1、（平台：Fedora10，gcc 版本为4.3.2）
安装 Rosetta 需要另外一个名为 scons 的软件，到
下载 rpm 包，在根口令下安装（输入：rpm -ivh 软件包名称）
进入 /，点击 software,在 Download
Rosetta Software 下方点击 Academic Users Logon （事先注册好非商业性邮箱得到帐号与
密码，我注册的是雅虎邮箱，下载的版本是 3.1，rosetta3.1_Bundles软件包）；
进入 rosetta_source 目录下，输入：scons bin mode=release，即开始安装
更多相关信息参考安装手册：
/manuals/archive/rosetta3.1_user_guide/（特别要注意
linux 及gcc版本问题）
2、运行： cd  rosetta_source
cd  bin
将准备好的 pdb 文件（示例：1l2y.pdb）和2个碎片文件放在 Bin 目录下（碎片文件用来组装蛋白质的文件，可以由Rosetta的碎片库产生，也可以自己创建。碎片库是 Rosetta 从头预测的核心，碎片用来组装蛋白质，Rosetta 中碎片文件的基本格式是：
{series}{pdb}{chain}{size}_{strategy}.{depth}_{version}
./AbinitioRelax.linuxgccrelease  @flags  -database '/home/yaoda/rosetta3.1_Bundles_FILES/rosetta_database'
(这是 rosetta 中命令的基本格式)
flags:（Flag file 的作用是将要执行的命令参数集中到一个文件中，那么输入的时候就只
需要一个命令行就行，flags 文件也需要复制在 bin 目录下）
-in:file:native inputs/1l2y.pdb（输入的原始文件）
-in:file:frag3 inputs/aa1l2yA03_05.200_v1_3（3 个残基长度的碎片文件）
-in:file:frag9 inputs/aa1l2yA09_05.200_v1_3（9 个残基长度的碎片文件）
-out:nstruct 1（每次输入的 pdb 文件数）
-out:file:silent 1l2y_silent.out（默认输出的文件名称）
-no_prof_info_in_silentout
-mute core.io.database
然后终端中显示整个预测过程：
预测完毕，产生 2个文件：
1）1l2y_silent.out：内容如下（包含很多结构信息）
SEQUENCE: NLYIQWLKDGGPSSGRPPPS
SCORE: score  vdw  cenpack  pair  env  cbeta  rg  hs_pair  ss_pair  rsigma sheet        rms     maxsub   clashes_total    clashes_bb description
SCORE: 19.207  0.207  -7.272  -2.443  -0.562 6.940 23.449 0.000 -1.365 -0.977 1.232      5.479  15.000 0.000 0.000  S_00000001
ANNOTATED_SEQUENCE:
   从左到右依次是：
残基序列号 二级结构 Phi Psi Omega Ca-x      y      z     
1 E  -163.878  158.811  173.187    1.458    0.000    0.000 S_00000001
linux终端下载软件2 E  -115.316  109.518 -179.124    3.954    2.843    0.346 S_00000001
3 E  -118.431  162.412  172.839    6.093    3.394   -2.749 S_00000001
4 E   -90.526  114.960 -173.298    8.367    6.146   -4.047 S_00000001
5 E  -101.333  123.803  175.454    6.598    7.842   -6.950 S_00000001
6 E   -76.432  123.783 -177.749    8.518    9.705   -9.650 S_00000001
7 L   -65.809  -36.420 -177.194    6.788   12.988  -10.476 S_00000001

2）score.fsc（fullatom score）：内容如下
SEQUENCE: NLYIQWLKDGGPSSGRPPPS
SCORE: score  vdw  cenpack  pair  env  cbeta  rg  hs_pair  ss_pair  rsigma sheet        rms     maxsub   clashes_total    clashes_bb description
SCORE: 19.207  0.207  -7.272  -2.443  -0.562 6.940 23.449 0.000 -1.365 -0.977 1.232      5.479  15.000 0.000 0.000  S_00000001

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