1.问：在使用checkCIF service进行投稿前检查时，出现了如下的几个alert，想请教该怎么改进。尤其是
两个C类问题！
Alert level C
PLAT125_ALERT_4_C No _symmetry_space_group_name_Hall Given ....... ?
PLAT790_ALERT_4_C Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd. # 1
C16 H24 O3
--------------------------------------------------------------------------------Alert
level G
PLAT199_ALERT_1_G Check the Reported _cell_measurement_temperature 273 K
PLAT200_ALERT_1_G Check the Reported _diffrn_ambient_temperature 273 K
PLAT380_ALERT_4_G Check Incorrectly? Oriented X(sp2)-Methyl Moiety C18
-------------------------------------------------------------------------------- 0 ALERT
level A = In general: serious problem
0 ALERT level B = Potentially serious problem
2 ALERT level C = Check and explain
3 ALERT level G = General alerts; check
2 ALERT type 1 CIF construction/syntax error, inconsistent or missing data
0 ALERT type 2 Indicator that the structure model may be wrong or deficient
0 ALERT type 3 Indicator that the structure quality may be low
3 ALERT type 4 Improvement, methodology, query or suggestion
0 ALERT type 5 Informative message, check
PLAT125_ALERT_4_C No _symmetry_space_group_name_Hall Given ....... ?
答：在CIF文件中加_symmetry_space_group_name_Hall
具体如下:
1）是加在 _symmetry_space_group_name_H-M 之后
例如:
_symmetry_space_group_name_H-M 'P 21/c'
_symmetry_space_group_name_Hall '-P 2ybc'
2）该符号在checkcif后的网页的左上方.
PLAT790_ALERT_4_C Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd. # 1
C16 H24 O3
分子重心不在单胞内, 要平移或对称操作后, 使得大部分原子的分数坐标都在单胞内,即大部分原子的坐标都
是正分数,而不是1.xxx或 -0.xxxx
具体可在.ins中加 move 指令或在xp中用 sgen.
操作完毕后要重新修正到收敛,产生新的.cif.
alert G可不理.
第一个加上空间一列
第二个ms分子没在单胞内移动
2.cif A错误
PLAT307_ALERT_2_A Isolated Metal Atom (Unusual !) ................ Pb1_d
PLAT307_ALERT_2_A Isolated Metal Atom (Unusual !) ................ Pb1_i 有没有见过这
样的A错误
A 错误解释
This test reports on metal atoms that are not bonded or at coordination
distance of other atoms. Isolated ions are very unusual (or non-existent ?)
解决方案： 把重金属删除后，重新再。本人感觉at coordination
distance of other atoms.也就是说在其他位置可能有重金属原子。
3.A错误求助
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D H3C .. H4C .. 1.58 Ang.
答：H3C或H4C要删除一个重加, 直到两个距离不过近为止.
同上，实在不行，理论加H，到时候限定一下位置
4.cif问题求助
在cif中，有以下几栏内容，我想问下从哪里可以见这些内容呢？
_cell_measurement_reflns_used ?
_cell_measurement_theta_min ?
_cell_measurement_theta_max ?
答：在数据还原后产生的一些文件中可以到.
比如crystalclear.cif, ._ls
5. 求助2个C类错误
在投稿时，编辑发现了以下两个C类错误
PLAT910_ALERT_3_C Missing # of FCF Reflections Below Th(Min) ..... 2alert怎么读
PLAT911_ALERT_3_C Missing # FCF Refl Between THmin & STh/L= 0.597 84
请教高手们应该如何解决。
在投稿时，编辑发现了以下两个C类错误
PLAT910_ALERT_3_C Missing # of FCF Reflections Below Th(Min) ..... 2alert怎么读
PLAT911_ALERT_3_C Missing # FCF Refl Between THmin & STh/L= 0.597 84
请教高手们应该如何解决。
答：应该是你的fcf里面的轮数不够，丢失了两个数据，你再重修下，重新把里面的文件替换试试
6. 求助解决B类错误
我的CIF提交后，出现了这样的B类错误。
D-H Without Acceptor O9 - H9A ...
D-H Without Acceptor O10 - *H10A ... ?
请教这样的问题如何解决？请大家帮助！
答：1. 看看H9a H10a有没有形成特殊的氢键, 如 O...H..pi
2. 如果都没有, H9a H10a要重新加, 直到形成合理的氢键为止.
7. 想问你如何解决这个问题：
430_ALERT_2_B Short A Contact O1 .. O13 .. 2.81 Ang.
430_ALERT_2_B Short A Contact O5 .. O12 .. 2.81 Ang.
430_ALERT_2_B Short A Contact O6 .. O12 .. 2.77 Ang.
答：O上的氢没加完吧. 加氢不正确，加氢时应尽量将氢加在利于形成氢键的方向。
8. 一个单晶B类错误，请高手指点！
Alert level B
PLAT432_ALERT_2_B Short Y Contact C4 .. C4 .. 3.09 Ang.
答：这么近的距离是有相互作用的. C4是否有氢, 有的话就有氢键.
C4上应该有氢吧 有的话就加上吧 如没有就得重新修了。
9. 该死的A类错误!
PLAT220_ALERT_2_A Large Non-Solvent O Ueq(max)/Ueq(min) ... 5.83 Ratio
PLAT430_ALERT_2_A Short A Contact O1W .. O3W .. 1.78 Ang.
PLAT430_ALERT_2_A Short A Contact O2W .. O4W .. 2.31 Ang.
PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of . 504.00 A**3
答：你在ins 里加入 SIMU 0.02 0.02 3,8 $O；你的水没有加氢吧
最后一个问题是说 还有剩余的原子（溶剂分子）没有命名。
PLAT220_ALERT_2_A Large Non-Solvent O Ueq(max)/Ueq(min) ... 5.83 Ratio
只怕有些O是无序的,要做统计分布处理.
PLAT430_ALERT_2_A Short A Contact O1W .. O3W .. 1.78 Ang.
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