单个基因的⽣物信息学分析（1）-基因结构与功能分析
在⽣物学分析中，我们经常会针对某个基因进⾏⽣物学功能分析，⽐较常见的包括基因结构预测，功能注释，蛋⽩质结构域预测（跨膜域，信号肽），同源基因分析，多序列⽐对，亚细胞定位预测，启动⼦序列分析，调控靶基因的miR N A预测等。在“单个基因的⽣物信息学分析”主题中，我们主要使⽤的是在线⽹站，⼏乎不涉及编程等操作，这样会使跟多的同学可以⽅便学习。
⼀、针对⼀个特定的基因序列，⾸先我们要分析其基因结构。这⾥我们推荐的是so ftberry
ftber ry ⽹站的⼦功能，即FGEN ESH。
该分析⼯具的⽹址如下FGENESH - HMM-based gene structure prediction
进⼊该⽹址之后，输⼊该基因的fasta序列，关于⽬标基因的fasta序列，fig.1即为所⽰，我们以⼩麦中的基因为例分析。
图1
根据fig.2所⽰，将fasta序列输⼊进去，选择⼩麦（triticum aestivum），然后search。
图2
图3展⽰了分析结果，可以看到我们这个序列⽐对到了正义链，因为我们⽤的例⼦是该基因的转录本，所以只包括黄⾊的部分，即CDSo序列，这也和我们使⽤的转录本相吻合。下⾯的是该基因对应的mRNA序列，同样也是1152bp，最下⾯的是将该mRNA翻译为蛋⽩质的序列。
图3
⼆、如果我们是想分析⼀段区间内的基因结构，例如⼏k b，⼏⼗k b，⽽不是针对特定的基因分析，同样也可以使⽤该⽹址。这⾥我们使⽤的是FGEN ESH的⽰例⽂件。
图4
同样选择好序列和物种，搜索，等待结果。
图5是分析结果，⼀共鉴定了10个基因，21个外显⼦，由于篇幅所限，我们只展⽰了前⼏个，但是统计的话，正好能对上数⽬。
图5
图6是紧接上图的具体的序列分析，总共包含10个基因。
图6
三、基于以上分析，我们可以初步得到⼀段区间内的基因结构分析，也可以进⾏单个基因的结构分析。完成基因结构分析之后，可以利⽤nc bi的bla st，或者ensemble pla nt进⾏功能注释，如果是使⽤氨基酸序列，选择bla stp，如果是基因序列，选择bla stn。图7显⽰的是ensemble pla nt的bla st，查看其在拟南芥中的同源基因。在这⾥，我⽐较推荐使⽤ensem ble pla nt进⾏bla st，因为该⽹址更简洁，明了。
ensemble pla
图7
图8可以看到该基因在拟南芥中的同源基因，具体的⽣物学注释，就要看⾃⼰对这个基因的了解程度了。
可以学习编程的网站图8
以上，就是我们这次对某段未知的基因区间以及某个特定的基因，进⾏结构分析和功能注释。欢迎各位⼩伙伴点赞，收藏和留⾔讨论。

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