【培根强基】⽂献检索实⽤资源分享
资源链接提要 文献搜索数据库：
UpToDate:   
PubMedMeSH:/mesh 
Stork:   
MyNCBI:/sites/myncbi/ 
文献综合分析软件：
GoPubMed:/web/gopubmed/ 
PALMIST:/ctm/palmist_server.html 
文献阅读与管理工具：
F1000:/work/registration 
UpToDate 临床顾问
UpToDate 是一款基于询证医学的临床诊疗知识库，收集了非常多临床医学相关的词条，可以说是“临床医学中的”。其中的每一条词条都由相关领域的专 家（大多是 MD）编写，参考新的循证医学证据、经过同行评议，并且定期更新。其中一部分词条还有中文翻译方便查阅：中文翻译由国内相关领域的专家完成，但是 版本可能略滞后。
UpToDate 数据库是一个付费数据库，中日友好医院和清华大学均购买了该数据 库，因此在医院的 IP地址下直接访问即可（网址是 ）。除网 页版之外，UpToDate 还有移动端可以使用。在中直接搜索“UpToDate 临床顾问”即可访问，同样只要在医院的 IP范围内就可以使用了。
除此之外，UpToDate 上还能到各种临床常用的计算器，如 BMI、PSI 评分、 肌酐清除率等，也可以方便临床使用。 
对于临床工作的医生而言，UpToDate 搜集整理了大量文献证据，节省了大量查 阅文献的
时间；对于基础科研工作者而言，通过 UpToDate 可以快速了解临床医学中 某个领域的内容，对研究很有帮助。 
bacteriumPubMed MeSH 医学主题词表（强烈推荐）
对于临床医生和生物医学研究者来说，由美国国立医学图书馆开发的 PubMed 是 平时搜索文献必不可少的工具（/pubmed ）。但是在检 索 PubMed 的时候，可能经常遇到的问题是检索出的大量文献与自己想要的主题无关（“检索不准”）。使用 PubMed MeSH主题词表进行搜索可以一定程度上避免这个 问题。
通常我们在检索时，都是直接将关键词键入检索框内，然后 PubMed 在文章的全 文、摘要、作者提供的 keywords 等信息中搜索输入的关键词，将匹配的文章呈现出来。由于自然语言的多样性，同一个意思可能由多个词表示，同一个词在不同语境下也可能有多个含义，因此我们输入的自然关键词可能会检索出很多其实我们并不想要 的东西/漏掉一些重要的资料。
为了解决这个问题，NLM（美国国立医学图书馆）编制了一套标准医学主题词表 （Medica
l Subject Heading, 简称 MeSH）。NLM 会定期更新这套主题词表，并且由 专门的图书馆员在阅读全文后对每一篇收录的文章进行编目（每一篇 PubMed 文献底 下都有一个下拉菜单，点开就能看到相应的 MeSH主题词）。因此，直接用 MeSH进 行搜索可以大大提高检索的准确率。 
如何用 MeSH主题词表进行检索呢？
第一步：检索 MeSH 主题词
我们首先需要将自然语言关键词转化为 MeSH 标准主题词。具体方法是将我们的 关键词进行拆分，然后依次输入 MeSH检索框中（/mesh）。例如，我想搜索“人偏肺病毒的噬斑实验方 法”，分别键入“human metapneumovirus”和“viral plaque”两个自然语言关键 词，得到的 MeSH标准主题词是“metapneumovirus”和“viral plaque assay”（参 见附件 pdf 中的截屏，可能更清楚一些）。 
如果有进一步的需要，每一个 MeSH主题词下面都有更加详细的分类可以选取， 使检索更精确例如 metapneumovirus/virology，viral plaque assay/methods 等。 
第二步：构建检索式
得到了 MeSH标准主题词之后，下一步是将主题词用逻辑符号连接起来构成检索 式。这一步和普通检索类似，但需要注意在关键词后面需要加上限定语[Mesh]，并且 注意词组需要用引号 ”” 括起来。 
例如：('Metapneumovirus'[Mesh]) AND 'Viral Plaque Assay'[Mesh] 
当然，也可以直接利用网页右侧的 PubMed Search Builder 直接构建检索式，更 加简便。在不关闭页面的情况下，可以添加多个关键词。 
第三步：点击右侧的 Search PubMed 进行搜索
我做了一个实验，用 MeSH主题词搜索“人偏肺病毒的噬斑实验方法”可以搜到 6 篇文献，并且基本都与我的目标相关；但如果用原始的方法直接键入 metapneumovirus viral plaque 的话得到 19 篇文献，其中许多与我的本意不相关。其 中原因，感兴趣的话对比一下两者的搜索式很容易就能看出来（英文里 plaque 除了病 毒噬斑-viral plaque 之外，还有牙菌斑-dental paque 等意思，一并搜索了，当然有很 多不相关文章啦 O(∩_∩)O哈哈~）。 
不过需要注意的是，MeSH 提供的只是文献的查准功能；因为其严苛的搜索条件 可能会漏掉一部分文章，如果要查全的话建议使用其它策略。 
附录：PubMed 高级搜索功能为了提高查准率，建议使用 AND，OR，NOT 逻辑符号连接关键词，而不是直接 将一堆关键词直接键入搜索框（虽然这样做也可以，因为 PubMed 会自动把输入的自然语言翻译成逻辑语言，只不过有时会曲解）。高级搜索功能点击搜索框下方的 advanced 即可进入。 下面有几个使用的技巧：
用?来代替有长度限制的字符：如 reali?e 可以替代 realize 和 realise，解决英美 拼写方法不统一的问题。
用*来代替长度不限的字符：如 bacteri*可以代替 bacteria, bacterial, bacterium… 等等，解决词缀不同的问题。
用 ” ” 将词组括起来可以作为整体进行搜索。 
注意用 () 调整检索语言的运算优先级。（有点类似于加减乘除的括号）
检索完成后，左栏可以设置 filter 进一步精选文章，如文章类型（review, systematic review, meta-analysis）、出版时间、语言等。 
跟踪领域进展：Stork 和 My NCBI
当想要长期跟踪一个领域的进展，但又不想定期手动检索 PubMed 的时候，可以 使用这两个工具进行关键词订阅。这两个工具会定期检索 PubMed，如果有新文献则 以邮件方式进行提醒。
使用 My NCBI 时，需要在 PubMed 上进行注册登录，并进入网页右上角的 My NCBI（/sites/myncbi/）。在 Saved Searches 中设置检索 关键词和更新频率即可。
Stork 的中文名是文献鸟（），是一款免费的第三方搜索 引擎。在注册之后设定检索关键词和更新频率即可，会定期收到来自 Stork 的文献更 新。与 My NCBI 相比，Stork 在更新邮件中会标注文章的杂志名称、影响因子、JCR 分区等信息，帮助判断是否值得点开阅读。另外，Stork 还有一些付费功能（自动翻译 摘要等），可以根据需要选择。
文献综合分析：PALM-IST PALM-IST
是一款自动分析文章摘要的工具，适合于快速了解某一个新的领域 （/ctm/palmist_server.html）。它的搜索方式与 PubMed 类似，在得到搜索结果后，它会自动获取这些文章的 abstract，并且提取其中的关键 词进行分析。PALM-IST 提取的关键词种类包括： 
· Genes 
· Author’s Network 
· Drugs 
· Diseases 
· Interaction from Text 
· Abstract 
如果想快速了解和一个疾病相关的基因有哪些，或者和一个蛋白相关的疾病有哪 些，或者从事一个领域研究的大牛都有谁，PALM-IST 都是一个不错的工具。
另一个实用的工具是 GoPubMed（/web/gopubmed/） 但是目前在国内无法访问。

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