生物信息学数据库分类整理汇总
1. Meta databases
元数据库，合并不同来源的相关数据以更新的或更加方便的形式提供新的数据，通俗的讲就是数据库的数据库，代表性的数据库主要有以下几个：
ConsensusPathDB 网址：/ 描述：分子功能互作数据库，基于32个公共数据库，整合了人类蛋白质相互作用，遗传相互作用信号，代谢，基因调控和药物 - 靶标相互作用的信息。
Entrez 网址：bi.v/Class/MLACourse/Modules/Entrez/complex_boolean.html 描述：Entrez跨数据库全局查询搜索系统是一个联合搜索引擎或门户网站，允许用户在NCBI网站上搜索许多离散的健康科学数据库。
Neuroscience Information Framework 网址：// 描述：整合了数百种神经科学相关资源，包括实验，临床和转化神经科学数据库，知识库，地图集和遗传/基因组资源
等。
GeneCard 网址：/ 描述：自动整合125个数据库，包含基因组、转录组、蛋白组、遗传、临床和功能信息的庞大人基因组数据库。
Ensembl Genomes 网址：/ 描述：该项目由EMBL运营，提供细菌、原生生物、真菌、植物和无脊椎动物后生动物的基因组数据。
UCSC Genome 网址： genome.ucsc.edu 描述：主要是动物基因组信息，基因组注释，基因组保守性和基因组共线性数据。
Human protein atlas 网址：/ 描述：人体蛋白在细胞、组织、病理条件下的表达
2. Model organism databases
模式生物数据库，为深入研究模式生物提供生物数据，如：
Personal Genome Project 网址：/ 描述：来自世界各地
的100,00名志愿者的人类基因组计划。
Mouse Genome Database(MGD) 网址：www./ 描述：MGD数据库是整合了国际上实验室小鼠生物数据的资源库，提供小鼠相关的基因组、综合遗传等信息。
Rat Genome Database (RGD): 网址：w.edu/ 描述：大鼠基因组数据库。
PomBase 网址：/ 描述：裂殖酵母Schizosaccharomyces pombe的知识库。
Saccharomyces Genome Database (SGD): 网址：/ 描述：酵母模型生物的基因组数据库
TAIR 网址 / 描述：最全的拟南芥资源数据库。政府为我们付费购买了使用权，以至于不少人没感觉到TAIR已经收费了。
Legume Information System (LIS) 网址：/ 描述：豆科植物的基因组数据库。
Wormbase: 网址：/#012-34-5 描述：关于线虫模式生物秀丽隐杆线虫的生物学和基因组在线生物数据库，还包含其他相关线虫的信息。
Xenbase: 网址：/entry/ 描述：模式生物非洲爪蟾（Xenopus tropicalis）和非洲爪蟾（Xenopus laevis）的基因组数据库。
Zebrafish Information Network: 网址：/ 描述：斑马鱼的基因组数据库。
FlyBase: 网址：/ 描述：模式生物果蝇的基因组数据库。
UCSC Malaria Genome Browser: 网址：enacademic/dic.nsf/enwiki/7907997 描述：UCSC疟疾基因组浏览器是研究疟疾（如恶性疟原虫等）基因组的生物信息学研究工具。
3. Nucleic acid databases
3.1 DNA databases
核酸数据库分为一级数据库（Primary databases）和二级数据库（Secondary databases）
3.1.1 一级核酸数据库
下面三个数据库是核酸的主数据库，存储来自所有生物的核酸序列，接受用户提交核酸序列，每天交换更新数据以实现他们之间的最佳同步。
DNA Data Bank of Japan 网址：www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html
EMBL (European Bioinformatics Institute) 网址：/
NCBI (National Center for Biotechnology Information) 网址：bi.v/
3.1.2 二级核酸数据库
数目很多，先列出一些，欢迎补充：
23andMe's database 网址：www.23andme/en-int/ 描述：23andMe是一家私营的个人基因组学生物技术公司 ，主要业务是基于唾液对消费者进行基因检测，并向客户提供基因检测报告。
OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man): 网址：/ 描述：一个管理人类基因和人类遗传疾病特征的数据库。
RefSeq 网址：bi.v/refseq/ 描述：参考序列数据库收集了从病毒、细菌到真核生物等主要生物的核酸序列（DNA、RNA）及其蛋白质常产物。
1000 Genomes Project: 网址：/ 描述：2008年1月启动的项目，对来自不同种族体的一千多名匿名参与者的基因组进行了分析，并将数据公布于众。
SNP / Disease Databases 网址：www.snpedia/ 描述：人SNP位点对表型的影响和贡献度数据库
3.2 Gene expression databases
这些数据库收集基因组序列，注释并分析他们，以提供公共访问。主要包括：
ArrayExpress 网址：www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ 描述：功能基因组数据存档；存储来自EMBL的高通量功能基因组学实验的数据；展示方式很炫酷。
Bioinformatic Harvester 网址：Ensembl: /index.html 描述：为人类，小鼠，其他脊椎动物和真核生物基因组提供自动注释的数据库
BioGPS 网址：/#goto=welcome 描述：强大的基因和蛋白表达注释平台
Gene Disease Database 基因疾病数据库，通过整理表型-基因型关系和基因-疾病机制，以及多种复合相互作用来理解复杂疾病的潜在机制。主要数据库如下：
5.1 The Comparative Toxicogenomics Database (CTD) 网址：/ 5.2 The Universal Protein Resource (UNIPROT) 网址： 
5.3 The Online Mendelian Inheritance in Man 网址：bi.v/omim 
5.5 The Ensembl genome database project 网址：/ 
5.6 The Gene Disease Associations Database DisGeNET 网址：/
Gene Expression Omnibus (GEO): 网址：bi.v/geo/ 描述：来自美国国家癌症研究所（NCI）的公共功能基因组数据库，它支持基于阵列和序列的数据，
并提供了用于查询和下载基因表达谱的工具。
3.3 Phenotype databases
PHI-base: 网址：/ 描述：病原体 - 宿主相互作用数据库。
细胞表型数据库 网址：www.ebi.ac.uk/fg/sym 描述：基于RNAi的细胞表型收集
每天学点sql经典句子dbGAP 网址：bi.v/gap 描述：基因型-表型数据库，来源于GWAS、医学测序、分子诊断等
The Human Phenotype Ontology 网址：/app/ 描述：人类疾病表型描述的标准化术语，类比于Gene Ontology. 现有13000个条目和156,000关于遗传病的注释。
GWAS central 网址：  描述：包含2,974,967个SNP与829个MeSH疾病、表型之间的69,986,326个关联。
European genome-phenome archive 网址： 描述：生物医学研究中涉及的遗传和表型数据关联库

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