basic语言被淘汰了吗NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
Blast中常用的程序介绍:
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列),这样每次比对会产生36种比对阵列。
下面是具体操作方法
1,进入在线BLAST界面,可以选择blast特定的物种(如人,小鼠,水稻等),也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。
2,粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast
数据库的简要说明。一般的话参数默认。
3,blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值,E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。
4,注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。
5,blast结果的图形显示。没啥好说的。
6,blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了,E值越小也是这样。
7,blast结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个blast结果的标准主要有三项,E值(Expect),一致性(Identities),缺失或插入(Gaps)。加上长度的话,就有四个标准了。如图中显示,比对到的序列长度为1405,看Identities这一值,才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp(看上面的图),就说明比对到的序列要长一点。由Qurey(起始1)和Sbjct(起始35)的起始位置可知,5'端是是多了一段的。有时也要注意3'端的。
附:
E值(Expect):表示随机匹配的可能性,E值越大,随机匹配的可能性也越大。E值接近零或为零时,具本上就是完全匹配了。
一致性(Identities):或相似性。匹配上的碱基数占总序列长的百分数。
缺失或插入(Gaps):插入或缺失。用"—"来表示。
1.博士应聘高校教师试讲时应注意的几个问题
如果博士毕业想到高校任教,通常都会经历试讲这一关。我觉得博士试讲需要注意以下几个方面:
(1) 首先要自信。如果到高校任教,讲课是基本功。所以千万不要怕试讲,保持自信的态度,试讲时要面向台下的听众,声音宏亮;
(2) 认真准备试讲内容。尽可能和试讲学院沟通试讲课程及章节,如果可以自选,那就要选自己最熟悉,能够适当发挥点的章节讲,千万别选引言或者概述,通常刚毕业博士讲引言或概述讲不好。如果已经确定试讲课程及章节,那就认真准备,提前自己给自己或者同学演练
(1) 首先要自信。如果到高校任教,讲课是基本功。所以千万不要怕试讲,保持自信的态度,试讲时要面向台下的听众,声音宏亮;
(2) 认真准备试讲内容。尽可能和试讲学院沟通试讲课程及章节,如果可以自选,那就要选自己最熟悉,能够适当发挥点的章节讲,千万别选引言或者概述,通常刚毕业博士讲引言或概述讲不好。如果已经确定试讲课程及章节,那就认真准备,提前自己给自己或者同学演练
一下;
(3) 板书要规划好。一堂课下来应该刚好把黑板占满,条理性要强,便于学生做笔记。所以板书自己要提前设计好。字体尽量工整,但不能因为写字占去太多的时间;
(4) 要概念清晰,重点突出。明确试讲章节的重点和难点,讲清重要概念;
(5) 着装要正规,要像个当老师的样子,不能太随意;
(6) 有机会的好,要尽量展示自己的知识面,把自己的科研成果或体会加入到试讲中,要通过试讲展示自己。
(3) 板书要规划好。一堂课下来应该刚好把黑板占满,条理性要强,便于学生做笔记。所以板书自己要提前设计好。字体尽量工整,但不能因为写字占去太多的时间;
(4) 要概念清晰,重点突出。明确试讲章节的重点和难点,讲清重要概念;
(5) 着装要正规,要像个当老师的样子,不能太随意;
(6) 有机会的好,要尽量展示自己的知识面,把自己的科研成果或体会加入到试讲中,要通过试讲展示自己。
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