samtools sort用法
Samtools sort是一款常用的软件工具，广泛应用于基因组学、转录组学、蛋白质组学等生物信息学领域。该工具可用于对SAM文件进行排序，以便于后续的分析和处理。本文将详细介绍Samtools sort的使用方法，包括安装、输入输出格式、参数设置、使用示例等方面。
一、安装Samtools sort
安装Samtools sort前，首先需要安装Samtools。Samtools是一个处理SAM/BAM格式文件的一套基本的命令行工具，包括文件格式转换、排序、索引、过滤等常用功能。因此，Samtools sort也是基于Samtools的功能扩展而来，所以安装Samtools是必须的前置步骤。
1.1 安装Samtools
Samtools的安装方式有多种，包括源代码安装、二进制安装、使用包管理器安装等。这里我们以源代码安装为例，介绍具体的安装步骤。
sort命令排序（1）下载Samtools源代码
在Samtools的 or download”按钮，下载最新的源代码压缩包。也可以直接使用Git命令克隆Samtools代码库。
（2）解压源代码
使用tar命令解压下载的源代码压缩包：
tar -xzvf samtools-X.
其中，XX表示Samtools的版本号。
（3）进入源代码目录，编译和安装Samtools
进入解压后的Samtools源代码目录，并执行以下命令完成编译和安装操作：
./configure
make
make install
如果编译过程中提示缺少依赖库，则需要手动安装。大部分常见的Linux系统都可以使用包管理器apt-get或yum安装依赖库，例如：
sudo apt-get install libncurses5-dev libhts-dev
安装完成后，使用命令samtools可以测试是否安装成功。
1.2 安装Samtools sort
安装Samtools sort需要下载源代码，然后进入源代码目录，执行以下命令：
make
这将会在当前目录下生成一个名为“samtools”的二进制文件，就是Samtools sort工具。可以使用以下命令测试是否安装成功：
./samtools
如果提示使用方法，则表示安装成功。
二、输入输出格式
Samtools sort支持的输入格式为SAM或BAM格式文件，其中，SAM文件可以是纯文本文件或压缩文件，BAM文件则是二进制格式文件。输出格式与输入格式相同，可以指定为SAM或BAM格式，并支持压缩输出。以下是Samtools sort支持的输入输出格式：
输入格式：
- SAM文本格式文件
- SAM压缩格式文件（.）
- BAM格式文件
输出格式：
- SAM文本格式文件
- SAM压缩格式文件（.）
-
BAM格式文件
- BAM压缩格式文件（.）
三、参数设置
Samtools sort支持多种参数设置，用于指定输入输出文件、排序方式、线程数、内存使用等。
3.1 基本参数
-i 输入文件：指定输入的SAM或BAM格式文件。例如，-i input.bam。
-o 输出文件：指定输出的SAM或BAM格式文件。例如，-o output.bam。
3.2 排序方式参数
-n 按名称排序：以序列名称（chromosome name）为基础排序。
-t tagname 根据标签排序：按给定的标签排序。例如，-t RG,SM将会按照Read Group和S
ample名称排序。
-@ threads 指定线程数：设置排序时使用的线程数。例如，-@ 8将会使用8个线程。
-m memory 指定最大内存：限制排序时使用的最大内存，单位为字节。例如，-m 4G将会使用最多4GB的内存。
3.3 高级参数
-r 倒序排序：按降序排序。
-q 最小质量：仅保留至少具有指定最小平均映射质量的reads。例如，-q 20将会忽略映射质量小于20的reads。

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