16S rDNA测序
细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数可分为3种，分别为5S、16S以及23S rRNA。16S rRNA 为核糖体RNA的一个亚基，16S rDNA即编码该亚基的基因。16S rDNA序列包含10个保守区域和9个可变区域，保守区在细菌间差异不大，高变区具有属或种的特异性。对V4可变区进行测序，可对环境（如土壤、水源、皮肤、肠道等）的微生物多样性进行分析。获得的物种分类、物种丰度、种结构、系统进化、落比较等信息对环境中微生物组成及进化、微生态研究有重要指导作用。
康测科技研发的KC-Digital-16S rDNA测序产品，在扩增前对体系中存在的每一个DNA分子添加唯一的UID标签，在扩增、测序后对数字标签进行计数，可以完全去除PCR扩增的偏好性，实现数字化精确定量。同时还可准确过滤扩增、测序过程产生的错误，大大提高OTU分类的分辨率，实现对细菌株系进行鉴定。有助于对细菌突变频率、菌组成的变化机制等进行深入研究。
技术参数
样品准备测序策略推荐数据周期
3ug DNA 300bp DNA文库
HiSeq PE150测序
Digital-16S rDNA测序：6Gb clean data 40个工作日
建库方法技术流程
技术特点
modulate（1）结合自主研发UID技术，实现准确纠错和精确定量，精确还原物种丰度和菌结构
（2）提高OTU分类阈值，达到不仅是种属、甚至株系的高分辨率
（3）帮助对细菌突变频率、菌组成的变化机制等进行更深入的研究
部分结果展示
样品间相关性heatmap Krona的分类学组成信息交互展示
基于分类等级树的组间差异分类单元展示
案例解析
肠道寄生虫感染缓解过敏性哮喘
作者发现肠道寄生虫（多形螺旋线虫，Hpb）感染能缓解宿主小鼠的过敏性哮喘，推测该免疫反应的变化是由于多形螺旋线虫（Hpb）感染引起肠道内菌变化导致。作者因此取感染Hpb和未感染的小鼠的粪便样本，对16S rDNA的V4高变区进行测序。
结果显示未感染的新生小鼠肠道菌中，典型菌类有拟杆菌（Bacteroidales）和乳酸杆菌（Lactobacillales），而感染Hpb小鼠肠道中出现了梭菌（Clostridiales）（图A）。梭菌可产生短链脂肪酸（short chain fatty acid，SCFA)，作者在感染Hpb的小鼠盲肠样本中检测到SCFA含量升高。
在16S rDNA 测序分析中，首先对相似性序列进行聚类，分成数量较少的分类单元，再基于分类单元进行物种注释。通过对不同样本OTU（操作分类单元，Operational Taxonomic Unit）进行PCoA分析（主坐标轴分析，Principal Coordinates Analysis），可获得样本间的差异和距离信息。测序结果显示：
Hpb感染对盲肠菌结构组成产生影响，但对肠道内菌数量和菌类多样性影响甚微，PCoA分析可以区分感染和未感染小鼠（图B、C）。
参考文献
Zaiss M M, Rapin A, Lebon L, et al. The Intestinal Microbiota Contributes to the Ability of Helminths to Modulate Allergic Inflammation[J]. Immunity, 2015, 43(5):998.

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