ChIP常见问题汇总
1．    ChIP是什么？
答：染质免疫沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，简称ChIP）是研究体内蛋白质与DNA相互作用的一种技术。它利用抗原抗体反应的特异性，可以真实地反映体内蛋白因子与基因组DNA结合的状况。
2．    ChIP有哪些应用？
答：近年来由于该技术不断的发展和完善，其应用范围已经从研究目的蛋白与已知靶序列间的相互作用，发展到研究目的蛋白与整个基因组的未知序列的相互作用；从研究一个目的蛋白与DNA的相互作用，发展到研究两个蛋白与DNA共同结合的相互作用；从研究启动子区域的组蛋白的修饰，发展到研究结合在DNA序列上的蛋白复合物。
3．    ChIP技术的原理？
答：生理状态下把细胞内的DNA与蛋白质交联在一起，通过超声或酶处理将染质切为小片
段后，利用抗原抗体的特异性识别反应，将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来。染质免疫沉淀技术一般包括细胞固定，染质断裂，染质免疫沉淀，交联反应的逆转，DNA的纯化，以及DNA的鉴定。因为ChIP实验涉及的步骤多，结果的重复性较低，所以对ChIP实验过程的每一步都应设计相应的对照，而且对结果的分析也需要有一定的经验。
4．    做ChIP试验，必须做甲醛固定么？
答：不一定，视样品及试验方案而定。做甲醛固定的为X-ChIP，而不需要固定的为N-ChIP。甲醛能有效的使蛋白质-蛋白质，蛋白质-DNA，蛋白质-RNA交联，形成生物复合体，防止细胞内组分的重新分布。甲醛的交联反应是完全可逆的，便于在后续步骤中对DNA和蛋白质进行分析。甲醛的交联反应可被加入的甘氨酸终止。
5．    为什么必须将DNA切碎至少于1000bp大小（大约3个核小体 ~400-500bp）?
答：为确保ChIP实验有良好精度。若您的平均片段长度大于1000bp，您将会分离获得包含您目标序列的DNA，但所要研究的蛋白会离您目标序列有700个核苷酸的距离。
6．    为什么使用鲑鱼精子DNA来封闭琼脂糖珠子？为什么我的样品中鲑鱼精子DNA不会
发生PCR反应？
答：鲑鱼精子用于降低降低染质DNA与琼脂糖珠子的非特异性结合。实验者不太可能对鲑鱼组织做ChIP实验，所以此DNA不会因交叉杂交而被PCR引物扩增。
7．    引物最佳设计是什么样的？
答：引物长度应为24个核苷酸，应含有50%GC碱基对，Tm值为60°C。不要扩增大于600-800个核苷酸的序列。不必考虑基因组内不独一序列。
8．    您推荐下如何从琼脂糖（或琼脂糖凝胶）中洗脱抗体-蛋白-DNA复合物，用来做re-ChIP试验？
答：在ChIP分析试剂盒内可到洗脱缓冲液，用它洗脱复合物。对于re-ChIP，有必要添加蛋白酶抑制剂到免疫沉淀洗液和洗脱缓冲液，及第二轮实验用的稀释缓冲液。请确定所有溶液处于低温，蛋白质不会因此而在收集第一次免疫沉淀的复合物或第二次免疫沉淀时降解。
9. 蛋白A琼脂糖能被用于小鼠IgM?
答: 蛋白质A不能与小鼠IgM结合。可以考虑用一个桥接抗体连接。
10. 在做ChIP之前，有办法纯化细胞核么？
答: 在细胞与甲醛交联后，细胞核可通过“溶胀缓冲液”培育及剪刀细胞均质器（dounce homogenization）制备（至少10倍体积）。
溶胀缓冲液：
25M Hepes, pH 7.8
1.5mM MgCl2
10mM KCl
0.1% NP-40
1mM DTT
0.5mM PMSF
蛋白酶抑制剂混合剂
然后按照protocol在SDS裂解液中裂解
11: ChIP超声波的最佳条件？
答: 1. 确定裂解物在冰上放置了至少10分钟。不要震荡或者摇晃裂解物，避免有气饱（气泡产生）。超声波仪会替你做这些。
2．脉冲应在~10秒（与体积一致）。
3. 样品量小于400 uL间隔应大于1分钟，在EP管中的更大体积间隔大于3分钟。
4. 避免泡沫。请确定超声探头靠近液体底部（不能让探头碰到管壁）。
5．若发现泡沫，立即停止超声，置于冰上。旋转EP管以去除泡沫，继续超声。
6. 在按“开始”键之前将探头置于液体中。
variable used in lambda12: 客户能只用哺乳动物细胞的细胞核而不是整个细胞么？
答: 是，实际上比起全细胞，细胞核更好。我们用全细胞裂解物，因为它更简便，通常也能得到好结果。此页有一些相关信息：
www.epigenome-noe/researchtools/protocol.php?protid=10
13. 我是否可以改变逆转交联的时间和温度?
答：并不推荐少于4个小时的逆转交联. 但是, 可以将样本在65度过夜逆转交联.需要注意的是,样品不能干掉。
14. 做组蛋白ChIP时, 什么时候不需要交联?
答：native ChIP中, Histone H3 and Histone H4 都不需要交联反应, 因为它们本身来说和DNA结合的非常紧密. 组蛋白H2A和H2B并不是紧密联接,但是在native ChIP中依然可以不需要交联反应.
请ChIP初学者尤其注意此条！
15. 什么是input DNA? Output DNA?
答：从染质上获得的未做过IP的已经被逆转交联的DNA. 它是检查PCR是否有效的对照。Output DNA是来自每次IP实验的DNA.其实就是genomic DNA. 在ChIP实验中, sonication 或酶解后, 样本取部分不做IP, 直接逆转交联. 它的最主要的作用就是检查PCR系统是否work. 通常情况下, 在该条道中,都可以看到条带的.如果没有,说明PCR系统不work.
16. 通过改善交联是否能提高ChIP的enrichment?
答：Not likely. 
Formaldehyde is a very reactive dipolar compound in which the carbon atom acts as a nucleophilic center for amino and imino groups of amino acids (Lys, Arg, and His) and of DNA (primarily A and C), leading to the formation of a Schiff base. This intermediate can further react with a second amino group, resulting in the final DNA–protein complex 1-3. Your protein, or the protein-DNA complex, also crosslink with other proteins and lipids, via the same mechanism,. Increasing formaldehyde concentration and/or the incubation time may adversely affect immunoprecipitation. It is recommended that you optimize other parts of the protocol for improvement.

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