●●●Linux生信入门-简版
优先考虑Ubuntu  CentOS 个人电脑virtualbox虚拟机  Elementary OS 系统
Putty/Xshell  windows登录服务器 ssh 用户名@IP –p端口 mac登录服务器
passwd 修改密码 crtl+l 清屏 exit 退出
PWD 当前路径  /系统根目录  ~自己的根目录 . 当前目录 .. 上一级目录
cd  /home  绝对路径  cd  ..  相对路径 
ls  查看 -l  长格式 -a隐藏文件 -h 显示大小 -t时间排序 ls–lh常用  ls –l 文件名
ls  --help 或 man  ls查看帮助文档
Putty 选中自动复制右键粘贴  Xshell crtl+insert 复制  shift+insert 粘贴
tab自动补全 两下tab键可以看都有哪些符合自动补全的
cat 看全  less看少/上下翻阅/q退出  head前10行head –n 2前两行 tail –n 2后两行
–S（大写）文件不换行  ctrl c强制退出文件
vim 文件名 编辑文件  i修改模式  esc返回命令  :末行w 保存q 退出 wq保存并退出
命令模式下yy复制p粘贴2yy复制两行dd删除  2dd删除两行  u撤销 
v选择模式按上下左右键  y复制或c剪切(会变模式)  esc后按p粘贴
.gz基因组数据 .gff基因注释数据 Genomeubuntu使用入门教程 基因组数据  annotation 注释数据
Mkdir 文件夹名 创建文件夹
cp文件名目的文件夹名/  复制，拷贝，备份  rm文件名删除  mv 文件名  ./当前目录
mv所有文件名或者文件名字相似* 通配符或者通配扩展名*.gz  文件夹需要加-r
ln –s 原文件路径 在当前目录下建立了一个链接文件第一位是个l符号
.gz压缩文件  解gunzip名  压gzip名  压+打包 压tar –zcvf名 *  解tar –zxvf名
.bz2压缩文件  解bunzip2名  压bzip2 名  压+打包 压tar –jcvf名字*  解tar –jxvf名字
.zip压缩 文件解压缩unzip文件名
.tar打包  tar –cvf打包后命名*    解包 tar –xvf名字
上传和下载数据
Filezilla测序公司到电脑，电脑到服务器 登录自己服务器 SFTP协议基于SSH
从别人服务器复制地址 ftp粘贴到主机回车下载  公开数据不需要用户名和密码
服务器联网的话，ftp命令从测序公司得数据，合作伙伴服务器scp跨服务器拷贝
查看远程的服务器 sftp用户名@服务器地址 -p 22  输入密码
Pwd  ls查看远程服务器  lpwd  lls  lcd本地服务器
lcd打开需下载到本地位置  get文件名 下载到本地服务器  put文件名 上传到远程服务器
exit退出连接  再ls  看是否下载成功
wget命令从网上下载数据  链接地址支持ftp和http协议 -c 支持断点续传
批量下载 把地址放入文档vi blast.list  然后wget–i文件名  批量下载文件
scp跨服务器拷贝 scp用户名@服务器地址:/路径/文件名 ./  拷贝到当前目录下
用户管理需要管理员权限
root 超级管理员  切换账户：su账户名su root  添加用户分组：groupadd组名
添加用户：useradd用户名    passwd用户名为用户设置密码  删除用户：userdel用户名
useradd  –g指定用户所属的主要分组  -G 指定用户所属的次要分组 -m 创建用户目录          -s  指定用户使用的shell  useradd–g plant –m –s /bin/bash lilei  id 查看用户信息  usermod修改用户分组  usermod –g plant –m –s /bin/bash lilei
权限管理  U属主  g同组  o其他人  r可读  w 可写  x 可执行
chmodo+w文件名  +增加权限  -去除权限  =赋予权限

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