【科研猫·绘图】终极篇：3分钟搞定GOKEGG功能富集分析-⽓泡
图
终极篇：3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析-⽓泡图
原创 ⼩猎豹 科研猫
在⼲货预警：3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析（2），给⼤家详细讲解了DAVID⽹站的使⽤，通过分步操作，带领⼤家学习了使⽤DAVID⼯具来进⾏GO和KEGG分析。今天，我们重点讲解如何将DAVID中的功能富集的结果转换成正式的Figure，有请⼩猎豹。
多图&多视频预警，轻点可看详细内容
在⼲货预警：3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析（2）⽂章的结尾，我们得到了⼀个基因列表的功能富集结果（如下图所⽰）。但如果想把结果
如何将DAVID中的功能富集的结果转换成正式的Figure。最展⽰在⽂章中（箭头所指），还需要⼀些绘图的操作。今天，我们就重点来讲解如何将DAVID中的功能富集的结果转换成正式的Figure
阅读⽂献时，⼤家遇到最多的就是柱状图（⼀般是⽔平柱状图），柱⼦的⾼低与p-value相关，柱⼦越⾼则越显著。我也问过很多⼈，喜欢哪种图⽚来展⽰功能富集的结果，曾经有⼈跟我说，特别喜欢那种⼤⼤⼩⼩的彩点图……
我想了⼀下，觉得这位耿直的同学说的应该是⾼级⽓泡图，想必有不少⼈见过⽓泡图，却不知道应该怎么做，连现成的⼯具也不到。那么，今天的绘图操作，我们就来给⼤家详细讲讲如何通过⽓泡图来展现GO/KEGG功能富集的结果。（由于公众平台对视频数⽬的限制，⽆奈把柱状图
科研猫”查看）。
和⽓泡图分为两篇讲解，需要柱状图教程的同学请关注“科研猫
⽓泡图
⽓泡图的制作相当复杂，如果⼿上有现成的⽂献使⽤了⽓泡图来表征功能富集分析的结果，也可以拿出来看⼀下。⾸先我们看x轴是Gene
Ratio，对应的就是DAVID结果表格中的“%”⼀列；y轴是富集出来的通路或者GO Term；点的⼤⼩表⽰Gene数；点的颜⾊最为重要，代表P 值的⾼低。
所以，图确实很好看，但是做起来实属不易，⽬前还没有遇到有现成的绘图软件可以帮我们做这样的图⽚。那怎么办呢？嘿嘿，让⼩猎豹来教教⼤家吧。前⾯的推⽂中，我们也讲解过R语⾔，R语⾔可以说是⽬前最为流⾏、最为强⼤的统计绘图⼯具，相信我们⼤家都听说过。即使你对R语⾔了解不深，不要紧，我们帮⼤家把代码都写好了，直接运⾏即可。如果你还没有安装R语⾔，请参考我们前⾯的推⽂（⽣物信息系列课程-R语⾔⼊门）。在运⾏这个R代码之前呢，需要安装两个R包ggplot2和Hmisc，然后直接运⾏bubblePlot.R即可。具体运⾏过程可见下⾯短视频，可谓⼀⽓呵成，⽆需数据转换等繁琐步骤，⽽且最终⽣成的图极其细致，把⾸字母⼤写，字段截取，数字下标等细节都做好了。
相信有不少同学对R语⾔还是不太熟悉，在运⾏代码的过程当中可能还会遇到不同的问题，可以在⽂末的留⾔板中留⾔哦，⼩猎豹会及时帮⼤家解
决的。再次强调，操作所需的代码（话说这个代码曾经买到⼏百块哦）和测试数据可免费获取，识别⽂末⼆维码，联系折⽿猫⼩即可。
到现在为⽌，关于GO/KEGG功能富集分析就讲完了。我啰哩啰嗦地分了三篇⽂章来给⼤家讲解，主要⽬的是为了让⼤家彻底搞懂功能富集分析的含义，并掌握具体的操作步骤。当⼤家真正熟悉了以后，实际操作⼤概在⼏分钟时间就可以完成。为了让⼤家把前⾯的操作都串联起来，⽅便学习⼀整套操作录制成视频，希望⼤家能够真正掌握这⼀实⽤分析。
画画教程视频记忆，在这⾥我把功能富集分析的⼀整套操作录制成视频
科研猫，查看教学视频
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