1.问：在使用checkCIF service进行投稿前检查时，出现了如下的几个alert，想请教该怎么改进。尤其是
两个C类问题！
Alert level C
PLAT125_ALERT_4_C No _symmetry_space_group_name_Hall Given .......          ?
PLAT790_ALERT_4_C Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd.  #          1     
              C16 H24 O3                                                     
--------------------------------------------------------------------------------Alert
level G
PLAT199_ALERT_1_G Check the Reported _cell_measurement_temperature        273 K   
PLAT200_ALERT_1_G Check the Reported  _diffrn_ambient_temperature        273 K   
PLAT380_ALERT_4_G Check Incorrectly? Oriented X(sp2)-Methyl Moiety        C18   
--------------------------------------------------------------------------------  0 ALERT
level A = In general: serious problem
  0 ALERT level B = Potentially serious problem
  2 ALERT level C = Check and explain
  3 ALERT level G = General alerts; check
  2 ALERT type 1 CIF construction/syntax error, inconsistent or missing data
  0 ALERT type 2 Indicator that the structure model may be wrong or deficient
  0 ALERT type 3 Indicator that the structure quality may be low
  3 ALERT type 4 Improvement, methodology, query or suggestion
  0 ALERT type 5 Informative message, check
PLAT125_ALERT_4_C No _symmetry_space_group_name_Hall Given .......          ?
答：在CIF文件中加_symmetry_space_group_name_Hall   
具体如下:
1）是加在 _symmetry_space_group_name_H-M  之后
例如:
_symmetry_space_group_name_H-M    'P 21/c'
_symmetry_space_group_name_Hall    '-P 2ybc'
2）该符号在checkcif后的网页的左上方.
PLAT790_ALERT_4_C Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd.  #          1     
              C16 H24 O3                                                     
分子重心不在单胞内, 要平移或对称操作后, 使得大部分原子的分数坐标都在单胞内,即大部分原子的坐标都
是正分数,而不是1.xxx或 -0.xxxx
  具体可在.ins中加 move 指令或在xp中用 sgen.
  操作完毕后要重新修正到收敛,产生新的.cif.
alert G可不理.
第一个加上空间一列
第二个ms分子没在单胞内移动
2.cif A错误
PLAT307_ALERT_2_A Isolated Metal Atom (Unusual !) ................      Pb1_d   
PLAT307_ALERT_2_A Isolated Metal Atom (Unusual !) ................      Pb1_i  有没有见过这
样的A错误
A 错误解释
This test reports on metal atoms that are not bonded or at coordination
distance of other atoms. Isolated ions are very unusual (or non-existent ?)
解决方案： 把重金属删除后，重新再。本人感觉at coordination
distance of other atoms.也就是说在其他位置可能有重金属原子。
3.A错误求助
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D      H3C    ..  H4C    ..      1.58 Ang.
答：H3C或H4C要删除一个重加, 直到两个距离不过近为止.
同上，实在不行，理论加H，到时候限定一下位置
4.cif问题求助
在cif中，有以下几栏内容，我想问下从哪里可以见这些内容呢？
_cell_measurement_reflns_used    ?
_cell_measurement_theta_min      ?
_cell_measurement_theta_max      ?
答：在数据还原后产生的一些文件中可以到.
比如crystalclear.cif, ._ls
5. 求助2个C类错误
在投稿时，编辑发现了以下两个C类错误
PLAT910_ALERT_3_C Missing # of FCF Reflections Below Th(Min) .....     2alert怎么读
PLAT911_ALERT_3_C Missing # FCF Refl Between THmin & STh/L=  0.597    84
请教高手们应该如何解决。
答：应该是你的fcf里面的轮数不够，丢失了两个数据，你再重修下，重新把里面的文件替换试试
6. 求助解决B类错误
我的CIF提交后，出现了这样的B类错误。
D-H Without Acceptor      O9    -  H9A    ...         
D-H Without Acceptor      O10    -  *H10A  ...          ? 
请教这样的问题如何解决？请大家帮助！
答：1. 看看H9a H10a有没有形成特殊的氢键, 如 O...H..pi
2. 如果都没有, H9a H10a要重新加, 直到形成合理的氢键为止.
7. 想问你如何解决这个问题：
430_ALERT_2_B Short A Contact  O1    ..  O13    ..      2.81 Ang.
430_ALERT_2_B Short A Contact  O5    ..  O12    ..      2.81 Ang.
430_ALERT_2_B Short A Contact  O6    ..  O12    ..      2.77 Ang.
答：O上的氢没加完吧. 加氢不正确，加氢时应尽量将氢加在利于形成氢键的方向。
8. 一个单晶B类错误，请高手指点！
Alert level B
PLAT432_ALERT_2_B Short Y Contact  C4    ..  C4      ..      3.09 Ang.
答：这么近的距离是有相互作用的. C4是否有氢, 有的话就有氢键.
C4上应该有氢吧 有的话就加上吧 如没有就得重新修了。
9. 该死的A类错误!
PLAT220_ALERT_2_A Large Non-Solvent    O    Ueq(max)/Ueq(min) ...      5.83 Ratio
PLAT430_ALERT_2_A Short A Contact  O1W    ..  O3W    ..      1.78 Ang.
PLAT430_ALERT_2_A Short A Contact  O2W    ..  O4W    ..      2.31 Ang.
PLAT601_ALERT_2_A Structure Contains Solvent Accessible VOIDS of .    504.00 A**3
答：你在ins 里加入 SIMU 0.02 0.02 3,8 $O；你的水没有加氢吧
最后一个问题是说 还有剩余的原子（溶剂分子）没有命名。
PLAT220_ALERT_2_A Large Non-Solvent    O    Ueq(max)/Ueq(min) ...      5.83 Ratio
只怕有些O是无序的,要做统计分布处理.
PLAT430_ALERT_2_A Short A Contact  O1W    ..  O3W    ..      1.78 Ang.

版权声明：本站内容均来自互联网，仅供演示用，请勿用于商业和其他非法用途。如果侵犯了您的权益请与我们联系QQ:729038198，我们将在24小时内删除。