VASP脚本程序怎么运行
2010-06-28 15:20
刚学VASP，对其还不是很熟悉；现在正在试着运行脚本文件（按侯老师的例子），准备好INCAR、KPOINTS、POTCAR文件后，应该准备POSCAR文件，那脚本程序run_a0怎样运行？脚本run_a0为：
#！/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 3.80 3.85 3.90 3.95 4.00 4.05 4.10 4.15 4.20 4.25 4.30
do
cat >POSCAR < Al-fcc
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
Direct
0.0 0.0 0.0
!
echo "a =$i angstrom";time vasp
E=‘grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1|awk ‘{printf "%12.6f \n",$5}'‘
V=‘grep "volume" OUTCAR |tail -1|awk ‘{printf "%12.4f \n",$5}'‘
echo $V  $E >>EtVo.dat
done
可以自己写一个POSCAR，把$i换成一个具体的数。
Al-fcc
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
Direct
0.0 0.0 0.0
简单写个注释吧
＝＝＝＝
#！/bin/sh ＃每种shell脚本开头需要指定起类型，比如unix下原始的就是sh,linux都标配bash了， Solaris也是用bash了。功能上现在似乎zsh比较好，目前我是把zsh做默认shell.
rm WAVECAR 
删除WAVECAR，其实这里有点不好，因为很多系统默认把rm 替换为rm -i
也就是说你要删除这个文件时会跳出一个提示问是否要删除。建议改为 rm  WAVECAR -rf
for i in 3.80 3.85 3.90 3.95 4.00 4.05 4.10 4.15 4.20 4.25 4.30
do
这个sh/bash下典型的for循环，就是让i逐次取后面的值
cat >POSCAR < Al-fcc
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
Directlinuxshell脚本怎么运行
0.0 0.0 0.0
!
这个就是利用管道创建文件POSCAR，两个“！”分别标识开头和结尾。
echo "a =$i angstrom";time vasp
屏幕输出 a的值，并运行vasp, time命令加在前面就是计算其运行时间。
E=‘grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1|awk ‘{printf "%12.6f \n",$5}'‘
搜索包含"TOTEN"的所有行，利用tail -1取最后一行，然后格式化输出第5个字符段。
V=‘grep "volume" OUTCAR |tail -1|awk ‘{printf "%12.4f \n",$5}'‘
这个同上
echo $V  $E >>EtVo.dat
把V，E的值添加到EtVo.dat
done
表示结束for循环。
其实这些工具脚本都很简单的，关键还是要明白输出文件，然后就可以自己写一些适合自己用的。
可能问题：
1、./opt.sh: line 14: echoa=3.70 angstrom: command not found
是echo "a=$a angstrom",你少了空格。
2、/opt.sh: command substitution: line 16: unexpected EOF while looking for matching `"'
./opt.sh: command substitution: line 17: syntax error: unexpected end of file
用cat创建文件时，重定向符“<<”后 前后截断字符要相同。

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