RNA-seq实战上游分析
我们进⾏完RNA-seq后，真实返回的测序数据就是这个样⼦的
upload-images.jianshu.io/upload_images/12544845-e3b832719ef3fe03.png?imageMogr2/auto-
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我们直接分从其中的rawdata开始分析 因为此次是双端测序，所以每个样本有两个fastq⽂件。
RNA-seq上游测序的步骤可以概括为 ：
(所有软件均在python3环境下安装)
1. 准备参考基因组⽂件下载及GTF⽂件下载
2. 质控 （fastqc, multiqc）
3. 数据过滤 (trim_galore)
4. 序列⽐对 (star)
5. 表达定量 (featureCounts)
1. 准备参考基因组⽂件下载及GTF⽂件下载:
gzip是什么文件夹NCBI下载GTF及参考基因组：
选择getdata
[图⽚上传失败...(image-e9df51-1610725710244)]
选择download assembly组装好的，
[图⽚上传失败...(image-76b397-1610725710244)]
参考基因组：
选择REFSEQ
[图⽚上传失败...(image-e8aa3-1610725710244)]
[图⽚上传失败...(image-a12dd8-1610725710244)]
这⾥有GTF⽂件（ 31M）和参考基因组序列( 796M)
[图⽚上传失败...(image-3d3780-1610725710244)]
2. 质控 （fastqc, multiqc）
质量控制

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