二、BLAST 在生物上的含义
  BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
  BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。如果您想进一步了解BLAST算法，您可以参考NCBI的BLAST Course ，该页有BLAST算法的介绍。
  BLAST的功能
  BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对。BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。
  BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上发表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工作。从最初的BLAST发展到现在NCBI提供的BLAST2.0,已将有缺口的比对 序列也考虑在内了。BLAST可处理任何数量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的,即要么都是蛋白数据库要
么都是核酸数据库。所查询的序列和调用的数据库则可 以是任何形式的组合,既可以是核酸序列到蛋白库中作查询,也可以是蛋白序列到蛋白库中作查询,反之亦然。
  GCG及EMBOSS等软件包中包含有五种BLAST：
  1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
  2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
  3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
  basic是什么牌子4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
  5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核
酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。由于这种比对? 母丛有裕?虼薚BLASTX在比对中对缺口不予以考虑。
  通常根据查询序列的类型（蛋白或核酸）来决定选用何种BLAST。假如是作核酸－核酸查询，有两种BLAST供选择，通常默认为BLASTN。如要用TBLASTX也可，但记住此时不考虑缺口。
  BLAST适用于本地查询。可以下载公共数据库，对于该数据库的更新和维护是必不可少的。如果要直接到网上查询也可以（即ＮetＢlast），但记住如果你认为自己的序列很有价值的话，还是谨慎为宜。
  如何访问本站点的BLAST功能服务?
您只要通过浏览器访问本站点主页[1]左边的登录数据库按钮，进行用户注册后即可进入本站点极具特的数据库查询系统，再进入BLAST功能栏目您就可以进行BLAST分析。所有的查询和分析都通过浏览器来完成，就象您在您的本地机上一样方 便和快捷。
序列相似性比较工具----BLAST家族
（The BLAST family of Sequence-similarity search programs ）
BLAST(bi.v/BLAST/)
BLAST家族(8,9)序列相似性比较工具，是GenBank中最常用的分析工具。标准的BLAST 2.1可以用序列或序列号进行比较，含缺口序列可以链接到全部相关文档记录。用BLAST比较时可以使用不同基准：用于检索核苷酸的矩阵、PAM矩阵、用于蛋白质检索的BLOSUM打分矩阵等。经过序列比对和重要性评估，BLAST可提供一个被称为“期望值”的数值，用于考察序列的相似程度。网络版BLAST提供图解式序列, 被标记为彩的期望值能够清晰地显示出序列的相似性以及缺口位置，它还能自动生成一个类似分类学进化树的结构来强调序列在进化上的相似性。
BLAST无法从Entrez 数据库中非冗余 (nr) 核苷酸和蛋白质数据库进行检索。 但BLAST可以检索一些被限制在某些特定生物序列的专业数据库。BLAST还可以过滤不完整或人为重复的检索序列，传统BLAST允许比对已完成的人类基因组，微生物基因组或与疟疾相关的病原菌基因组数据库中数据。
BLAST为蛋白质相似性比较提供了专门的版本，位点专一性重复BLAST (PSI-BLAST)(9) 首先运行传统的BLAST检索，从它构造的位点专一性矩阵（PPSM）生成一个比对序列。随后，BLAST迭代使用 PSSM 在数据库中寻相似性。 Pattern Hit Initiated BLAST (PHI-BLAST)(10)检索需要检索序列以及检索序列的现存模式。模式（Pattern）在检索序列和数据库序列之间强制性比对后生成,同时最佳的比对序列被构造出来。另一个非典型BLAST，‘ BLAST2Sequences'(11),用于两个 DNA 或蛋白质序列相似性比较，并生成专一位点被标记出的序列。
BLAST 2.0 地址: blast@ncbi.v。 发送“help”到上述地址，文件即被处理。

版权声明：本站内容均来自互联网，仅供演示用，请勿用于商业和其他非法用途。如果侵犯了您的权益请与我们联系QQ:729038198，我们将在24小时内删除。