linux中blast用法
Linux中的BLAST用法：一步一步回答
引言：
生物信息学是一门研究生物体（如DNA、RNA和蛋白质）序列的相关信息的学科。在生物信息学中，BLAST（基本局部序列比对搜索工具）是最常用的工具之一。BLAST通过比对查询序列与数据库中的序列，可以帮助我们快速到相似的序列。本文将一步一步地介绍Linux中如何使用BLAST。
第一步：安装BLAST
在Linux系统中，BLAST有如下几个版本可供选择：BLAST+和NCBI BLAST。BLAST+是由NCBI提供的较新版本，拥有更多的功能和改进的性能。NCBI BLAST是由NCBI提供的经典版本。在本文中，我们将介绍如何安装BLAST+。
1. 打开终端并使用sudo su命令切换到超级用户模式。
 
  sudo su
 
2. 更新软件包列表。
 
  apt-get update
 
3. 安装BLAST+。
 
  apt-get install ncbi-blast+
 
安装完成后，您可以通过输入以下命令验证是否成功安装：
blastn -version
linux安装数据库如果成功安装，您应该能够看到BLAST+的版本信息。
第二步：创建数据库
在使用BLAST进行序列比对之前，我们需要将数据库创建出来。
1. 打开终端并切换到一个合适的目录来存储数据库文件。
 
  cd /path/to/database
 
2. 下载适合你的数据类型的数据库。NCBI提供了多种类型的数据库，如nt（核苷酸序列数据库）、nr（蛋白质序列数据库）等。
 
  wget bi.v/blast/db/nt*.
 
3. 解压缩已下载的数据库文件。
 
  tar -zxvf nt*.
 
解压缩完成后，你应该能够看到一系列的数据库文件。
第三步：执行BLAST比对
一旦我们已经安装好了BLAST并创建好了数据库，我们就可以进行序列比对了。
1. 在终端中进入BLAST的安装目录。
 
  cd /usr/bin
 
2. 使用blastn命令执行比对。例如，我们将比对一个名为query.fasta的查询序列文件与nt数据库。
 
  blastn -query /path/to/query.fasta -db /path/to/database/nt -
 
这将会执行BLAST比对并将结果保存到文件中。
第四步：解读结果
一旦比对完成，我们需要解读BLAST结果来理解查询序列与数据库中序列的相似性。
1. 打开文件。
 
 
 
2. 结果文件的开头列有一些关于比对的统计信息，如比对的序列数量、序列长度等。
 
  Query= query.fasta
  Length= 1000
 
  之后是具体比对结果的列表。每个比对结果都包含一些列，如查询序列ID、比对序列ID、比对分数等。
 
  >query1
  >subject1
  Score = 300
  Identities = 95/100 (95)
 
  这个例子中，我们可以看到查询序列query1与比对序列subject1的比对分数为300，相似性为95。
结论：
通过以上步骤，我们学习了如何在Linux中安装和使用BLAST来进行生物序列的比对。通过使用BLAST，我们可以更快地到与查询序列相似的序列，并进一步研究它们的功能和相似
性。BLAST是生物信息学中不可或缺的工具之一，只要我们熟练掌握BLAST的使用方法，在生物信息学的研究中将大大提高效率。

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