在线和本地两种⽅法构建RAxML进化树⽅法和解读1：在线构建RAxML树
1. CIPRES⽹站
2. 上传数据，选择RAXML tools
2： 本地RAxML法
安装Linux版本RAxML
$ raxmlHPC -f a -x 12345 -p 12345 -# 100 -m PROTGAMMALGX -s example.phy -n ex -T 20
并⾏化软件⽀持，能最快速计算。并⾏化20个任务，每个任务使⽤8线程，能使⽤全部160线程计算资源：
$ /opt/sysoft/mpich2-1.5/bin/mpirun -np 20 raxmlHPC -f a -x 12345 -p 12345 -# 100 -m PROTGAMMALGX -s ex.phy -n ex -T 8
RAxML 的参数⾮常多，设置⾮常复杂，上述常⽤例⼦的参数为：
-f a
此参数⽤于选择 RAxML 运算的算法。可以设定的值⾮常之多。 a 表⽰执⾏快速 Bootstrap 分析并搜索最佳得分的 ML 树。
-x 12345
bootstrapped
指定⼀个 int 数作为随机种⼦，以启⽤快速 Bootstrap 算法。
-p 12345
指定⼀个随机数作为 parsimony inferences 的种⼦。
-# 100
指定 bootstrap 的次数。
-m PROTGAMMALGX
指定核苷酸或氨基酸替代模型。PROTGAMMALGX 的解释： "PROT" 表⽰氨基酸替代模型； GAMMA 表⽰使⽤ GAMMA 模型； X 表⽰使⽤最⼤似然法估计碱基频率。
-s ex.phy
指定输⼊⽂件。phy 格式的多序列⽐对结果。软件包中包含⼀个程序来将 fasta 格式转换为 phy 格式。
-n ex
输出⽂件的后缀为 .ex 。
-T 20
指定多线程运⾏的 CPUs 。
3. RAxML结果⽂件说明：
： 完整的全部bootstrapped trees
：最佳得分 ML 树
  ：有 bootstrap 分值⽀持的最佳得分树，分值在 node 上。
：  有 bootstrap 分值⽀持的最佳得分树, 分值在 branch 上。FigTree不能识别此⽂件。
说明：
-f a: tell RAxML to conduct a rapid Bootstrap analysis and search for the best-scoring ML tree in one single program run. Example: raxmlHPC -f a -s alg -x 12345 -# 100 -m GTRCAT -n TEST.
f b: when this is specified RAxML will draw the bipartitions usin
g a bunc
h of topologies (typically bootstrapped trees) specified with -z (see below) onto a single tree topology specified by -t (typically the best-scoring ML tree).
Example: raxmlHPC -f b -t ref -z trees -m GTRCAT -s alg -n TEST.
If you use -f a the tree file name RAxML_bipartions.[run_name] will be the best tree with bootstraps. For the f -b approach you first need to estimate a an optimal tree.
4. 查看Tree
Figtree:  使⽤Figtree查看 ⽂件，可显⽰最佳得分树的bootstrap信息。
MEGA:  使⽤MEGA软件可压缩显⽰设定bootstrap阈值的condensed tree。

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