三维分子类
RASMOL 2.7.2.1                        观看生物分子3D微观立体结构的软件。非常有名，巨棒！RasTop 2.0                            为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件
CHIME 2.6 SP3                        直接在浏览器中观看3D分子。
MolMol 2k.1                          将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件。
CrystInfo 1.0                        用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3d结构。PDViewer                              PDB格式文件的查看程序。
Weblab Viewlite 4.2                  3维分子浏览工具及大量分子文件例子。
Weblab ViewerPro 4.2 Demo            3维分子浏览工具。
ICMLite 2.8                          3维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能。
VMD 1.72                              3维分子浏览工具，可以进行动态显示。
CN3D 3.0                              3D分子结构观察软件。
WPDB 2.2                              PDB文件检索显示分析软件。
DTMM 4.0                              3维分子模型显示、编辑与构建程序。
Mole 1.1.8 Demo                      高性能的大分子3维图形显示计算工具。
gopenmol 2.1                          显示并分析分子结构及其特性的软件。
POV-Ray 3.5 beta rc5                  生成三维图像工具软件。
WinMegaPov 0.7                        3D渲染软件POV-Ray非官方编译软件。
MolPOV 2.0.8                          将PDB文件转化为POV格式文件的软件。
Mol2Mol Demo 4.1                      分子文件格式转换软件。
PovChem 2.1.1                        将PDB文件转化为POV格式文件的软件。
Ortep-3 for Windows 1.074            生成分子的热椭圆形点图软件。
PLATON(2002.5.16版)                  通用结晶学软件工具。
Mage 6.02                            读取并演示Kinemage格式文件的专用软件。
Prekin 6.02                          将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件的软件。
Swiss-PdbViewer 3.7                  PDB文件显示与分析软件。
DINAMO                                蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具软件。PCMolecule2 Lite                      查看PDB格式文件的免费软件。
StrukEd Demo                          化学分子编辑与三维模型生成软件。
JMVC 2                                使用JAVA技术编写的三维分子查看器。
Re_View 1.0                          读取及分析XYZ格式三维分子文件的软件。
Oscail 9                              用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包。
Moilin                                分子构建与观察软件。
Tinker 3.9                            与Moilin配套的DOS下的分子设计建模软件。Biodesigner 0.60                      免费的分子建模与显示软件。
MoluCAD 1999.04.19版全功能的分子建模与显示工具软件。
Viewer Activex Control 4.0            三维分子显示控件。
MarvinView 2.9.12                    JAVA语言编写的化学分子2维与3维显示程序。
ACD/3D Viewer for ISIS 4.5            免费的ISIS Draw三维显示插件。
Amira 2.3 Demo                        高等三维显示建模系统。
AmiraMol 0.91                        Amira 2.3 Demo相应的显示三维分子的增强工具。Visualize 1.30                        分子建模和研究软件包。
ScientificGL 1.2                      C++ OpenGL API三维分子开发工具。
Sojourner 1.10                        出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件。PyMOL 0.80                            免费且公开源代码的三维分子显示、动画、编辑程序。Qmol 2.0                              基于OpenGL的三维分子显示软件。
Protein Explorer 1.922 Alpha          RASMOL衍生出的软件。
数据库编辑软件WinMGM 2.0b                          分子图像程序。
DNA分析
DNAClub                              DNA处理软件DNA Club。
JaMBW 1.1                            分子生物学软件包。
DNATool 6.0.118                      功能很全面的DNA序列分析工具包。
pDRAW 1.1.48                          DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图。ANNHYB 4 beta5                        用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件。RESTRICTION ANALYSIS Beta版限制酶消化工具。
ABIView 1.0                          ABI格式文件显示与编辑软件。
Chromas 2.22                          ABI格式文件显示与编辑软件。
Sequence viewer 1.0                  获取与观察从GSDB获取的DNA序列数据及其关联特性的工具。
DNAssist 2.0                          DNA序列分析工具。
DNAProbe                              核苷酸序列设计工具。
DnaSP 3.5                            DNA序列种遗传学分析软件。
DFW 2.21                              DNA分析软件。
Artemis R4                            以Java语言写成的序列查看工具。
ACT R1                                以Java语言写成的序列比较查看器。
GDA 1.1                              主要用来进行不连续基因数据的统计分析。
RDP 1.09                              从一组排队比较（align)的核酸序列中查潜在的重组体软件。
Sequencher 4.0.5 Demo                装配DNA小片段为大的连续序列或毗连（序列）“Contig"软件。
MeltCalc 2.06                        自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件。基因探索者 1.0 Demo                    中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件。ConsInspector 3.3                    DNA蛋白结合位点预测识别软件。
MatInd 2.2与MatInspector 2.2          快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具。GBuilder 1.23     
                  JAVA语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件。GenomePixelizer 2002.2.15版帮助理解基因组中的簇基因（clustering gene）之间的相互关系的软件。
LabBook Genomic XML Viewer 3.3.0.41  图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件。Gene Construction Kit 2.5 Demo        管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件。Genalysis 2.1.2 评估版比较基因组或大量基因序列的工具软件。GenescanView                          查看基因扫描（genescan）格式.fsa文件的小软件。WinGene 2.31                          分析核酸序列的多用工具软件。
Sequin 4.0                            数据库GenBank, EMBL, DDBJ 查询软件。
RNA分析
RNA draw                              RNA二级结构分析软件。
RNAstructure 3.71                      预测RNA二级结构图。
RnaViz 2.0                            RNA二级结构图绘制程序。
loopDloop 2.07b                        Java语言写成的绘制RNA二级结构的软件。
Circles 0.1.0                          使用比较的方法分析RNA二级结构软件。
RNAFold                                RNA二级结构分析软件。
蛋白质分析
ANTHEPROT 5.0                          蛋白序列分析软件包。
pSAAM                                  蛋白序列分析软件包。
VHMPT                                  螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件。
aminoXpress 5.02                        免费的多功能蛋白分析软件包。
WinPep3.01                              分析蛋白序列的工具软件。
MPEx 1.5                                研究膜蛋白拓扑学结构和其它特性的JAVA软件。
生化教学
mmp.zip                                将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来。linpath.zip                            线性酶反应模拟软件。
protlab 3.01                            蛋白质纯化仿真软件。
MOLMED.ZIP                              生化基础概念演示教学程序。
Biochem1.75                            生化教学文件。
photo                                  光合作用教学程序。
8个教学辅助程序包括化学键教学、光合作用、减数分裂、有丝分裂，还包括日蚀等等。
《生物化学》练习题软件本套题共包括14章内容，每章练习题有单项选择和多项选择两套题，题库总题数近700道。
Adrenalin                              肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示。
Virtual Cell Lab 2.0                    多媒体细胞生物学教学程序。
生化工程
brd.zip                                  生物反应器（发酵罐）设计软件。
BioStat 4.0a                            BioStat B发酵罐控制程序。
PenSim v2.0                              青霉素发酵模拟软件。
BioProSim 4.0                            发酵实时模拟软件。
SuperPro Designer 4.9评估版计算机辅助设计特别是生物工艺设计的软件包。
序列格式转换
vised 1.1                                序列输入分析和格式转换软件。
ForCon 1.0                                多序列文件格式转换软件。
SeqVerter 1.581                          序列格式转换软件。
GeneStudio Pro Public Beta 6              序列格式显示、编辑与转换工具软件。
FASTA/BLAST SCAN 4.1beta                  FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件。RevComp 2.4                              序列格式转换软件。
引物分析
primer Premier 5.0                        引物设计工具。
Oligo 6.57                                引物分析著名软件。
Primer D'Signer 1.1                        专门用于pASK-IBA和pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件。
Array Designer 2.00 Demo                  批量设计DNA和寡核苷酸引物工具，
Beacon Designer 1.01 Demo                  PCR定量分析分子信标(Molecular beacon )设计软件，
NetPrimer                                  基于WEB界面的引物设计程序。
序列综合分析
pcgene                                      分子生物应用软件。
MACAW 2.05                                  多序列构建与分析软件。
Clustal W 1.8                              用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件。Clustal X 1.8                              Clustal W Windows界面程序。
FASTA 3.4t10d3                              数据库中查同源序列软件。
GeneDoc 2.6.02                              对序列进行相关分析等操作。
BLAST 2.2.2 与Blastcl3                      数据库中查类似序列的软件及客户端软件。SeqPup 0.9                                  生物分子序列编辑与分析软件。
K-Estimator 6.0                            进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数。
BioEdit 5.0.9                              序列编辑器与分析工具软件。
DAMBE 4.0.75                                综合性序列工具软件。
LaserGene 5.01 Demo 综合性序列工具软件。
SeaView 图形化多序列队列编辑器。
Jalview1.7b 用Java语言写的多序列队列编辑器。
DNASIS 2.5 Demo 序列综合分析工具。
DNASIS Max Demo 1.0 序列综合分析工具。
Genamics Expression 1.1 演示版是一个DNA与蛋白序列分析工具。
Vector NTI Viewer 4.0.1 载体查看软件。
Jellyfish 2.1 多功能序列分析软件。
ProSeq 2.9 beta 核酸序列编辑与种遗传学分析软件。
Gap4 database viewer 2000.1版 Gap4基因装配数据库读取显示软件。
SMS DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合。
Omiga 2 Demo 核酸与蛋白序列综合性分析软件。
Staden 2001.0 合序列分析工具软件包。
Vector NTI Suite 7.1 Demo 综合性蛋白核酸分析工具包。
INCA 0.38 Java 脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序。
ISYS v1.33 build #140  NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台。
DNAScriptor 1.00 DNA与蛋白序列综合分析软件。
Sequence Quickie-Calc 2.5 DEMO 非常紧凑的分子生物学工具软件。
PhyloGrapher（2002.3.15）用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件。BlastDoc BLAST查结果进行图形化显示软件。
Woderful生物信息学系统1.0试用版综合中文序列分析软件。
进化树分析
phylip 3.6a3 进化树分析软件，并可绘制进化树。
TreeView 1.6.6 进化树处理软件。
GeneTree 1.3 比较基因与种系进化树的程序。
NDE 0.5.0 用来编辑NEXUS格式文件的程序。
TreeMap 1.0 用来可视地比较主、从进化树的程序。
Spectrum 分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件。
Phyltools 1.32 计算与处理进化树数据的软件。
tree-puzzle 5.0 核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具。
ATV 1.92 JAVA语言编写的显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件软件。
TREECON 1.3b Demo 构建和绘制进化树的软件包。
ProBiosys 1.0 比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件。
COMPONENT 2.0 分析进化树免费软件。
质粒绘图
Plasmid Processor 1.02 绘制质粒图软件。
Plasmid Processor Pro 绘制质粒图软件，与Plasmid Processor是同一个作者。
WinPlas 2.7 demo  质粒绘图软件商业版。
DMUP beta 环状质粒绘图软件测试版。
Plasmid Toolkit 1.4s 质粒绘制软件。
pDRAW 1.1.36 DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图。
Redasoft Visual Cloning 2000 Demo 是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版。SimVector 2.00 Demo 质粒图绘制软件。
CloneMap 2.11 Demo 质粒作图软件演示版。
图像处理
Image Tool 3.0 科学用途的处理图像软件。
Image J 1.26 用Java语言写成的科学用途的处理图像软件。
Cross Checker 2.91 基因指纹图分析软件。
ALFmap 1.22 ALF (Amersham Pharmacia) 图像格式转换软件。
Band Leader 3.0 凝胶图像处理软件。
Scion Image 4.12 图像处理与分析工具。
OSIRIS 4.09 通用医学图像处理与分析软件。
Melanie 3 Viewer 免费Melanie图像查看器。
Smart Draw 6.0 Demo  流程图绘制软件演示版。
GIMPWin 1.2.3 图像处理自由软件。
ChromoZoom 1.1 比较两个图像的相同与不同之处软件。
bandscan 5.0 Demo 蛋白凝胶电泳图像分析软件。
SigmaScan Pro 5.0 Demo 图像分析软件30天全功能演示版。
SigmaGel 1.0 Demo 凝胶图像分析软件。
TotalLab 2.0 评估版图像分析软件。
LabImage 2.62 评估版凝胶图像分析软件。
GelDiff 1.0 定量比较两个2D凝胶图像的不同之处的JAVA软件。
Timediff 1.2 Beta 分析蛋白/基因表达图谱时间序列的JAVA软件。
QuantiScan 2.1 Demo 使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件。
PDQuest 6.2.1 30天试用版分析2维凝胶并生成数据库的标准软件。
digitizer 3.3 图形数字化软件。可以将曲线图转化为数据与等式。
Grafula 3 v2.10 图形数字化的软件；
Graph Digitizer version 2.14 图形数字化软件。
Peak Explorer 1.01 处理试验图谱图像软件。
数据处理
CurveExpert 1.37 用于ELISA标准曲线拟合的软件。
STATISTICA 6.0版Demo 著名的数据统计软件。
ClickIt Graph 实验数据作图软件。
GraphPad PRISM 3.03 著名的数据处理软件。
NoSA5 2002年7月17日版中文非典型数据统计分析系统。
CrossGraphs 2.2 多变量数据库图形显示软件。
SigmaPlot 8.0 Demo 绘图和数据分析软件包30天全功能评估版。
SYSTAT 10.2 Demo 数据统计分析与作图的利器 30天全功能演示版。
SigmaStat 2.03 Demo 智能统计软件 30天全功能演示版。
PeakFit 4.11 Demo 自动分离、拟合与分析非线性数据软件。
TableCurve 2D 5.01 Demo 自动两维曲线拟合与经验公式查软件。
TableCurve 3D 4.0 Demo 自动三维曲面拟合与经验公式查软件。
SPSS 11.5 Demo 非常权威且有名的数据统计处理软件 30天全功能演示版。
Origin 7.0 Demo 易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件。
DATb 1.11 进行生物曲线拟合与数据分析的免费软件。
数据作图助手II v2.1_A 对实验结果进行数据分析和作图的专业软件。
正交设计助手II 3.0 正交实验设计辅助工具软件。
检索与阅读
医学搜索2001 通用医学搜索软件。
超星图书阅览器3.7 在线读取国家图书馆网上电子图书的客户端软件。
< 中国生物学文献数据库检索客户端软件。
PathDB 2.0 (代谢途径数据库）检索程序。
PubCrawler1.8 Medline文献库与GenBank核酸序列库检索软件。
< 国图网上图书浏览器插件。
PDGReader 超星图书本地阅览器。
NetRose 1.3 可以下载超星3.52版本所有图书软件。
NetRoseBrowser 1.3 PDG格式浏览器。
Book Express 1.03d 专门用于超星数字图书下载的工具软件。
EndNote 6.0 Demo 专业参考文献查询软件。
Reference Manager 10 Demo 专业参考文献查询软件。
Procite 5 Demo 参考资料检索管理软件。
CajViewer 5.0 读取中国期刊网电子期刊全文所必备的阅览器。
中国数图浏览器beta 1.01 浏览中国数图的必备软件。
中国数图欺骗程序0.8beta 与中国数图浏览器配套使用，可以下载电子图书。
D-Library 1.1.0 中国数图下载软件。
书生之家浏览器精简版与全字库版 3.3版浏览书生之家数字图书馆的必备软件。
百博阅读软件 V2.30 Build 1030 阅读百博数字图书馆的必备浏览器。
Book Reader for NLC 1.0 Build 13 数字图书(NLC)阅读器。
MiniViewer V1.59a5 数图阅览器。
CompressIt V2.0 JBG(NLC)<->JPG转换功能软件。
Refs 7.8 参考文献管理软件。
Scholar's Aid 2000 文献参考资料等日常资料的整理软件。
paperworks 1.0.3 免费的参考文献管理软件。
维普浏览器查看免费的维普期刊全文数据库专用软件。
Dlib1.58b 下载数图图书软件；
nlcdownload 0.9.9 国图图书下载系统。
医网打尽 4.0版主要用于生物医学类和普通类搜索中文软件。
JaniSearch 0.2 智能搜索软件，包含16个医学、生物学相关的搜索引擎。
专利相关软件
PatentIn 3.1 用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件。
Checker 4.0 用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件。
易优专利检索软件 1.00 检索专利软件。
GetIPDL 2.1.20 BETA 专利文献下载共享软件。
Patsee 4.0 Pro 专利文献下载共享软件。
PatentOrder Desktop 试用版1.7build228 专利文献下载共享软件。
PatMate 1.8 专利文献下载共享软件。
PatentHunter 1.0 专利文献下载共享软件。
PCT-EASY2.92 b4 用来帮助编制电子形式的PCT国际专利申请及最终以电子方式提交这种申请的软件。
基因芯片
AMADA 2.0.0 用来组织、研究、显示、分析微数组(Microarray)数据软件。
ScanAlyze 2.44 进行微矩阵荧光图像分析软件。

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