组上的结果表⽰，当然也可以表⽰任意的多
重⽐对结果
⽽bam格式⽂件可以理解为时sam格式⽂件的⼆进制保存
在进⾏下⼀步的转录本组装时要⽤到cufflinks软件，⽽cufflinks只接受bam格式的⽂件作为输⼊，所以我们要把sam格式的⽂件转换为bam格式的⽂件以便进⾏下⼀步操作 samtools可以有效地帮我们解决这个问题
samtools view [-bhuHS] [-List] [-o output] [-f repFlag] [-F skipFlag] [-q minMapQ] [-l library]
[-r read]
-b 以BAM格式输出，可以⽤于samtools的后续分析
学编程需不需要学英语-u 以未压缩的BAM格式输出，可以节约时间，⼀般在管道执⾏时使⽤
文件格式转换app-h 在结果中包含头header
lara翻译
-H 只输出头  -S 输⼊⽂件为SAM格式，如果确实@SQ头，则需要-t选项
sam转化为bam
樱花动漫immone入口
samtools view -bS aln.sam > aln.bam
bam转化为sam
计算机补码运算例子samtools view -h -o aln.sam aln.bam
另外在利⽤cufflinks对转录本进⾏拼接时，cufflinks还需要我们把转换后的bam格式⽂件进⾏排序
samtools sort aln.bam >aln.sorted_bam
c++字符转换成ascii码
建议使⽤tophat2+cufflinks的软件组合进⾏转录组的⽐对和分析
具体教程会在后⾯更新

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